Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement
Mathématiques et Informatique Appliquées
Les thèses
ALAMICHEL Louise : Bayesian nonparametric methods for complex genomic data -
- Début et fin de la thèse :
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AUBERT Julie : Analyse statistique de données biologiques à haut débit - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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BARNIER Andrée : Modèles probabilistes spatialisés pour la propagation de pathogènes par les mouvements commerciaux d’animaux - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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BASSIGNANI Ariane : Intégration et analyse de données de métaprotéomique quantitative en shotgun pour explorer les fonctionnalités du microbiote intestinal humain dans le cadre des maladies cardiométaboliques - ED394 Physiologie Physiopathologie et Thérapeutique
- Début et fin de la thèse :
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BASTIDE Paul : Processus stochastiques avec sauts sur arbres : application à l'évolution adaptative sur des phylogénies - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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BAUDIER Claire : Décoder les mécanismes moléculaires sous-jacents à l'allocation dynamique des ressources chez la bactérie par une approche couplant modélisation et expérimentation - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse :
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BEREUX Stéphane : Modéliser et prédire les modifications microbiennes associées à l’émergence de maladies - ED 574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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BICHAT Antoine : Prise en compte de l’organisation hiérarchique des espèces pour la découverte de signatures métagénomiques multi-échelles - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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BODEIT Oliver : Large-scale economic model of growing budding yeast -
- Début et fin de la thèse :
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BOROVIKOVA Mariya : Information extraction from textual data for epidemiosurveillance for plant health - ED580 STIC
- Début et fin de la thèse :
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CAILLEBOTTE Antoine : Estimation et sélection de variables dans un modèle joint de données de survie et longitudinales à effets mixtes corrélés. Application à la prédiction des effets des attaques de pyrale sur la date de floraison du maïs. - ED 574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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CARPENTIER Juliette : Le microbiote au cœur des interactions Brassica napus x Delia radicum - Écologie, Géosciences, Agronomie et Alimentation (EGAAL)
- Début et fin de la thèse :
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COLAS Floriane : Développement d'un modèle d'aide à la décision pour la gestion intégrée de la flore adventice. Méta-modélisation et analyse de sensibilité d'un modèle mécaniste complexe (FLORSYS) des effets des systèmes de culture sur la dynamique de la flore adventice -
- Début et fin de la thèse :
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CRISTANCHO-FAJARDO Lina : Modeling of epidemic spreading through animal trade networks accounting for farmers decision making : assessment of control strategies for enzootic diseases - ED581 ABIES
- Début et fin de la thèse :
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DARRIGADE Léo : Modélisation du dialogue hôte-microbiote au voisinage de l’épithélium de l’intestin distal - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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DE SOUSA VIOLANTE Madeleine : Genomics of Salmonella sevovars Mbandaka, Typhimurium and its monophasic variant in milk and pork food sectors - ABIES
- Début et fin de la thèse :
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DESLANDES François : Modélisation de la biogénèse des oléosomes chez Arabidopsis thaliana - ED581 ABIES
- Début et fin de la thèse :
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DESSALLES Renaud : Stochastic models for protein production: the impact of autoregulation, cell cycle and protein production interactions on gene expression - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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DIOP Ousmane : Analyse mathématique de la dynamique de réseaux de régulation biologique - ED580 STIC
- Début et fin de la thèse :
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EPAIN Victor : Développement de méthodes efficaces, précises et conviviales pour corriger, assembler et aligner des lectures issues des technologies de séquençage 3e génération. - ED601 MathSTIC
- Début et fin de la thèse :
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FAURE Léon : Le métabolisme bactérien comme réseau de neurones artificiels, pour la détection multiplexe de biomarqueurs d’agents pathogènes - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse :
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FERRE Arnaud : Acquisition automatique de connaissances à partir d’articles scientifiques pour la modélisation du développement de la graine chez Arabidopsis thaliana - ED580 STIC
- Début et fin de la thèse :
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FOUSSAT Anne-Sophie : Cotation d'Information et Analyse de la Dynamique de Vie de la Connaissance. Application au Suivi Temporel de Fiabilité des Informations Bibliographiques sur des Insectes Vecteurs de Pathogènes des Plantes - ED STIC
- Début et fin de la thèse :
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GARNAULT Maxime : Composantes du risque de résistance aux fongicides anti-septoriose chez Zymoseptoria tritici et identification de stratégies anti-résistance durables - ED581 ABIES
- Début et fin de la thèse :
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GIGUELAY Jade : Estimation d'une densité discrète sous contrainte de k-monotonie. Application à l'estimation du nombre d'espèces dans une population - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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GOUTORBE Benoit : Développement et application d'une méthode précise et efficace pour l'analyse du microbiote humain à visée clinique - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse :
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GUEDON Tom : Tests des composantes de la variance dans les modèles à effets mixtes pour des petits échantillons. Application à l’étude de la variabilité génotypique chez Arabidopsis Thaliana. - EDMH
- Début et fin de la thèse :
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GUÉRIN Cyprien : Conception et mise en œuvre d’un système modulaire de mini-bioréacteurs pour la culture continue de microorganismes - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse :
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HAGHEBAERT Marie : Outils et méthodes pour la modélisation de la dynamique d’écosystèmes microbiens complexe à partir d’observations expérimentales temporelles : application à la dynamique du microbiote intestinal - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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INIZAN Olivier : Structuration et liage des données biologiques guidés par les ontologies et les principes organisateurs de modèles mathématiques. - ED 580 STIC
- Début et fin de la thèse :
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JEANNE Guillaume : Optimisation de la conception de bioprocédés : vers une approche intégrée biologie de synthèse et conduite du procédé - ED580 STIC
- Début et fin de la thèse :
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JUNKER Romane : Diversité génomique et fonctionnelle des communautés bactériennes associées aux produits végétaux fermentés : une approche interdisciplinaire incluant métagénomique et bioinformatique dans un contexte de recherche-action participative - SDSV
- Début et fin de la thèse :
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KAMARI Halaleh : Qualité prédictive des méta-modèles construits sur des espaces de Hilbert à noyau auto-reproduisant et analyse de sensibilité des modèles complexes. - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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KOUYE Henri Mermoz : Approches d’analyse de sensibilité de modèles stochastiques. Application aux modèles compartimentaux en épidémiologie - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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KUBASCH Madeleine : Modèles structurés multi-niveaux de dynamiques épidémiques - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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LAIB Khaled : Analyse hiérarchisée de la robustesse des systèmes incertains de grande dimension - ED160 EEA
- Début et fin de la thèse :
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LAO Julie : Création d'un outil de recherche et d'analyse des éléments mobiles conjugatifs dans les génomes de Firmicutes - ED607 SIRENA
- Début et fin de la thèse :
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LARUELLE Elise : Vers une modélisation des grands plans d’organisation de l’embryon d'Arabidopsis thaliana - ED567 SDV
- Début et fin de la thèse :
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LE ROUX Zoé : Characterisation of Knowledge Graph through network tools: application to the Omnicrobe knowledge graph - UNIBO / UPSaclay SDSV
- Début et fin de la thèse :
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LEQUERTIER Arthur : Transmission d'information à travers les réseaux métaboliques - ABIES
- Début et fin de la thèse :
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LU Yunjiao : Dynamiques intracellulaires et imagerie de super-résolution : la paroi bactérienne sondée à l'échelle moléculaire - ED601 MathSTIC
- Début et fin de la thèse :
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MARECHAL Anastasia : Modélisation mathématique de l’horloge circadienne dans une population d’hépatocytes - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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MONTAGNON Pierre : Dynamiques de populations et propagation d'épidémies sur des graphes dynamiques - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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MOULIN Cécile : Analyse des voies métaboliques au cours du cycle cellulaire: application au métabolisme du cancer - ED580 STIC
- Début et fin de la thèse :
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NARCI Romain : Modélisation et inférence par une approche couplant filtrage et algorithmes stochastiques pour des dynamiques épidémiques partiellement observées - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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NAVEAU Marion : Sélection de variables en grande dimension dans les modèles non linéaires à effets mixtes. Application en amélioration des plantes. - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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Nguyen Thanh-Julie : Renforcer les connaissances sur les risques associés aux pesticides sur les pollinisateurs dans différents contextes paysagers pour concevoir des paysages de santé - ED581 ABIES
- Début et fin de la thèse :
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OODALLY Ajmal : Estimation dans les modèles de fragilité à corrélations spatiales à partir d'une vraisemblance partielle pour analyser la propagation de la malaria en Ethiopie - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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PASSERI Iacopo : Towards Epigenetics Piloting Of Microbiomes -
- Début et fin de la thèse :
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PASSERI Iacopo : Statistical analysis of methylation patterns from S. meliloti - University of Florence ComBo
- Début et fin de la thèse :
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Pastremoli Eleonora : Towards a digital twin of the gut microbiota: a multidisciplinary approach for an in-depth understanding of composition, function and interaction with the host. - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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PAULAY Amandine : Modélisation de la dégradation des protéines par le microbiote intestinal humain - ABIES
- Début et fin de la thèse :
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PETY Solène : Méthodes hologénomiques pour prendre en compte le microbiote de l’hôte dans les évaluations génétiques - ED581 ABIES
- Début et fin de la thèse :
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Procope-Mamert Sylvain : Algorithmes d'inférence pour des modèles de Markov cachés hiérarchiques à observations non linéaires - applications à l'analyse de données omiques suivies au cours du temps. - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse :
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SAHO Mariyam : Analysis and modelling of mutation accumulation data in yeast - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse :
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SAMSON Samantha : "Potentiation in silico de molécules hits sur la M-target" - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse :
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SULTAN Ibrahim : Statistical modeling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse :
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TANG Anfu : Extraction of relational information from text in specific domain - adaptability and scalability - ED STIC
- Début et fin de la thèse :
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TANNEUR Irène : Modélisation et mise en oeuvre d'un système d'évolution dirigée dans la bactérie Bacillus subtilisée - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse :
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TOMILINA Ekaterina : Copula models for network inference from mixed/heterogeneous data with applications to multi-omics analysis - EDMH
- Début et fin de la thèse :
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VALSAMOU Dialekti : Extraction d'information à partir d'articles scientifiques appliquée à la prédiction de régulations biologiques impliquées dans le développement de la graine chez A. Thaliana - ED580 STIC
- Début et fin de la thèse :
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VILA NOVA Meryl : Détection et identification des mutations et des voies métaboliques associées à l’adaptation à l’hôte dans le pangénome de Salmonella - ED581 ABIES
- Début et fin de la thèse :
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YAO Xinzhi : Knowledge Base-Enhanced Prompting for Relationship Extraction using Large Language Models -
- Début et fin de la thèse :
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ZAAROUR Marwa : Analysis and rerouting of cellular resources for improvement of heterologous protein production in Bacillus subtilis - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse :
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ZAHERDDINE Jana : Modèles mathématiques de l’allocation dynamique des ressources dans une cellule de bactérie. - ED 386-SCIENCES MATHÉMATIQUES DE PARIS CENTRE
- Début et fin de la thèse :
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ZHU Xingyu : Design of Information Extraction tools to characterize molecules produced or degraded by microbes and applications to plant-fermented food ecosystems - STIC
- Début et fin de la thèse :
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