UR 1404 Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE)

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L'unité de recherche MaIAGE regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des bioinformaticiens et des biologistes autour de questions de biologie et agro-écologie, allant de l'échelle moléculaire à l'échelle du paysage en passant par l'étude de l'individu, de populations ou d'écosystèmes. Elle est structurée en cinq équipes :

  • Dynenvie : modélisation dynamique et statistique pour les écosystèmes, l'épidémiologie et l'agronomie
  • Bibliome : acquisition et formalisation de connaissances à partir de textes
  • BioSys : biologie des systèmes
  • StatInfOmics : bioinformatique et statistique des données "omiques"
  • Migale : plateforme bioinformatique

L'unité développe des méthodes mathématiques et informatiques originales de portée générique ou motivées par des problèmes biologiques précis. Elle s'implique aussi dans la mise à disposition de bases de données et de logiciels permettant aux biologistes d'utiliser les outils dans de bonnes conditions ou d'exploiter automatiquement la littérature scientifique.

L'inférence statistique et la modélisation dynamique sont des compétences fortes de l'unité, auxquelles s'ajoutent la bioinformatique, l'automatique et l'algorithmique. Les activités de recherche et d'ingénierie s'appuient également sur une forte implication dans les disciplines destinatrices : écologie, environnement, biologie moléculaire et biologie des systèmes.

MaIAGE est rattachée à deux départements de l'Inra :

Dernières publications


Marie Noel Mansour, Joseph Yaghi , André El Khoury, Arnaud Felten, Michel-Yves Mistou, Ali Atoui, Nicolas Radomski
(2020) Prediction of Salmonella serovars isolated from clinical and food matrices in Lebanon and genomic-based investigation focusing on Enteritidis serovar. Int J Food Microb, Volume : 333, DOI

Pierre-Emmanuel Douarre, Ludovic Mallet, Nicolas Radomski, Arnaud Felten, Michel-Yves Mistou
(2020) Analysis of COMPASS, a New Comprehensive Plasmid Database Revealed Prevalence of Multireplicon and Extensive Diversity of IncF Plasmids . Frontiers In Microbiology, Volume : 11, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2020.00483/full

Federica Palma, Thomas Brauge, Nicolas Radomski, Ludovic Mallet, Arnaud Felten, Michel-Yves Mistou, Anne Brisabois, Laurent Guillier, Graziella Midelet-Bourdin
(2020) Dynamics of mobile genetic elements of Listeria monocytogenes persisting in ready-to-eat seafood processing plants in France . BMC GENOMICS, Volume : 21, https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-020-6544-x

Julie Lao, Gérard Guédon, Thomas Lacroix, Florence Charron-Bourgoin, Virginie Libante, Valentin Loux, Hélène Chiapello, Sophie Payot, Nathalie Leblond-Bourget. (2020) Abundance, Diversity and Role of ICEs and IMEs in the Adaptation of Streptococcus salivarius to the Environment. GENES, 11(9), 10.3390/genes11090999

Hurel, J., Schbath, S., Bougeard, S., Rolland, M., Petrillo, M., Touzain, F. (2020) DUGMO: tool for the detection of unknown genetically modified organisms with high-throughput sequencing data for pure bacterial samples. BMC Bioinformatics, , DOI