Le projet Fugace a pour objectif d’identifier des flux de gènes de résistance aux antibiotiques dans des microbiotes de caeca de poulets d’élevage dans une ferme expérimentale. Dans le cadre de ce projet, les caeca des poulets ont été séquencés par séquençage métagénomique.

Dans le but de retracer les flux de gènes entre échantillons, une méthode est en cours de développement dans l’équipe StatInfOmics de MaIAGE. L’idée est de comparer les haplotypes des gènes de résistance présents dans les différents échantillons. Cette méthode utilise un workflow en Snakemake et python3 basé sur l’alignement des reads métagénomiques sur une base non redondante de gènes de résistance aux antibiotiques, puis identifie les polymorphismes. Nous travaillons actuellement au test de méthodes statistiques pour reconstituer les séquences des haplotypes présents dans les échantillons à partir des sorties du workflow.

L'objectif du stage est de tester ces méthodes à partir de jeux de données métagénomiques simulés.