Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement
Mathématiques et Informatique Appliquées
Projets et contrats StatInfOmics
Holobionts - ANR- PEPR AgroEcologie Numérique- (2023-2028)
Titre : Animal holobionts: a new biological scale to explore genetic diversity and refine breeding strategies for agroecology
Participants : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : GABI (Jouy-en-Josas), GenPhyse (Toulouse), IRISA (Rennes), MIAT (Toulouse), MetaGenoPolis (Jouy-en-Josas), UMRH (Clermont-Ferrand)Coordinateur : S. Combes (GenPhyse, INRAE Toulouse), J. Estellé Fabrellas (GABI, INRAE Jouy-en-Josas)
SafeFood4ClimDiet - ANR- ANR JC-JC- (2024-2026)
Titre : Assessing microbiological risks resulting from new consumption practices induced by climate change
Participants : A. Ferré, L. Deléger, S. Dérozier - Equipe(s) : Bibliome / StatInfOmics
Partenaires : CHAIX EstelleCoordinateur : FERRE Arnaud
DeepImpact - ANR- PPR-
Défi et/ou Axe : Cultiver et Produire Autrement (2021 - 2026)
Titre : Deciphering plant-microbiota interactions to enhance crop defenses to pests
Participants : M.Mariadassou, S. Schbath - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : INRA IGEPP (Rennes), INRA Agroécologie (Dijon), INRA BFP, INRA BIOGER, INRA ECOBIO, INRA GDEC, IRISA (Rennes), CNRS - LBBE LEM (Lyon), INRA LIPM (Toulouse)Coordinateur : C. Mougel (IGEPP, Rennes)
DeMuSi - Public (EPIC, coll. locales…)- ITMO Cancer - PCSI 2022-
Défi et/ou Axe : Appel à projets : Approches interdisciplinaires des processus oncogéniques et perspectives thérapeutiques : Apports à l’oncologie de la physique, de la chimie et des sciences de l’ingénieur (2022-2025)
Titre : Deciphering the mutational signature of transcription and DNA repair processes combined with exogenous DNA damages (DeMuSi)
Participants : P. Nicolas, G. Kon Kam King, C. Guérin - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : CEA I2BC (J. Soutourina), CEA Saclay (F. Mallogi), INSERM Gustave-Roussy (S. Nikolaev)Coordinateur : NICOLAS Pierre
SIDURI - ANR- ANR Grand Défi (2023-2032)
Titre : Développement de l'entrepôt de données autour des ferments du futur
Participants : V. Loux, M. Wan, A. Millan, T. Lacroix, S. Schbath, A. Barnabé, E. Le Floch, J. Duperrier - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : SPO (INRAE Montpellier)Coordinateur : LOUX Valentin
Projet d'apprentissage Holovini - INRAE- Projets d'apprentissage- (2025-2027)
Titre : Développement de méthodes pour la détection de flux de souches à partir de données métagénomiques shotgun et application aux écosystèmes vigne-vin
Participants : G. Kon Kam King - Equipe(s) : StatInfOmicsCoordinateur : AL. Abraham
EMT4AIMs - Starting Package 2025 GS LSH Université Paris-Saclay- (2025-2027)
Titre : Ecologically-informed Microbiome Transformers for AI-driven Metagenomics
Participants : G. Gautreau ; T. Lacroix - Equipe(s) : StatInfOmicsCoordinateur : G. Gautreau
Cloud4sams - PEPR- PEPR SAMS- (09/2024-08/2029)
Titre : Espaces numériques sécurisés pour l'accès et l’analyse des données du PEPR Systèmes Alimentaires, Microbiome et Santé
Participants : H. Chiapello, V. Loux, G. Gautreau - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : Université de Nantes, Université Claude Bernard Lyon1, Université Clermont Auvergne, CNRS, INRAE, INSERM, INRIA, IRDCoordinateur : Nicolas Pons et Claudine Médigue
HoloE2Plant - Commission européenne- ERC Starting Grant- (2022-2026)
Titre : Exploring the Holobiont concept through a Plant Evolutionary Experiment study
Participants : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : IRISA (Rennes), Department of Systematic and Evolutionary biology (Univ. Zurich), Claudia BartoliCoordinateur : MARIADASSOU Mahendra
FAIROmics - Commission européenne- HORIZON-MSCA-2022-DN-01-01- (2023-2027)
Titre : FAIRification of multiOmics data to link databases and create knowledge graphs for fermented foods
Participants : R. Bossy, H. Chiapello, S. Dérozier, C.Nédellec - Equipe(s) : Bibliome / StatInfOmics
Partenaires : Dominique Swennen (INRAE SayFood), l’alimentation et l’environnement, NIZO food research BV, National and Kapodistrian University of Athens, University of Reading, Chr. Hansen A/S, Vrije Universiteit Amsterdam, Agencia ...Coordinateur : CHIAPELLO Hélène
FermenTwin - INRAE Métaprogramme- INRAE Metaprogramme AMI DIGITBio- (2024)
Titre : FermenTwin
Participants : G. GAUTREAU, C. GUERIN, B. LAROCHE, L. SALA - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
Partenaires : MICALIS, Biogeco, SyBERCoordinateur : GAUTREAU Guillaume
OpenMiner - ANR- PRCI-
Défi et/ou Axe : Intelligence artificielle et science des données (2025-2027)
Titre : General Open Miner for Knowledge Extraction and Interaction
Participants : L. Deléger, S. Derozier - Equipe(s) : Bibliome / StatInfOmics
Partenaires : RALI (Montréal, Canada)Coordinateur : A. Ferré
DOMINO - Commission européenne- H2020 HORIZON-CL6-2021-FARM2FORK-01- (2022-2027)
Titre : Harnessing the microbial potential of fermented foods for healthy and sustainable food systems
Participants : V. Loux, M. Mariadassou, H. Chiapello - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : Micalis S. Chaillou (INRAE, Jouy-en-Josas) + 21 partenaires, 10 paysCoordinateur : LOUX Valentin
DMB4ALE - APPC TWB- (01/2024-12/2025)
Titre : Implementation of dual mini-bioreactors for adaptive laboratory evolution without biofilm
Participants : C. Guérin, P. Nicolas, S. Dérozier - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : P. Nicolas et S. DérozierCoordinateur : GUERIN Cyprien
MetaSimFood - ANR- ANR Blanche PRC 2021
Défi et/ou Axe : Axe 1.5 Alimentation et Systèmes Alimentaires (2021 - 2025)
Titre : Improving the quality, safety and sustainability of fermented vegetable food and fruit beverage using a knowledge-driven synthetic ecology and modelling approach
Participants : M. Mariadassou, V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : S. Chaillou Micalis (INRAE Jouy-en-Josas), SayFood (INRAE Versailles), Aérial (ITAI, Illkirch), UR Oenologie (Univ. Bordeaux), STLO-CIRM (INRAE, Rennes)Coordinateur : MARIADASSOU Mahendra
Agro-Serv - Commission européenne- H2020 - HORIZON-INFRA-2021-SERV-01-02- (2022-2027)
Titre : Integrated SERVices supporting a sustainable AGROecological transition
Participants : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : 42 partenaires - Infrastructures de recherche: Anaee/Emphasis/Elixir/EMBRC/EURo Bioimaging/EU OpenScreen/MetroFood/SmartCow/IBISBA/LifeWatch/MIRRICoordinateur : MISTOU Michel-Yves
GreenFieldData - Horizon Europe- MSCA Doctoral Networks- (2025-2028)
Titre : IoRT Data management and analysis for Sustainable Agriculture
Participants : S. Schbath - Equipe(s) : Migale / StatInfOmicsCoordinateur : S. Bimonte (INRAE, TSCF)
MutaToR - ANR- AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE12 Génétique, génomique et ARN (2023-2026)
Titre : Mechanisms of mutational processes involving transcription and nucleotide-excision DNA repair
Participants : C. Guérin, G. Kon Kam King, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : J. Soutourina (CEA-CNRS-I2BC), F. Malloggi (LIONS-CEA)Coordinateur : NICOLAS Pierre
MICROBES4CLIMATE - Commission européenne- HORIZON-INFRA-2023-SERV-01-02 — Research infrastructure services advancing frontier knowledge- (2024-2029)
Titre : Microbial services addressing climate change risks for biodiversity and for agricultural and forestry ecosystems: enabling curiosity-driven research and advancing frontier knowledge
Participants : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : MIRRI / ANAEE / EMPHASIS / ELIXIR / LifeWatch / AIT / CABI / Nelson LIMA Université MinhoCoordinateur : Mistou M.Y
Microbe-4-Climate - HORIZON-INFRA-2023-SERV-01-02- (2024-2029)
Titre : Microbial services addressing climate change risks for biodiversity and for agricultural and forestry ecosystems: enabling curiosity-driven research and advancing frontier knowledge
Participants : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : 30 partenaires, Universités de Turin, Gent, Valencia, Notthingam, Wageningen; CNRS, CNR, AIT ...Coordinateur : MIRRI-ERIC Ana Portugal
MICROBE - Commission européenne- HORIZON-INFRA-2022-TECH-01-01 RIA- (2023-2026)
Titre : MICRObiome Biobanking (RI) Enabler
Participants : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : AIT (AUS) - DSMZ (GER) - EMBL (UK) - CABI (UK) - HMGU (GER) - MUG (AUS) - SU (FR)Coordinateur : MISTOU Michel-Yves
HOLOVINI - INRAE Métaprogramme- Metaprogramme Holoflux- (2023-2026)
Titre : Microbiomes at the interface of the vineyard and the cellar
at the time of the agroecological transition
Participants : A-L. Abraham, G. Kon Kam King, - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : UMR Oenologie (Bordeaux), UMR SPO (Montpellier), UMR SAVE (Bordeaux), UMR Biogeco (Bordeaux), UMR CBGP (Montpellier), UMR EGFV (Bordeaux), UMR Agroecologie (Dijon), UMR ISPA (Boredeaux), UE Pech Rouge (Montpellier), Isabelle Masneuf-Pomarede, J.-L. LegrasCoordinateur : ABRAHAM Anne-Laure
MicroBiomeSchemas - INRAE- SaPI (DipSO)- (2025)
Titre : MicroBiomeSchemas : des schémas de métadonnées partagés pour les données métaomiques des projets ciblant des microbiomes d’intérêt étudiés à INRAE
Participants : H. Chiapello, C. Midoux, O. Rué, V. Loux - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : CATI BOOM, DIISCICO, BARIC, PROSODIECoordinateur : Hélène Chiapello
MALDIBANK - Commission européenne- HORIZON-INFRA-2024-TECH-01-01- (2025-2029)
Titre : Multi-domain Open MALDI Spectra BANK for Identification of Microorganisms
Participants : MY Mistou, S. Marthey, S. Schbath, V. Loux - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : INSTRUCT, EMBRC, EMBL,Sciensano, Institut Pasteur,Uni. of Latvia, Sorbonne U., Uni. Torino, ..., Coordinateur : Mistou M.Y (INRAE MaIAGE, co-coordinateur)
NO-ESKAPE - ANR- CE18 Innovation Biomédicale- (2024-2027)
Titre : New antimicrobials against ESKAPE pathogens to fight nitric oxide stress resistance
Participants : Sylvain Marthey, Gwenaëlle André - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : Nalini Rama Rao (Micalis) Jean-Christophe Cintrat (CEA), Eric doris (CEA), Julien Nicolas (Institut Galien), Simona Mura (Institut Galien)Coordinateur : ANDRE Gwenaëlle
PanGAIMiX - ANR- AAPG 2025 ("ANR blanche")- (2025-2029)
Titre : Pangenome Graphs for AI-driven Microbial genome eXploration
Participants : G. Gautreau, T. Lacroix, H. Chiapello - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : A. Calteau, LABGEM/Genoscope/CEA, LaMME/Université d'EvryCoordinateur : Alexandra CALTEAU
PHHASt - ANR- AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE20 Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des micro-organismes (2022-2026)
Titre : Phenotypic heterogeneity and host adaptation during late infection in sporulating Firmicutes
Participants : S. Dérozier, C. Guérin, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : L. Slamti (MICALIS), F. Neulat-Ripoll (IRBA)Coordinateur : L. Slamti
PROMETHEUS - Financement public - privé- France 2030 IHU (2023-2032)
Titre : PRecisiOn MedicinE for healTHcare associatEd and commUnity acquired Sepsis
Participants : B. Laroche, L. Sala, G. Andrée-Leroux, S. Marthey - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
Partenaires : APHA,CEA, INSERM, Univ Paris-Saclay (UVSQ, Pasteur, etc..) - Djalili Annane-Coordinateur INRAE (WP1) Pascale Serror Coordinateur : LAROCHE Béatrice
AgriCoolTools - ANR- ANR AAPG 2025 PRC
Défi et/ou Axe : Axe H.14 - Interfaces : mathématiques, sciences du numérique – biologie, santé (2025-2030)
Titre : Statistics and machine learning predictive tools for transition toward sustainable agriculture: dynamic modeling and heterogeneous population
Participants : M. Delattre, Z. Naulet, G. Kon Kam King, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
Partenaires : Heudiasys (UTC), MICS (CentraleSupelec), MIAPS (INRAE), Genphyse (INRAE), IJPB (INRAE), GQE Le Moulon (INRAE)Coordinateur : Kuhn Estelle
HoloOligo - ANR- Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des microorganismes(2021-2024)-
Défi et/ou Axe : CE20 (2022-2026)
Titre : Structure diversity, functionality and modulation of milk oligosaccharides in monogastric livestock species: towards optimal development of rabbit and pig holobionts
Participants : Sandra Dérozier, Valentin Loux, Mouhamadou Ba, Claire Nédellec, Robert Bossy, Louise Deléger - Equipe(s) : Bibliome / Migale / StatInfOmics
Partenaires : GenPhySE, PEGASE, MICALIS, GABI, LEMM-CEA, IE PECTOUL, UE3PCoordinateur : Sylvie Combes (GenPhySE, INRAE)
TEPOM - INRAE Métaprogramme- INRAE Metaprogramme AMI 2024 DIGITBio- (2025)
Titre : Towards Epigenetics Piloting Of Microbiomes
Participants : Guillaume Gautreau, Iacopo Passeri - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : MetaGenoPolis, Université de FlorenceCoordinateur : GAUTEREAU Guillaume