Malgré les connaissances offertes par la recherche fondamentale sur les impacts de l’épigénome, notamment
du méthylome d’organismes modèles, l’épigénétique des communautés bactériennes demeure un défi en
écologie microbienne. Pourtant, le gain en qualité et débit des outils de séquençage de molécule unique per
mettent désormais de surmonter les limitations des méthodologies classiques des études sur le méthylome
(Bi Seq). Ainsi, ces progrès techniques ouvrent la voie à l'évaluation de l'impact de stimulus sur le méthylome
des communautés microbiennes et leurs conséquences sur l'écologie microbienne. L'ambition serait ainsi de
pouvoir moduler le méthylome de microbiotes afin d’influencer leur écologie et leurs interactions complexes
avec l’hôte.
Le parcours proposé ici vise à mettre en place une collaboration entre plusieurs laboratoires afin de concevoir
des outils méthodologiques, à la fois théoriques et pratiques, pour analyser l'épigénome du microbiote à par
tir de données de séquençage métagénomique en molécule unique. Au delà de ces développements, le but du
parcours sera également de fédérer des chercheurs au sein et en dehors de l’Institut, sur les enjeux du méta
épigénome afin de concevoir des plans expérimentaux adaptés aux questions posées à INRAE. L’objectif est
ainsi de tester différents moyens de modulation du méthylome et d’en observer l’impact sur la régulation de
l’écologie des holobiontes. Le projet ouvrira également sur une réflexion sur la contribution de l’épigénétique
à la relation symbiotique hôte microbes dont l’importance est prépondérante en santé humaine.