BEYOND- ANR - Programme Prioritaire de Recherche Cultiver et protéger autrement- (2020-2026) Titre : Building epidemiological surveillance and prophylaxis with observations both near and distant Coordinateur : Cindy Morris, (Plant Pathology Research Unit 407 INRAE, Avignon) Partenaires : INRAE BioSP, INRAE Ecodev, IRSTEA-Montpellier Tetis, IRSTEA-Clermont-Ferrand TSCF, CIRAD/SupAgro/INRAE: Biology and Genetics of Plant-Pathogen Interaction, INRAE-Bordeaux: Fruit Biology and Pathology, .......Participants MaIAGE : C. Nédellec, R. Bossy, L. Deléger, V. Loux, M. Ba - Equipe(s) : Bibliome / Migale
CLEF ESV- Institut Convergence- (2024-2024) Titre : Préparation du dataset et organisation de la tâche PHS à CLEF Coordinateur : Claire Nédellec Partenaires : BioSPParticipants MaIAGE : Robert Bossy - Equipe(s) : Bibliome
CO-BREEDING- ANR - PEPR AGROECOLOGIE ET NUMERIQUE (2023-2027) Titre : Co_conception de schémas de sélection animale et végétale pour améliorer la multi-performance (économique, sociale et environnementale) et développer des productions agroécologiques Coordinateur : Alain Charcosset, Christine Dillmann, Florence Phocas Partenaires : INRAE GQE Le Moulon, GABI, AGIR, GENPHYSE, ...Participants MaIAGE : Estelle Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie
COCODIV- INRAE Métaprogramme - MP Sumcrop- (2022-2024) Titre : CO-occurrence des maladies en systèmes Céréaliers : déterminants, rÔle et
gestion de la DIVersité cultivée et sauvage de la parcelle au paysage
DeMuSi - ITMO Cancer - PCSI 2022- Défi et/ou Axe : Appel à projets : Approches interdisciplinaires des processus oncogéniques et perspectives thérapeutiques : Apports à l’oncologie de la physique, de la chimie et des sciences de l’ingénieur (2022-2025) Titre : Deciphering the mutational signature of transcription and DNA repair processes combined with exogenous DNA damages (DeMuSi)
Coordinateur : J. Soutourina (CEA I2BC) Partenaires : CEA I2BC (J. Soutourina), CEA Saclay (F. Mallogi), INSERM Gustave-Roussy (S. Nikolaev)Participants MaIAGE : P. Nicolas, G. Kon Kam King, C. Guérin - Equipe(s) : StatInfOmics
DMB4ALE - APPC TWB- (01/2024-12/2025) Titre : Implementation of dual mini-bioreactors for adaptive laboratory evolution without biofilm Coordinateur : C. Guérin, MaIAGE, INRAE Partenaires : Micalis, TWBParticipants MaIAGE : C. Guérin, P. Nicolas, S. Dérozier - Equipe(s) : StatInfOmics
DOMINO- H2020 - HORIZON-CL6-2021-FARM2FORK-01- (2022-2027) Titre : Harnessing the microbial potential of fermented foods for healthy and sustainable food systems Coordinateur : S. Chaillou (INRAE, Jouy-en-Josas) Partenaires : 21 partenaires, 10 paysParticipants MaIAGE : V. Loux, M. Mariadassou, H. Chiapello - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
DYNAMO- INRAE - AAP SPE- (2022-2025) Titre : Déterminants des dynamiques épidémiques des rouilles brune et jaune du blé à l’échelle du paysage de la Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre Coordinateur : Tiphaine Vidal Partenaires : Resilience (Chizey), BIOGER (Grignon), BioSP (Avignon), ISA (Sophia-Antipolis), Plant Pathology (Avignon)Participants MaIAGE : K. Adamczyk, F. Carpentier - Equipe(s) : Dynenvie
ESCAPE- ANR - ANR aapg 2021 Défi et/ou Axe : CE21 - Alimentation et systèmes alimentaires (2022-2025) Titre : Caractérisation de l'interaction ayant lieu entre le pathogène Campylobacter et le microbiote de la viande de volaille en vue d'améliorer la sécurité sanitaire du produit Coordinateur : N. Haddad (ONIRIS, SECALIM, Nantes) Partenaires : ONIRISParticipants MaIAGE : B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie
FAIROmics- H2020 - HORIZON-MSCA-2022-DN-01-01- (2023) Titre : FAIRification of multiOmics data to link databases and create knowledge graphs for fermented foods Coordinateur : Dominique Swennen (INRAE SayFood) Partenaires : Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, NIZO food research BV, National and Kapodistrian University of Athens, University of Reading, Chr. Hansen A/S, Vrije Universiteit Amsterdam, Agencia ...Participants MaIAGE : R. Bossy, H. Chiapello, S. Dérozier, C.Nédellec - Equipe(s) : Bibliome / StatInfOmics
FermenTwin- INRAE Métaprogramme - AMI DIGITBIO- (2024) Titre : FermenTwin Coordinateur : Guillaume GAUTREAU Partenaires : MICALIS, Biogeco, SyBERParticipants MaIAGE : G. GAUTREAU, C. GUERIN, B. LAROCHE, L. SALA - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
Galaxy-BioProd- ANR - PEPR produits Biosurcés et nouvelles biotechnologies- (01/06/2023) Titre : Un portail opérationnel pour la production de produits biosourcés Coordinateur : J-L Faulon Partenaires : IFB (CNRS), INSA, Supelec, IFPENParticipants MaIAGE : V. Loux - Equipe(s) : Migale
GenA(t)ACC- INRAE Métaprogramme - CLIMAE AMI 2023 Consortia et projets exploratoires- (2023-2024) Titre : La Génétique, levier pour l’Atténuation et l’Adaptation au Changement Climatique Coordinateur : Hélène GILBERT, Jean Philippe BARRE (INRAE) Partenaires : tous les départements INRAEParticipants MaIAGE : Estelle Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie
Holobionts- ANR - PEPR AgroEcologie Numérique- (2023-2028) Titre : Animal holobionts: a new biological scale to explore genetic diversity and refine breeding strategies for agroecology Coordinateur : S. Combes (GenPhyse, INRAE Toulouse), J. Estellé Fabrellas (GABI, INRAE Jouy-en-Josas) Partenaires : GABI (Jouy-en-Josas), GenPhyse (Toulouse), IRISA (Rennes), MIAT (Toulouse), MetaGenoPolis (Jouy-en-Josas), UMRH (Clermont-Ferrand)Participants MaIAGE : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
HoloE2Plant- H2020 - ERC Starting Grant- (2022-2026) Titre : Exploring the Holobiont concept through a Plant Evolutionary Experiment study Coordinateur : Claudia Bartoli Partenaires : IRISA (Rennes), Department of Systematic and Evolutionary biology (Univ. Zurich)Participants MaIAGE : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
HoloOligo- ANR - Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des microorganismes(2021-2024)- Défi et/ou Axe : CE20 (2022-2025) Titre : Structure diversity, functionality and modulation of milk oligosaccharides in monogastric livestock species: towards optimal development of rabbit and pig holobionts Coordinateur : Sylvie Combes (GenPhySE, INRAE) Partenaires : GenPhySE, PEGASE, MICALIS, GABI, LEMM-CEA, IE PECTOUL, UE3PParticipants MaIAGE : Valentin Loux, Mouhamadou Ba, Claire Nédellec, Robert Bossy, Louise Deléger - Equipe(s) : Bibliome / Migale
HOLOVINI- INRAE Métaprogramme - Metaprogramme Holoflux- (2023-2026) Titre : Microbiomes at the interface of the vineyard and the cellar
at the time of the agroecological transition Coordinateur : I. Masneuf-Pomarede (INRAE, Bordeaux) Partenaires : UMR Oenologie (Bordeaux), UMR SPO (Montpellier), UMR SAVE (Bordeaux), UMR Biogeco (Bordeaux), UMR CBGP (Montpellier), UMR EGFV (Bordeaux), UMR Agroecologie (Dijon), UMR ISPA (Boredeaux), UE Pech Rouge (Montpellier)Participants MaIAGE : A-L. Abraham, G. Kon Kam King - Equipe(s) : StatInfOmics
Homo.symbiosus- H2020 - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)- (2019-2024) Titre : Assessing, preserving and restoring man-microbes symbiosis. Coordinateur : Joël Doré Partenaires : Micalis, MGP, CRESS, APHPParticipants MaIAGE : B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie
IMAGO- INRAE Métaprogramme - DIGIT-BIO- (2022-2024) Titre : Imagerie et modélisation des dynamiques spatio-temporelles de la signalisation et du trafic des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG). Coordinateur : Frédéric JEAN-ALPHONSE (CNRS, Tours) Partenaires : PRC (Tours), MUSCA (INRIA Saclay), SERPICO (INRIA Rennes)Participants MaIAGE : B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie
InSync- ANR - Appel à projets générique 2022 Défi et/ou Axe : H.14. Interfaces : mathématiques, sciences du numérique – biologie, santé (2022-2027) Titre : Circadian clock synchronization in hepatocytes Coordinateur : M. Chaves (Inria, Sophia-Antipolis) Partenaires : Inria (Sophia-Antipolis), Institut de Biologie de Valrose (Nice)Participants MaIAGE : L. Tournier, M. Mezache, A. Trubuil - Equipe(s) : BioSys
MetaSimFood- ANR - ANR Blanche Défi et/ou Axe : Axe 1.5 Alimentation et Systèmes Alimentaires (2021 - 2025) Titre : Improving the quality, safety and sustainability of fermented vegetable food and fruit beverage using a knowledge-driven synthetic ecology and modelling approach Coordinateur : S. Chaillou (Micalis, INRAE) Partenaires : Micalis (INRAE Jouy-en-Josas), SayFood (INRAE Versailles), Aérial (ITAI, Illkirch), UR Oenologie (Univ. Bordeaux), STLO-CIRM (INRAE, Rennes)Participants MaIAGE : M. Mariadassou, V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Microbe-4-Climate- H2020 - HORIZON-INFRA-2023-SERV-01-02- (2024-2029) Titre : Microbial services addressing climate change risks for biodiversity and for agricultural and forestry ecosystems: enabling curiosity-driven research and advancing frontier knowledge Coordinateur : MIRRI-ERIC Ana Portugal Partenaires : 30 partenaires, Universités de Turin, Gent, Valencia, Notthingam, Wageningen; CNRS, CNR, AIT ...Participants MaIAGE : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
MIDIIVEC- INRAE Métaprogramme - DIGIT-BIO (2022-2024) Titre : Modélisation et inférence de la dynamique d’infection intravecteur à partir de données expérimentales Coordinateur : Gaël Beaunée Partenaires : UMR1300 Oniris-INRAE BIOEPAR, Nantes; UMR754 INRAE-Univ Lyon- EPHE IVPCParticipants MaIAGE : Françosi Deslandes, Elisabeta Vergu - Equipe(s) : Dynenvie
ModLSys- ANR - ANR PRC Défi et/ou Axe : CE45 - Interfaces : mathématiques, sciences du numérique - biologie, santé (2023-2028) Titre : A multi-scale modeling framework for living systems (2nd submission) Coordinateur : V. Fromion (MaIAGE) Partenaires : IJPB (INRAE, AgroParisTech), MICS (CentraleSupelec), IPSIM (INRAE, CNRS)Participants MaIAGE : A. Goelzer, O. Inizan, E. Kuhn - Equipe(s) : BioSys / Dynenvie
MOSSAIC- ANR - ANR blanche Défi et/ou Axe : CE20 Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des microorganismes (2022-2024) Titre : Deciphering the Mechanisms Of the heterogeneous Shedding of Salmonella in Chicken, and modelling the interactions between the host, the pathogen and the gut microbiota Coordinateur : P. Velge (ISP, INRAE Tours) Partenaires : ISP, TOXALIM, PFIE, PRCParticipants MaIAGE : B. Laroche (WP leader), F. Deslandes - Equipe(s) : Dynenvie
MOTHERS- INRAE Métaprogramme - AMI HOLOFLUX- (2023-2024) Titre : MONITORING THE GUT MICROBIOTA, RESISTANCE AGAINST SALMONELLA, ANIMAL PERFORMANCE AND IMMUNE RESPONSE THROUGH AN ADULT, PATHOGEN-FREE MICROBIOTA Coordinateur : F. Kempf (ISP INRAE Tours) Partenaires : ISP, PFIE, Univ. Munich, univ AachenParticipants MaIAGE : B. Laroche - Equipe(s) : Dynenvie
MuDiS4LS- ANR - PIA3 / Appel à manifestations d’intérêt ESR-EquipEx+- (2021-2028) Titre : Espaces numériques mutualisés pour des données FAIR en biologie-santé Coordinateur : J. van Helden (IFB) Partenaires : 17 partenairesParticipants MaIAGE : V. Loux, O. Rué, D. Berry, M. Ba, H. Chiapello, C. Midoux - Equipe(s) : Migale
MutaToR- ANR - AAPG2022- Défi et/ou Axe : CE12 Génétique, génomique et ARN (2023-2026) Titre : Mechanisms of mutational processes involving transcription and nucleotide-excision DNA repair Coordinateur : J. Soutourina Partenaires : J. Soutourina (CEA-CNRS-I2BC), F. Malloggi (LIONS-CEA)Participants MaIAGE : C. Guérin, G. Kon Kam King, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
NO-ESKAPE- ANR - CE18 Innovation Biomédicale- Défi et/ou Axe : CE18 Innovation Biomédicale (2024-2027) Titre : New antimicrobials against ESKAPE pathogens to fight nitric oxide stress resistance Coordinateur : Nalini Rama Rao (Micalis) Partenaires : Nalini Rama Rao (Micalis) Jean-Christophe Cintrat (CEA), Eric doris (CEA), Julien Nicolas (Institut Galien), Simona Mura (Institut Galien)Participants MaIAGE : Sylvain Marthey, Gwenaëlle André - Equipe(s) : StatInfOmics
Open16S- (2022-2024) Titre : Projet pilote transversal pour la mise en oeuvre de la politique Open Science du département MICA Coordinateur : Stéphane Chaillou, Marie Champomier Vergès, Hélène Chiapello, Marion Leclerc, François Marras Partenaires : CATI BOOMParticipants MaIAGE : Hélène Chiapello, Robert Bossy, Mouhamadou Ba, Olivier Rué, Cédric Midoux - Equipe(s) : Bibliome / Migale / StatInfOmics
papeete - Appel à projets Ecophyto - "Epidémiosurveillance étendue"- (2024-2026) Titre : Promouvoir l’Agroécologie par la prédiction intégrative du risque sanitaire à partir
de données Participatives d’Epidémiosurveillance à l’Echelle du TErritoire
Coordinateur : Florence Carpentier Partenaires : UR BIOGER (INRAE), USC CEBC (INRAE-CNRS), UR BIOSP (INRAE), UR MIAT (INRAE) Participants MaIAGE : Florence Carpentier - Equipe(s) : Dynenvie
PARTHAGE- ANR - AAPG 2022 (2023-2026) Titre : Predicting antibiotic resistance transmission within and between humans by combining mathematical modelling, genomics and epidemiology Coordinateur : L. Opatowski (Institut Pasteur/UVSQ) Partenaires : UMR1018 CESP (UVSQ, Inserm, Institut Pasteur), 2I Unit (INSERM/UVSQ), EERA Unit (Institut Pasteur), GRAM 2.0 EA265 (UniCaen-UniRouen)Participants MaIAGE : B. Laroche, E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie
PheroSensor- ANR - Investissement d'Avenir "Cultiver et protéger autrement" (2021-2025) Titre : Early detection of pest insects using pheromone receptor-based olfactory sensors Coordinateur : P. Lucas (INRAE - UMR 1392, iEES Paris Sorbonne Université) Partenaires : INRA - UMR 1392 iEES ; INRA - UR 1404 MaiAGE ; CEA - LIST ; CNRS - LORIA ; ESIEE - ESYCOM ; EGCE – IRDParticipants MaIAGE : K. Adamczyk, F. Deslandes, S. Labarthe (resp. WP), B. Laroche, E. Vergu - Equipe(s) : Dynenvie
PHHASt- ANR - AAPG2022- Défi et/ou Axe : CE20 Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des micro-organismes (2022-2026) Titre : Phenotypic heterogeneity and host adaptation during late infection in sporulating Firmicutes Coordinateur : L. Slamti Partenaires : L. Slamti (MICALIS), F. Neulat-Ripoll (IRBA)Participants MaIAGE : S. Dérozier, C. Guérin, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
PolliHealth - Plan Ecophyto II+ – Appel à projets national 2021 – 2022- Défi et/ou Axe : Axe 2 – Améliorer les connaissances et les outils pour demain et encourager la recherche et l’innovation. Thème « impact sur les pollinisateurs » (2022-2025) Titre : PolliHealth – Renforcer les connaissances sur les risques associés aux pesticides sur les pollinisateurs dans différents contextes paysagers pour concevoir des paysages de santé Coordinateur : Sabrina Gaba (Resilience, Chizey)Participants MaIAGE : Florence Carpentier - Equipe(s) : Dynenvie
PROMETHEUS- ANR - France 2030 IHU (2023-2032) Titre : PRecisiOn MedicinE for healTHcare associatEd and commUnity acquired Sepsis Coordinateur : Djalili Annane-Coordinateur INRAE (WP1) Pascale Serror Partenaires : APHA,CEA, INSERM, Univ Paris-Saclay (UVSQ, Pasteur, etc..)Participants MaIAGE : B. Laroche, L. Sala, G. Andrée-Leroux, S. Marthey - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
SafeFood4ClimDiet- ANR - ANR Jeunes chercheuses et jeunes chercheurs (JCJC)- (2024-2026) Titre : Assessing microbiological risks resulting from new consumption practices induced by climate change Coordinateur : Estelle Chaix (ANSES)Participants MaIAGE : A. Ferré, L. Deléger, S. Dérozier - Equipe(s) : Bibliome / StatInfOmics
SIDURI- ANR - Grand Défi (2023-2032) Titre : Développement de l'entrepôt de données autour des ferments du futur Coordinateur : V. Loux Partenaires : SPO (INRAE Montpellier)Participants MaIAGE : V. Loux, M. Wan, A. Millan, T. Lacroix, S. Schbath - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Stat4Plant- ANR - PRC- Défi et/ou Axe : Mathématiques et sciences du numérique pour la biologie et la santé (2021-2025) Titre : Méthodes statistiques pour caractériser les interactions entre la plante et son environnement/Statistics for characterizing interactions between plant and its environment Coordinateur : E. Kuhn (INRAE, MaIAGE) Partenaires : INRAE MIAP, INRAE GQE Le Moulon, CentraleSupelec MICS, UTC Heudiasysc, IJPBParticipants MaIAGE : M. Delattre, G. Kon Kam King, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
TEPOM- INRAE Métaprogramme - AMI 2024- (2025) Titre : Towards Epigenetics Piloting Of Microbiomes Coordinateur : Guillaume Gautreau Partenaires : MetaGenoPolis, Université de FlorenceParticipants MaIAGE : Guillaume Gautreau, Iacopo Passeri - Equipe(s) : StatInfOmics