Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement
Mathématiques et Informatique Appliquées
Stagiaires StatInfOmics
ALI Hanine : Amélioration des analyses pangénomique par la fusion d'outils graphiques - M2 - Université Paris Cité - ( - )
Encadrant(s) : Guillaume Gautreau, Camille Marchet - Equipe(s) : StatInfOmics
MAYI Émilie-Jeanne : Adaptation de l’application Genoscapist pour l’étude de l’hétérogénéité phénotypique et l’adaptation à l'hôte pendant la phase stationnaire chez les Firmicutes pathogènes sporulants - Master 2 Bioinformatique - Biologie informatique - Université de Paris Cité - ( - )
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Cyprien Guérin - Equipe(s) : StatInfOmics
GUEDOUAR Sana : Évaluation de Neo4J dans le cadre de la création du graphe de connaissances Omnicrobe - Master 2 Bioinformatique - Biologie informatique - Université de Paris Cité - ( - )
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Robert Bossy - Equipe(s) : Bibliome, Equipe(s) : StatInfOmics
LODHI Laiqa Zia : Développement d'un environnement bioinformatique dédié à la caractérisation des protéines traB de Streptomyces. - Master 2 - Université Paris-Saclay - ( - )
Encadrant(s) : Sylvain Marthey - Equipe(s) : StatInfOmics
POUPELIN Clément : Meta-analyse exploratoire de jeux de données publics de différents écosystèmes microbiens de la chaîne alimentaire - Master 2 - Nantes Université - ( - )
Encadrant(s) : Christelle Hennequet-Antier, Cédric Midoux, Hélène Chiapello - Equipe(s) : Migale, Equipe(s) : StatInfOmics
SADAT Sofiane : Generative AI and Large Language Models for biological sequence characterization - M2 - ENSIMAG - ( - )
Encadrant(s) : Arnaud FERRE, Guillaume KON KAM KING, Sofia LOTFI - Equipe(s) : Bibliome, Equipe(s) : StatInfOmics
BRUYERE Emeline : Construction, caractérisation et visualisation de pangénomes bactériens à différentes échelles évolutives - M2 - Université Paris-Saclay - ( - )
Encadrant(s) : Guillaume Gautreau, Romane Junker, Sandra Dérozier, Hélène Chiapello - Equipe(s) : StatInfOmics
FRANCIS Juliette : Explorations des méthodes d’intégration précoce (early integration) dans l'objectif de prédiction (ou de classification de catégories d’efficience alimentaire) - Master 2 - Université de Rennes - ( - )
Encadrant(s) : Yann Le Cunff, Quentin Le Graverand, Mahendra Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
BONNERY Daniel : Développement d'un algorithme d'échantillonnage de loi a posteriori pour l'inférence sur la diversité des haplotypes dans les données métagénomiques à l'aide de modèles de mélange - MASTER 2 - ENSAE - ( - )
Encadrant(s) : Guillaume KON KAM KING - Equipe(s) : StatInfOmics
PROCOPE-MAMERT Sylvain : Modélisation dépendante de données omiques temporelles à l'aides de modèle de Markov Cachés - M2 - Université Paris-Dauphine / Ecole Normale Supérieure de Rennes - ( - )
Encadrant(s) : Maud Delattre, Guillaume Kon Kam King - Equipe(s) : Dynenvie, Equipe(s) : StatInfOmics
BAILLIE Nils : Etude comparative de lois a priori bayésiennes pour la sélection de variables dans les modèles non linéaires à effets mixtes - M1 - Université Paris-Saclay - ( - )
Encadrant(s) : Maud Delattre / Guillaume Kon-Kam-King - Equipe(s) : Dynenvie, Equipe(s) : StatInfOmics
LEGRAS Mia : Identification of strain fluxes in a dairy food chain - Master 2 - Université Paris-cité - ( - )
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Guillaume Kon Kam King - Equipe(s) : StatInfOmics
CARREL-BILLIARD Louis : Exploration d’une approche hologénomique pour prendre en compte le microbiote de l’hôte - M2 - Université Aix-Marseille - ( - )
Encadrant(s) : Andrea Rau, Mahendra Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
MEYER Eloïse : Quels dispositifs de médiation scientifique pour communiquer des résultats de séquençage métagénomique d’échantillons microbiens dans un projet de sciences participatives portant sur des aliments fermentés ? - Master 1 - Université de Bordeaux Montaigne - ( - )
Encadrant(s) : Romane Junker, Hélène Chiapello, Florence Valence, Laurent Marché - Equipe(s) : StatInfOmics
VIGO Elora : Évolution de l'interface web d'Omnicrobe afin d'ordonner les données selon leur qualité - Master 1 - Université Paris-Saclay - ( - )
Encadrant(s) : Louise Deléger, Sandra Dérozier - Equipe(s) : Bibliome, Equipe(s) : StatInfOmics
GBABOUA Cassandra : Identification des DGAT3 dans un set de génomes - ( - )
Encadrant(s) : Anne-Marie le Coq (IJPB), Gwenaëlle André - Equipe(s) : StatInfOmics
PETY Solène : Développement de méthodes pour la détection de flux de souches et de gènes à partir de données métagénomiques shotgun le long d’une chaîne de production alimentaire - Master 2 - Université de Rouen - ( - )
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Guillaume Kon Kam King - Equipe(s) : StatInfOmics
LERAY Laurine : Analyse de l'abondance de gènes marqueurs butyrate et propionate dans les cohortes métagénomiques liées à des dysbioses pathologiques - master2 - AgroParisTech - ( - )
Encadrant(s) : Thomas Lacroix, Claire Cherbuy - Equipe(s) : StatInfOmics
ATIA Safiya : Genoscapist - Ajout de fonctionnalités de personnalisation des éléments graphiques via l'interface utilisateur - Master 1 - Université Paris Saclay - ( - )
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Cyprien Guérin - Equipe(s) : StatInfOmics
BEGHIN Romane : Genoscapist - Ajout de fonctionnalités de chargement de données à la volée - Master 1 - Université Paris Saclay - ( - )
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Cyprien Guérin - Equipe(s) : StatInfOmics
COTTARD Emilie : Molecular comprehension of the modularity in Two Components Systems in order to design new ones - M1 - ( - )
Encadrant(s) : Sylvain Marthey, Gwenaëlle André and Pierre Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
DESVILLES Aurélien : Screening the Sec proteins in the core genome of the gut - M1 - ( - )
Encadrant(s) : Sylvain Marthey et Gwenaëlle André - Equipe(s) : StatInfOmics
TEMPEZ Eliott : Etude du gène codant la L-lactate déshydrogénase dans le pangénome de lactobacilles et analyse structurale et fonctionnelle de la protéine - Licence 2 - Université Paris Saclay - ( - )
Encadrant(s) : Romane JUNKER, Samantha SAMSON - Equipe(s) : StatInfOmics
JUNKER Romane : Caractérisation de la diversité génomique et du contenu en gènes d’intérêt d’une collection de souches de lactobacilles. - Master2 AMI2B - Université Paris Saclay - ( - )
Encadrant(s) : Hélène Chiapello, Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Godart Nathan : Test de méthodes de reconstruction d’haplotypes de gènes de résistance aux antibiotiques présents dans des données métagénomique - L3 - Université de Poitiers - ( - )
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Anne-Carmen Sanchez - Equipe(s) : StatInfOmics
LOPEZ Julien : Voies métaboliques de dégradation de sucres complexes par les bactéries commensales et utilisation comme marqueurs de microbiotes sains et dysbiotiques - M2 Biodiversité Génomique et Environnement - Université Paris Saclay - ( - )
Encadrant(s) : Thomas Lacroix, Claire Cherbuy - Equipe(s) : StatInfOmics
Debbah Nagi : Développement d'un workflow Snakemake pour la détection de pseudogènes - Master 1 - Université de Paris Diderot - ( - )
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Hélène Chiapello - Equipe(s) : StatInfOmics
Anne-Carmen Sanchez : Analysis of microbial diversity in metagenomic datasets - Master 2 - Sorbonne université - ( - )
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Hélène Chiapello, Pierre Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
AH-LONE Sam : Mise en place d'une application permettant l'alignement de génomes complets bactériens - Master Biosciences, Bio-Informatique 2ème année en apprentissage - Université de ROUEN Normandie - ( - )
Encadrant(s) : Sandra Dérozier, Hélène Chiapello - Equipe(s) : Migale, Equipe(s) : StatInfOmics
BENOIST Joffrey : Développement d'un pipeline pour la détection de pseudogènes - Master 1 - Master Bio-informatique/Bio-statistiques et Magistère de biologie, Université Paris Sud Orsay - ( - )
Encadrant(s) : C. Coluzzi, V. Loux et H. Chiapello - Equipe(s) : Migale, Equipe(s) : StatInfOmics
TANNEUR Irène : Contrôle du taux de mutation spontanée dans la bactérie Bacillus subtilis - 5e année - INSA Lyon - ( - )
Encadrant(s) : Pierre Nicolas (MaIAGE), Matthieu Jules (MICALIS) - Equipe(s) : StatInfOmics
EL DJOUDI Yassin : Etude des polymorphismes intraspécifiques des espèces majoritaires du microbiote intestinal à partir de génomes séquencés - L3 sciences de la vie parcours bio-informatique - Université de Poitiers - ( - )
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Hélène Chiapello, Pierre Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
GHOUL Amina : Etude de la distribution de longueurs des lectures produites par les technologies de séquençage de 3ème génération - Master 1 Mathématiques et interactions - Université d'Evry Val d'Essonne - ( - )
Encadrant(s) : Jean-François Gibrat - Equipe(s) : StatInfOmics
NGUYEN-PHAM Khanh-Chi : La caractérisation moléculaire de l’interaction Mfd -Mutation frequency decline et facteur de virulence- avec sa partenaire UvrA, deux protéines bactériennes. - M1 bioinformatique - Université Paris-Diderot - ( - )
Encadrant(s) : Gwenaelle Andre-Leroux - Equipe(s) : StatInfOmics
HARDY Clément : Exploration des Méthodes d'analyse de données compositionnelles pour l'étude du lien entre microbiote instestinal et santé - Master 1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud - ( - )
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Magali Berland - Equipe(s) : StatInfOmics
SAMSON Samantha : Identification des homologues structuraux de PknB chez S. thermophilus. Validation in vitro. - Master 1 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot - ( - )
Encadrant(s) : Véronqiue Monnet (MICALIS) et Gwenaëlle André-Leroux - Equipe(s) : StatInfOmics
DE MURAT Daniel : Etude comparative d’outils d’analyses de données de séquençage métagénomiques - Master 1 de bioinformatique - Université Paris 7 - ( - )
Encadrant(s) : Anne-Laure Abraham, Olivier Rué - Equipe(s) : Migale, Equipe(s) : StatInfOmics
BANKOLE Alexia : Programmation d’un outil de construction de matrices d’occurrences de gènes dans des populations de génomes microbiens - L3 en double licence Sciences de la vie et informatique - Université Paris Saclay - Université Evry - ( - )
Encadrant(s) : Hélène Chiapello, Olivier Inizan - Equipe(s) : StatInfOmics
ALBERT Solène : Caractérisation in silico de la structure/fonction/pathogénie de Mfd -Mutation frequency decline- chez diverses souches de B. cereus. Validation in vitro. - Master 2 - Université des Sciences et Techniques de Paris Diderot - ( - )
Encadrant(s) : Nalini RamaRao (MICALIS) ; Gwenaëlle André-Leroux - Equipe(s) : StatInfOmics
DENOEUD Alexis : Caractérisation structurale in silico de FstA de Streptococcus thermophilus - Licence L3 - Faculté des Sciences d'Orsay - Université Paris Sud - ( - )
Encadrant(s) : Gwenaëlle André-LerouxGwenaëlle André-Leroux - Equipe(s) : StatInfOmics
DAOUDA OUMOU SALAMA Abdourahim : Modélisation et estimation du phyllochrone du maïs. Etude des effets du génotype et de l'environnement - Master 1 - Institut de Statistique de l'Université Pierre et Marie Curie (ISUP) - ( - )
Encadrant(s) : Sylvie Huet, Sandra Plancade - Equipe(s) : StatInfOmics
XIE Hengjia : Analyse statistique des changements métaboliques suite à une perturbation chez la chèvre - M2 - Université Paris-Descartes - ( - )
Encadrant(s) : Masoomeh Taghipoor, Sandra Plancade, Céline Domange - Equipe(s) : StatInfOmics
LAO Julie : Comparaison de méthodes statistiques d'inférence de réseaux de co-occurences au sein d'écosystèmes microbiens à partir de données métagénomiques - Master Bioinformatique - Université Paris Diderot - ( - )
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Sophie Schbath - Equipe(s) : StatInfOmics
FROUIN Arthur : Modèle de recombinaison dépendente de la distance phylogénétique - M2 Ingéniérie Statistique et Génome - UPSay - ( - )
Encadrant(s) : Pierre NICOLAS - Equipe(s) : StatInfOmics
NGUYEN Thi-phuong-lien : Update of GPCR automodel - Master 2 pro - Université d'Aix MArseille - ( - )
Encadrant(s) : Gwenaëlle André-Leroux - Equipe(s) : StatInfOmics
CHAPUIS Emile : Etude d'un jeu de données méta-protéomiques - M1 Mathématiques Appliquées - Université Paris Sud - ( - )
Encadrant(s) : Sandra Plancade, Sylvie Huet - Equipe(s) : StatInfOmics
PATERNINA Janio : Caractérisation in silico du récepteur olfactif PSGR - M1 BSSM - Génie Physiologique, Biotechnologique Informatique - Université de Poitiers - ( - )
Encadrant(s) : Gwenaëlle André-Leroux - Equipe(s) : StatInfOmics
SHI Xiaohan : Modélisation et estimation de l'abondance d'hippocampes sur le bassin d'Arcachon et l'étang de Thau en fonction de l'habitat - Master 2 Mathématiques appliquées - Ecole Polytechnique - ( - )
Encadrant(s) : Sylvie Huet - Equipe(s) : StatInfOmics
PEILLET Stéphane : Intégration d'outils et de workflows dans Galaxy : contrôle qualité et amélioration de la reproductibilité - Master 2 CI - ESME SUDRIA - ( - )
Encadrant(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux, Franck Samson - Equipe(s) : Migale, Equipe(s) : StatInfOmics
PRIVAT Martin : Logiques cis-régulatrices dans le développement du cerveau moyen - Licence 3 - ENS - Lyon - ( - )
Encadrant(s) : Pierre Nicolas, Sophie Schbath - Equipe(s) : StatInfOmics
BASTIDE Paul : Shifted stochastic processes evolving on trees : application to models of adaptive evolution on phylogenies - Master 2: Mathématiques pour les Sciences du Vivant - Université Paris Sud - ( - )
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin - Equipe(s) : StatInfOmics
GUARRACINO Yann : Implémentation de workflows ngs dans un environnement galaxy - Master 1 : Biologie - Informatique - Université Paris Diderot - Paris7 - ( - )
Encadrant(s) : Sandra Derozier, Valentin Loux - Equipe(s) : Migale, Equipe(s) : StatInfOmics
PAIN Adrien : Typage Bactérien basé sur le pan-génome - Master 2 - Université Paris Diderot - ( - )
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe Bessières - Equipe(s) : StatInfOmics
BLIN Camille : Étude de la diversité génétique de souches de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium Freudenreichii et lien avec leurs propriétés probiotiques - Master Biosciences - ENS Lyon - ( - )
Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Philippe Bessières - Equipe(s) : StatInfOmics