Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement
Mathématiques et Informatique Appliquées
Contrats et projets
AgriCoolTools - ANR Nom de l'appel d'offre : - ANR AAPG 2025 PRC
Défi et/ou Axe : Axe H.14 - Interfaces : mathématiques, sciences du numérique – biologie, santé (2025-2030)
Titre : Statistics and machine learning predictive tools for transition toward sustainable agriculture: dynamic modeling and heterogeneous population
Coordinateur.trice : Kuhn Estelle
Partenaires : Heudiasys (UTC), MICS (CentraleSupelec), MIAPS (INRAE), Genphyse (INRAE), IJPB (INRAE), GQE Le Moulon (INRAE)Participants MaIAGE : M. Delattre, Z. Naulet, G. Kon Kam King, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
Agro-Serv - Commission européenne Nom de l'appel d'offre : - H2020 - HORIZON-INFRA-2021-SERV-01-02- (2022-2027)
Titre : Integrated SERVices supporting a sustainable AGROecological transition
Coordinateur.trice : MISTOU Michel-Yves
Partenaires : 42 partenaires - Infrastructures de recherche: Anaee/Emphasis/Elixir/EMBRC/EURo Bioimaging/EU OpenScreen/MetroFood/SmartCow/IBISBA/LifeWatch/MIRRIParticipants MaIAGE : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
AgroStat - PEPR Nom de l'appel d'offre : - MathVives- (2024-2028)
Titre : Statistiques pour l'évolution et la dynamique des populations et espèces d'intérêt agronomique
Coordinateur.trice : Arnaud Estoup (INRAE)Participants MaIAGE : P. Hoscheit, F. Carpentier - Equipe(s) : Dynenvie
ASIST - INRAE-
Défi et/ou Axe : 2026
Titre : Antibiotic Synergistic Inhibitors of Staphylococcus aureus
Conception in silico et validation expérimentale d'inhibiteurs synergiques contre l'infection par le staphylocoque doré
Coordinateur.trice : André Gwenaëlle
Partenaires : Gruss Alexandra MicalisParticipants MaIAGE : Laiqa Zia Lodhi, Sylvain Marthey, Gwenaëlle André - Equipe(s) : StatInfOmics
BEYOND - ANR Nom de l'appel d'offre : - Programme Prioritaire de Recherche Cultiver et protéger autrement- (2020-2026)
Titre : Building epidemiological surveillance and prophylaxis with observations both near and distant
Coordinateur.trice : Cindy Morris, (Plant Pathology Research Unit 407 INRAE, Avignon)
Partenaires : INRAE BioSP, INRAE Ecodev, IRSTEA-Montpellier Tetis, IRSTEA-Clermont-Ferrand TSCF, CIRAD/SupAgro/INRAE: Biology and Genetics of Plant-Pathogen Interaction, INRAE-Bordeaux: Fruit Biology and Pathology, .......Participants MaIAGE : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger, V. Loux, M. Ba - Equipe(s) : Bibliome / Migale
Cloud4sams - PEPR Nom de l'appel d'offre : - PEPR SAMS- (09/2024-08/2029)
Titre : Espaces numériques sécurisés pour l'accès et l’analyse des données du PEPR Systèmes Alimentaires, Microbiome et Santé
Coordinateur.trice : Nicolas Pons et Claudine Médigue
Partenaires : Université de Nantes, Université Claude Bernard Lyon1, Université Clermont Auvergne, CNRS, INRAE, INSERM, INRIA, IRDParticipants MaIAGE : H. Chiapello, V. Loux, G. Gautreau - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
CO-BREEDING - ANR Nom de l'appel d'offre : - PEPR AGROECOLOGIE ET NUMERIQUE (2023-2027)
Titre : Co_conception de schémas de sélection animale et végétale pour améliorer la multi-performance (économique, sociale et environnementale) et développer des productions agroécologiques
Coordinateur.trice : Alain Charcosset, Christine Dillmann, Florence Phocas
Partenaires : INRAE GQE Le Moulon, GABI, AGIR, GENPHYSE, ...Participants MaIAGE : Estelle Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie
CULTISSIMO - PEPR Nom de l'appel d'offre : - PEPR SAMS- (2024 - 2030)
Titre : Plate-forme de CULTuromique partagée pour accéder à un large répertoire de mIcro-organismes, dont les non cultivéS, afin de comprendre les fonctions cléS des microbIoMes sur les écOsystèmes humains
Coordinateur.trice : Lionel Rigottier-Gois (INRAE)
Partenaires : INRAE (MICALIS, Pléiade, MGP), Institut Pasteur, IRT BIOASTER, INSERMParticipants MaIAGE : B. Laroche, L. Sala - Equipe(s) : Dynenvie
DeepImpact - ANR Nom de l'appel d'offre : - PPR-
Défi et/ou Axe : Cultiver et Produire Autrement (2021 - 2026)
Titre : Deciphering plant-microbiota interactions to enhance crop defenses to pests
Coordinateur.trice : C. Mougel (IGEPP, Rennes)
Partenaires : INRA IGEPP (Rennes), INRA Agroécologie (Dijon), INRA BFP, INRA BIOGER, INRA ECOBIO, INRA GDEC, IRISA (Rennes), CNRS - LBBE LEM (Lyon), INRA LIPM (Toulouse)Participants MaIAGE : M.Mariadassou, S. Schbath - Equipe(s) : StatInfOmics
DEFENSIVE - ANR Nom de l'appel d'offre : - AAPG 2025
Défi et/ou Axe : C 17 Recherche translationnelle en santé (2025-2029)
Titre : Dietary Enteral Fibers in ENterobacteriaceae gut-colonized intenSIVE care patients
Coordinateur.trice : LAROCHE Béatrice
Partenaires : R. Dessein CIIL (Univ. Lille); EPE (Univ. Lille); CHU Lille; MICALISParticipants MaIAGE : L. Sala; B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie
DOMINO - Commission européenne Nom de l'appel d'offre : - H2020 HORIZON-CL6-2021-FARM2FORK-01- (2022-2027)
Titre : Harnessing the microbial potential of fermented foods for healthy and sustainable food systems
Coordinateur.trice : LOUX Valentin
Partenaires : Micalis S. Chaillou (INRAE, Jouy-en-Josas) + 21 partenaires, 10 paysParticipants MaIAGE : V. Loux, M. Mariadassou, H. Chiapello - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
DrugInnov - Public (EPIC, coll. locales…)-
Défi et/ou Axe : IHU -SEPSIS
Titre : Drug innovation IHU SEPSIS
Coordinateur.trice : Rama Rao Nalini
Partenaires : Rama rao Nalini Micalis PIMSParticipants MaIAGE : Laiqa Zia Lodhi, Thomas Marino, Sylvain Marthey, Gwenaëlle André - Equipe(s) : StatInfOmics
EcoControl - ANR Nom de l'appel d'offre : - PEPR AGROÉCOLOGIE & NUMÉRIQUE-
Défi et/ou Axe : Axis 1: Shaping a socio-ecosystem conducive to responsible research & innovation. Axis 4: Developing digital tools & methods for agriculture data processing & modeling, for agricultural equipment, & for decision support (2025 - 2029)
Titre : Ecologie des Communautés et Outils Numériques pour augmenTer la RégulatiOn naturelle des insectes ravageurs en agricuLture
Coordinateur.trice : A. Cruaud (CBGP)
Partenaires : AGAP,CBGP, ASTRO, BioSP, iEES, IGEPP, IRISA, LIPME, LPSM, PHIM, PSH, TETIS, Inria SophiaParticipants MaIAGE : R. Bossy, C. Nédellec - Equipe(s) : Bibliome
EMT4AIMs Nom de l'appel d'offre : - Starting Package 2025 GS LSH Université Paris-Saclay- (2025-2027)
Titre : Ecologically-informed Microbiome Transformers for AI-driven Metagenomics
Coordinateur.trice : G. GautreauParticipants MaIAGE : G. Gautreau ; T. Lacroix - Equipe(s) : StatInfOmics
Facteurs de Succes - (2024-2027)
Titre : Développement d'un système d'information et d'analyse pour assurer le Succès de Biosolutions pour la Santé des Plantes
Coordinateur.trice : Marc Bardin (Patho veg INRAE Avignon)
Partenaires : UR INRAE Pathologie Végétale, société SynDevParticipants MaIAGE : R. Bossy, Claire Nédellec - Equipe(s) : Bibliome
FAIROmics - Commission européenne Nom de l'appel d'offre : - HORIZON-MSCA-2022-DN-01-01- (2023-2027)
Titre : FAIRification of multiOmics data to link databases and create knowledge graphs for fermented foods
Coordinateur.trice : CHIAPELLO Hélène
Partenaires : Dominique Swennen (INRAE SayFood), l’alimentation et l’environnement, NIZO food research BV, National and Kapodistrian University of Athens, University of Reading, Chr. Hansen A/S, Vrije Universiteit Amsterdam, Agencia ...Participants MaIAGE : R. Bossy, H. Chiapello, S. Dérozier, C.Nédellec - Equipe(s) : Bibliome / StatInfOmics
Galaxy-BioProd - ANR Nom de l'appel d'offre : - PEPR produits Biosurcés et nouvelles biotechnologies- (01/06/2023)
Titre : Un portail opérationnel pour la production de produits biosourcés
Coordinateur.trice : J-L Faulon
Partenaires : IFB (CNRS), INSA, Supelec, IFPENParticipants MaIAGE : V. Loux - Equipe(s) : Migale
GreenFieldData - Horizon Europe Nom de l'appel d'offre : - MSCA Doctoral Networks- (2025-2028)
Titre : IoRT Data management and analysis for Sustainable Agriculture
Coordinateur.trice : S. Bimonte (INRAE, TSCF)Participants MaIAGE : S. Schbath - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Holobionts - ANR Nom de l'appel d'offre : - PEPR AgroEcologie Numérique- (2023-2028)
Titre : Animal holobionts: a new biological scale to explore genetic diversity and refine breeding strategies for agroecology
Coordinateur.trice : S. Combes (GenPhyse, INRAE Toulouse), J. Estellé Fabrellas (GABI, INRAE Jouy-en-Josas)
Partenaires : GABI (Jouy-en-Josas), GenPhyse (Toulouse), IRISA (Rennes), MIAT (Toulouse), MetaGenoPolis (Jouy-en-Josas), UMRH (Clermont-Ferrand)Participants MaIAGE : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
HoloE2Plant - Commission européenne Nom de l'appel d'offre : - ERC Starting Grant- (2022-2026)
Titre : Exploring the Holobiont concept through a Plant Evolutionary Experiment study
Coordinateur.trice : MARIADASSOU Mahendra
Partenaires : IRISA (Rennes), Department of Systematic and Evolutionary biology (Univ. Zurich), Claudia BartoliParticipants MaIAGE : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
HoloOligo - ANR Nom de l'appel d'offre : - Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des microorganismes(2021-2024)-
Défi et/ou Axe : CE20 (2022-2026)
Titre : Structure diversity, functionality and modulation of milk oligosaccharides in monogastric livestock species: towards optimal development of rabbit and pig holobionts
Coordinateur.trice : Sylvie Combes (GenPhySE, INRAE)
Partenaires : GenPhySE, PEGASE, MICALIS, GABI, LEMM-CEA, IE PECTOUL, UE3PParticipants MaIAGE : Sandra Dérozier, Valentin Loux, Mouhamadou Ba, Claire Nédellec, Robert Bossy, Louise Deléger - Equipe(s) : Bibliome / Migale / StatInfOmics
HOLOVINI - INRAE Métaprogramme Nom de l'appel d'offre : - Metaprogramme Holoflux- (2023-2026)
Titre : Microbiomes at the interface of the vineyard and the cellar
at the time of the agroecological transition
Coordinateur.trice : ABRAHAM Anne-Laure
Partenaires : UMR Oenologie (Bordeaux), UMR SPO (Montpellier), UMR SAVE (Bordeaux), UMR Biogeco (Bordeaux), UMR CBGP (Montpellier), UMR EGFV (Bordeaux), UMR Agroecologie (Dijon), UMR ISPA (Boredeaux), UE Pech Rouge (Montpellier), Isabelle Masneuf-Pomarede, J.-L. LegrasParticipants MaIAGE : A-L. Abraham, G. Kon Kam King, - Equipe(s) : StatInfOmics
HyphAMaize - ANR Nom de l'appel d'offre : - AAPG 2025-
Défi et/ou Axe : Axe A.03 - Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des micro-organismes - CE20 (2026-2029)
Titre : Determining the role of HYPHospheric bacteria in the Arbuscular mycorrhizal fungi-mediated nutrient supply and growth promotion of MAIZE under low-input agriculture
Coordinateur.trice : LOUX Valentin
Partenaires : Benoît ALUNNI Institut Jean-Pierre BOURGIN, LABORATOIRE DE RECHERCHE EN SCIENCES VEGETALES, Agronutrition SA , UNL (USA), NRAE GeT Participants MaIAGE : O. Rué, V. Loux, H. Chiapello - Equipe(s) : Migale
InSync - ANR Nom de l'appel d'offre : - Appel à projets générique 2022
Défi et/ou Axe : H.14. Interfaces : mathématiques, sciences du numérique – biologie, santé (2022-2027)
Titre : Circadian clock synchronization in hepatocytes
Coordinateur.trice : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis)
Partenaires : Inria (Sophia-Antipolis), Institut de Biologie de Valrose (Nice)Participants MaIAGE : L. Tournier, M. Mezache, A. Trubuil - Equipe(s) : BioSys
MALDIBANK - Commission européenne Nom de l'appel d'offre : - HORIZON-INFRA-2024-TECH-01-01- (2025-2029)
Titre : Multi-domain Open MALDI Spectra BANK for Identification of Microorganisms
Coordinateur.trice : Mistou M.Y (INRAE MaIAGE, co-coordinateur)
Partenaires : INSTRUCT, EMBRC, EMBL,Sciensano, Institut Pasteur,Uni. of Latvia, Sorbonne U., Uni. Torino, ..., Participants MaIAGE : MY Mistou, S. Marthey, S. Schbath, V. Loux - Equipe(s) : StatInfOmics
MICROBE - Commission européenne Nom de l'appel d'offre : - HORIZON-INFRA-2022-TECH-01-01 RIA- (2023-2026)
Titre : MICRObiome Biobanking (RI) Enabler
Coordinateur.trice : MISTOU Michel-Yves
Partenaires : AIT (AUS) - DSMZ (GER) - EMBL (UK) - CABI (UK) - HMGU (GER) - MUG (AUS) - SU (FR)Participants MaIAGE : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Microbe-4-Climate Nom de l'appel d'offre : - HORIZON-INFRA-2023-SERV-01-02- (2024-2029)
Titre : Microbial services addressing climate change risks for biodiversity and for agricultural and forestry ecosystems: enabling curiosity-driven research and advancing frontier knowledge
Coordinateur.trice : MIRRI-ERIC Ana Portugal
Partenaires : 30 partenaires, Universités de Turin, Gent, Valencia, Notthingam, Wageningen; CNRS, CNR, AIT ...Participants MaIAGE : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
MICROBES4CLIMATE - Commission européenne Nom de l'appel d'offre : - HORIZON-INFRA-2023-SERV-01-02 — Research infrastructure services advancing frontier knowledge- (2024-2029)
Titre : Microbial services addressing climate change risks for biodiversity and for agricultural and forestry ecosystems: enabling curiosity-driven research and advancing frontier knowledge
Coordinateur.trice : Mistou M.Y
Partenaires : MIRRI / ANAEE / EMPHASIS / ELIXIR / LifeWatch / AIT / CABI / Nelson LIMA Université MinhoParticipants MaIAGE : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
ModLSys - ANR Nom de l'appel d'offre : - ANR PRC
Défi et/ou Axe : CE45 - Interfaces : mathématiques, sciences du numérique - biologie, santé (2023-2028)
Titre : A multi-scale modeling framework for living systems (2nd submission)
Coordinateur.trice : V. Fromion (MaIAGE)
Partenaires : IJPB (INRAE, AgroParisTech), MICS (CentraleSupelec), IPSIM (INRAE, CNRS)Participants MaIAGE : A. Goelzer, O. Inizan, E. Kuhn - Equipe(s) : BioSys / Dynenvie
MuDiS4LS - ANR Nom de l'appel d'offre : - ANR PIA3 / Appel à manifestations d’intérêt ESR-EquipEx+- (2021-2028)
Titre : Espaces numériques mutualisés pour des données FAIR en biologie-santé
Coordinateur.trice : LOUX Valentin
Partenaires : 17 partenairesParticipants MaIAGE : V. Loux, O. Rué, D. Berry, M. Ba, H. Chiapello, C. Midoux - Equipe(s) : Migale
MuSiHC - PEPR Nom de l'appel d'offre : - PEPR B-BEST- (2025-2029)
Titre : Modèles cellulaires hybrides multi-taille
Coordinateur.trice : Alberto Tonda (INRAE, MIA-PS)
Partenaires : AgroParisTech, INSA Toulouse, Université Claude Bernard Lyon 1, InriaParticipants MaIAGE : Wolfram Liebermeister - Equipe(s) : BioSys
MutaToR - ANR Nom de l'appel d'offre : - AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE12 Génétique, génomique et ARN (2023-2026)
Titre : Mechanisms of mutational processes involving transcription and nucleotide-excision DNA repair
Coordinateur.trice : NICOLAS Pierre
Partenaires : J. Soutourina (CEA-CNRS-I2BC), F. Malloggi (LIONS-CEA)Participants MaIAGE : C. Guérin, G. Kon Kam King, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
NO-ESKAPE - ANR Nom de l'appel d'offre : - CE18 Innovation Biomédicale- (2024-2027)
Titre : New antimicrobials against ESKAPE pathogens to fight nitric oxide stress resistance
Coordinateur.trice : ANDRE Gwenaëlle
Partenaires : Nalini Rama Rao (Micalis) Jean-Christophe Cintrat (CEA), Eric doris (CEA), Julien Nicolas (Institut Galien), Simona Mura (Institut Galien)Participants MaIAGE : Sylvain Marthey, Gwenaëlle André - Equipe(s) : StatInfOmics
PanGAIMiX - ANR Nom de l'appel d'offre : - AAPG 2025 ("ANR blanche")- (2025-2029)
Titre : Pangenome Graphs for AI-driven Microbial genome eXploration
Coordinateur.trice : Alexandra CALTEAU
Partenaires : A. Calteau, LABGEM/Genoscope/CEA, LaMME/Université d'EvryParticipants MaIAGE : G. Gautreau, T. Lacroix, H. Chiapello - Equipe(s) : StatInfOmics
papeete Nom de l'appel d'offre : - Appel à projets Ecophyto - "Epidémiosurveillance étendue"- (2024-2026)
Titre : Promouvoir l’Agroécologie par la prédiction intégrative du risque sanitaire à partir
de données Participatives d’Epidémiosurveillance à l’Echelle du TErritoire
Coordinateur.trice : Florence Carpentier
Partenaires : UR BIOGER (INRAE), USC CEBC (INRAE-CNRS), UR BIOSP (INRAE), UR MIAT (INRAE) Participants MaIAGE : Florence Carpentier - Equipe(s) : Dynenvie
PARTHAGE - ANR Nom de l'appel d'offre : - AAPG 2022 (2023-2026)
Titre : Predicting antibiotic resistance transmission within and between humans by combining mathematical modelling, genomics and epidemiology
Coordinateur.trice : L. Opatowski (Institut Pasteur/UVSQ)
Partenaires : UMR1018 CESP (UVSQ, Inserm, Institut Pasteur), 2I Unit (INSERM/UVSQ), EERA Unit (Institut Pasteur), GRAM 2.0 EA265 (UniCaen-UniRouen)Participants MaIAGE : B. Laroche, E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie
PHHASt - ANR Nom de l'appel d'offre : - AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE20 Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des micro-organismes (2022-2026)
Titre : Phenotypic heterogeneity and host adaptation during late infection in sporulating Firmicutes
Coordinateur.trice : L. Slamti
Partenaires : L. Slamti (MICALIS), F. Neulat-Ripoll (IRBA)Participants MaIAGE : S. Dérozier, C. Guérin, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
Projet d'apprentissage Holovini - INRAE Nom de l'appel d'offre : - Projets d'apprentissage- (2025-2027)
Titre : Développement de méthodes pour la détection de flux de souches à partir de données métagénomiques shotgun et application aux écosystèmes vigne-vin
Coordinateur.trice : AL. AbrahamParticipants MaIAGE : G. Kon Kam King - Equipe(s) : StatInfOmics
PROMETHEUS - Financement public - privé Nom de l'appel d'offre : - France 2030 IHU (2023-2032)
Titre : PRecisiOn MedicinE for healTHcare associatEd and commUnity acquired Sepsis
Coordinateur.trice : LAROCHE Béatrice
Partenaires : APHA,CEA, INSERM, Univ Paris-Saclay (UVSQ, Pasteur, etc..) - Djalili Annane-Coordinateur INRAE (WP1) Pascale Serror Participants MaIAGE : B. Laroche, L. Sala, G. Andrée-Leroux, S. Marthey - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
SafeFood4ClimDiet - ANR Nom de l'appel d'offre : - ANR JC-JC- (2024-2026)
Titre : Assessing microbiological risks resulting from new consumption practices induced by climate change
Coordinateur.trice : FERRE Arnaud
Partenaires : CHAIX EstelleParticipants MaIAGE : A. Ferré, L. Deléger, S. Dérozier - Equipe(s) : Bibliome / StatInfOmics
SIDURI - ANR Nom de l'appel d'offre : - ANR Grand Défi (2023-2032)
Titre : Développement de l'entrepôt de données autour des ferments du futur
Coordinateur.trice : LOUX Valentin
Partenaires : SPO (INRAE Montpellier)Participants MaIAGE : V. Loux, M. Wan, A. Millan, T. Lacroix, S. Schbath, A. Barnabé, E. Le Floch, J. Duperrier - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
TEPOM - INRAE Métaprogramme Nom de l'appel d'offre : - INRAE Metaprogramme AMI 2024 DIGITBio- (2025)
Titre : Towards Epigenetics Piloting Of Microbiomes
Coordinateur.trice : GAUTEREAU Guillaume
Partenaires : MetaGenoPolis, Université de FlorenceParticipants MaIAGE : Guillaume Gautreau, Iacopo Passeri - Equipe(s) : StatInfOmics