Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement

 

 
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Les thèses


Buttimore Aidan : Robust inference in Hidden Markov Models - EDMH
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Estelle Kuhn, Zacharie Naulet - Equipes : Dynenvie

YOUSSEF Meriem : Modèles de langage à l'échelle des graphes de pangénomes pour la prédiction de fonctions biologiques - ED 577 SDSV
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Alexandra CALTEAU; David VALLENET - Encadrant(s) : Guillaume GAUTREAU - Equipes : StatInfOmics

ZHU Xingyu : Design of Information Extraction tools to characterize molecules produced or degraded by microbes and applications to plant-fermented food ecosystems - STIC
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Claire Nédellec - Encadrant(s) : Robert Bossy - Equipes : Bibliome

LE ROUX Zoé : Characterisation of Knowledge Graph through network tools: application to the Omnicrobe knowledge graph - UNIBO / UPSaclay SDSV
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Hélène Chiapello - Encadrant(s) : Sandra Dérozier - Equipes : StatInfOmics

SAHO Mariyam : Analysis and modelling of mutation accumulation data in yeast - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Pierre NICOLAS, Julie SOUTOURINA - Encadrant(s) : Guillaume KON KAM KING, Pierre NICOLAS, Julie SOUTOURINA - Equipes : StatInfOmics

FOUSSAT Anne-Sophie : Cotation d'Information et Analyse de la Dynamique de Vie de la Connaissance. Application au Suivi Temporel de Fiabilité des Informations Bibliographiques sur des Insectes Vecteurs de Pathogènes des Plantes - ED STIC
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : C. Nédellec, V. Guigue, N. Sauvion - Encadrant(s) : Robert Bossy - Equipes : Bibliome

PETY Solène : Méthodes hologénomiques pour prendre en compte le microbiote de l’hôte dans les évaluations génétiques - ED581 ABIES
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Andrea Rau - Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Ingrid David - Equipes : StatInfOmics

Procope-Mamert Sylvain : Algorithmes d'inférence pour des modèles de Markov cachés hiérarchiques à observations non linéaires - applications à l'analyse de données omiques suivies au cours du temps. - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Nicolas CHOPIN, Maud DELATTRE et Guillaume KON KAM KING - Equipes : Dynenvie, Equipes : StatInfOmics

Nguyen Thanh-Julie : Renforcer les connaissances sur les risques associés aux pesticides sur les pollinisateurs dans différents contextes paysagers pour concevoir des paysages de santé - ED581 ABIES
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Ivan Sache - Encadrant(s) : Florence Carpentier - Equipes : Dynenvie

MARECHAL Anastasia : Modélisation mathématique de l’horloge circadienne dans une population d’hépatocytes - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Laurent Tournier - Encadrant(s) : Laurent Tournier, Mathieu Mezache - Equipes : BioSys

Pastremoli Eleonora : Towards a digital twin of the gut microbiota: a multidisciplinary approach for an in-depth understanding of composition, function and interaction with the host. - ED574 EDMH
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Beatrice Laroche - Encadrant(s) : Lorenzo Sala - Equipes : Dynenvie

YAO Xinzhi : Knowledge Base-Enhanced Prompting for Relationship Extraction using Large Language Models -
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Jingbo Xia - Encadrant(s) : Claire Nédellec, Robert Bossy - Equipes : Bibliome

GUÉRIN Cyprien : Conception et mise en œuvre d’un système modulaire de mini-bioréacteurs pour la culture continue de microorganismes - ED577 SDSV
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : P. Nicolas - Encadrant(s) : M. Jules (Micalis) - Equipes : StatInfOmics

INIZAN Olivier : Structuration et liage des données biologiques guidés par les ontologies et les principes organisateurs de modèles mathématiques. - ED 580 STIC
- Début et fin de la thèse : /
Directeur.trice : Fatiha Saïs - Encadrant(s) : Anne Goelzer, Danai Symeonidou - Equipes : BioSys