BiPSim est un simulateur stochastique des processus cellulaires bactériens, codé en C++, utilisable en ligne de commande sous Linux/Mac et distribué sous la licence GNU GPL. Ce travail a été financé par le projet Lidex-IMSV.

Calcul intégré du Flot de Particules entre Polygones.
CaliFloPP est un logiciel de calcul des flux de particules entre paires de polygones. L'application type est le calcul des flux de pollen entre parcelles, à l'échelle d'une petite région agricole. A partir d'une fonction de dispersion dite individuelle, c'est-à-dire décrivant la dispersion des particules de point à point, le programme calcule les flux totaux émis d'un polygone à un autre. Il résoud ce problème d'intégration en utilisant des algorithmes de géométrie algorithmique.

Cet outil calcule les empreintes carbone et eau de matériels de laboratoire réutilisables en verre et leurs équivalents en plastique jetable, en utilisant une approche d'analyse de cycle de vie.

Logiciel Matlab pour l'identification, l'inférence statistique et l'échantillonnage temporel optimal de modèles en microbiologie prévisionnelle par filtrage particulaire.

From raw reads to taxonomic and functional insights — with built-in statistics — in just a few clicks. Accessible to everyone, experts and non-experts alike, on Galaxy or via command line.

Genoscapist is a web-tool generating high-quality images for interactive visualization of hundreds of quantitative profiles along a reference genome together with various annotations.

ICEscreen is a bioinformatic pipeline for the detection and annotation of mobile genetic elements ICEs (Integrative and Conjugative Elements) and IMEs (Integrative and Mobilizable Elements) in Bacillota genomes. The forge of the project is accessible at https://forgemia.inra.fr/ices_imes_analysis/icescreen.

Learn and Evaluate Affiliation databanks on an online Platform

The Omnicrobe database contains around 1 million descriptions of microbe properties. These descriptions are created by analyzing and combining six information sources of various kinds, i.e. biological resource catalogs, sequence databases and scientific literature. The microbe properties are indexed by the Ontobiotope ontology and their taxa are indexed by an extended version of the taxonomy maintained by the National Center for Biotechnology Information. The Omnicrobe application covers all domains of microbiology. With simple or rich ontology-based queries, it provides easy-to-use support in the resolution of scientific questions related to the habitats, phenotypes, and uses of microbes.

Package R de génération de plans factoriels fractionnaires réguliers avec un ou plusieurs systèmes de blocs.

R'MES est un ensemble de programmes C++ dédié à la recherche de mots (ou familles de mots) ayant une fréquence exceptionnelle dans une séquence donnée (ADN, protéine ou autre). Il est distribué librement sur Internet à partir de la plateforme de développement collaboratif mulcyber du département MIA et possède un guide de l'utilisateur et une aide en ligne. R'MES est aussi disponible sur le serveur Galaxy de la plateforme Migale.

RITHMS, an R Implementation of a Transgenerational Hologenomic Model-based Simulator is an open-source package.

 It builds upon simulated transgenerational genotypes from the Modular Breeding Program Simulator (MoBPS) package and incorporates distinctive characteristics of the microbiota, notably vertical and horizontal transmission as well as modulation due to the environment and host genetics. In addition, RITHMS can account for a variety of selection strategies and is adaptable to different genetic architectures. We simulated transgenerational hologenomic data using RITHMS under a wide variety of scenarios, varying heritability, microbiability, and microbiota transmissibility.

The package and corresponding documentation is available on GitHub. 

WHOOPER is a Web application for Hands-On identification of proteins co-Occurrence among Phyla, focused on user ERgonomic.

WHOOPER is web application which combines HHsearch‑based detection of distant homologs with an interactive and user‑friendly analysis environment. WHOOPER makes it possible to align proteins of interest simultaneously against hundreds of proteomes, visualize the results in their phylogenetic context, explore and dynamically filter them using metadata (phylogeny, identity, size, genomic location, annotation), and easily select and export relevant results for downstream analyses.

A public instance of WHOOPER is deployed on the Migale platform and currently enables the screening of more than 7,500 reference proteomes from eukaryotes, bacteria, and archaea.

The code for Whopper is available on github.