Ce projet porte sur des analyses génomiques comparatives autour des voies métaboliques de dégradation des sucres complexes par les bactéries commensales et leur utilisation comme marqueurs du microbiote sain et dysbiotique. Plus précisément, l'objectif de ce projet est d'analyser l'abondance de gènes marqueurs butyrate et propionate dans des cohortes métagénomiques liées à une dysbiose pathologique. Les principales missions du stage sont les suivantes :
  1) nettoyage de l'ADN contaminant dans l'ADN métagénomique (bowtie2)
  2) automatisation du lancement des analyses sur une cohorte métagénomique (python, utilisation d'un cluster de calcul)
  3) mise en place d'une stratégie de normalisation des résultats (RPKM, MUSICC)
  4) analyse et interprétation des résultats (R)