Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement

 

 
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Séminaires externes organisés par l'unité

  • Vendredi 19 septembre 2014
    à - Amphithéâtre Jacques Poly, bâtiment 440
    Plusieurs intervenants
    ► "Bucoliques, les Mathématiques ?"

  • Lundi 29 septembre 2014
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Véronique Cariou (ONIRIS, Nantes)
    ► Traitement de données métabolomiques dans un contexte 3-voies. Présentation de différentes approches en exploratoire versus en discrimination

  • Lundi 13 octobre 2014
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Simon Labarthe (INRA, MiaJ)
    ► Equations de réaction diffusion en modélisation cardiaque et en dynamique de population.

  • Lundi 24 novembre 2014
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Maud Delattre (AgroParisTech-INRA, UMR 518 MIA)
    ►Titre et résumé à venir

  • Mardi 6 janvier 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Rosemary Bailey (Queen Mary University of London, School of Mathematical Sciences)
    Designs for variety trials with very low replication

  • Lundi 19 janvier 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Bogdan Mirauta (Biologie Computationnelle et Quantitative, UMR 7238 CNRS-UPMC; MaIAGE INRA)
    Transcriptome Analysis from High-Throughput Sequencing Count Data

  • Lundi 2 février 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Charlotte Baey (Ecole Centrale Paris, laboratoire MAS)
    Modélisation de la variabilité inter-individuelle dans les modèles de croissance de plantes

  • Lundi 16 février 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Sarah Lemler (UEVE - CNRS, UMR 8071 LAMME)
    Estimation pour les processus de comptage avec beaucoup de covariables

  • Lundi 2 mars 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Viet Chi Tran (CNRS - Université Lille 1, UMR 8524 Laboratoire Paul Painlevé)
    Un modèle de propagation d'épidémie sur un graphe de configuration

  • Lundi 16 mars 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Pierre Rivière (1) et Olivier David (2) (Réseau Semences Paysannes (1) et INRA UR1404 MaIAGE (2))
    Dispositifs expérimentaux pour la sélection décentralisée et participative sur le blé tendre

  • Lundi 30 mars 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Guillaume Achaz (UPMC-CNRS UMR7138, IBPS ABI et Collège de France SMILE)
    The strange case of the Standard Neutral Model of molecular evolution: when, what and why

  • Lundi 13 avril 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Claire Rogel-Gaillard (INRA-AgroParisTech, UMR 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative)
    Sciences Animales Paris Saclay : pour qui, pourquoi, pour quoi faire?

  • Lundi 18 mai 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Khashayar Pakdaman (U. Paris Diderot - CNRS, UMR 7592 Institut Jacques Monod, Biologie computationnelle et biomathématiques)
    Noise variability and synchronization

  • Lundi 1er juin 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Marion Leclerc (INRA Micalis, Equipe PhylHom)
    Annulé

  • Lundi 15 juin 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Evelyne Lutton (INRA - GMPA)
    Modéliser, visualiser, optimiser.

  • Lundi 29 juin 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Bertrand Cloez (INRA-SupAgro, UMR 729 MISTEA, Montpellier)
    Comportement en temps long de processus avec extinction

  • Lundi 7 septembre 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Wolfram Liebermeister (Institut für Biochemie, Charité - Universitätsmedizin Berlin)
    Enzyme economy in metabolic networks

  • Lundi 21 septembre 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Jean-Michel Marin (UMR CNRS 5149, Institut de Mathématiques et Modélisation, Université de Montpellier)
    Méthodes d’inférence de l’histoire démographique de populations structurées à partir de données de polymorphisme génétique

  • Vendredi 2 octobre 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Philipp W. Messer (Department of Biological Statistics and Computational Biology, Cornell University)
    Understanding the rapid evolution of pesticide and drug resistance

  • Lundi 2 novembre 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Isabelle Bloch (UMR 5141 LTCI, Telecom ParisTech - CNRS)
    Modèles symboliques pour la reconnaissance de structures dans les images et l'interprétation de scènes

  • Lundi 5 octobre 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Christopher Quince (Warwick Medical School, University of Warwick)
    Probabilistic Modelling of Microbial Community Structure

  • Lundi 16 novembre 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Fabrice Rossi (équipe SAMM, Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne)
    Analyse exploratoire de graphes dynamiques

  • Lundi 30 novembre 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Pierre Larmande (IRD, South Green, Montpellier)
    Enabling knowledge management in the Agronomic Domain

  • Lundi 15 décembre 2015
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Edward IONIDES (University of Michigan, Department of Statistics )
    Inference for dynamic and latent variable models via iterated, perturbed Bayes maps

  • Lundi 11 janvier 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Jean-Benoist LEGER (INRA, MaIAGE)
    Modèle de graphes à espace latent continu de type SBM

  • Lundi 25 janvier 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Sophie DONNET (AgroParisTech-INRA, UMR 518 MIA)
    Bayesian estimation for multidimensional Hawkes processes

  • Lundi 8 février 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Nicolas BOUSQUET (EDF, R&D)
    Estimer des indicateurs de risque par simulation de modèles complexes "boîte noire" en tirant parti de contraintes de forme (monotonie, convexité...), avec applications en aide à la décision

  • Jeudi 18 février 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Stefanie Widder (Division of Computational Systems Biology, Univ. of Vienna)
    (Self)-Organization of the human microbiota in health and disease

  • Lundi 22 février 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Youssef Diouane (ISAE - SupAéro)
    Globally convergent evolution strategies with application to an Earth imaging problem in geophysics.

  • Lundi 7 mars 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Marie Suez (UPMC, IBPS / INRA, MaIAGE)
    Diversité génétique des populations de cerfs élaphe (Cervus elaphus) en Île-de-France, en liaison avec l'anthropisation.

  • Lundi 21 mars 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Avner Bar-Hen (Université Paris Descartes - CNRS, Laboratoire MAP5, UMR 8145)
    Détection de cluster spatiale en utilisant la distance au plus proche voisin

  • Lundi 4 avril 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Argyris Kalogeratos (ENS Cachan, CMLA)
    Algorithmes efficaces pour contenir des processus épidémiques sur réseaux à l'aide de ressources d'efficacité limitée / Suppressing epidemics on arbitrary networks using treatment resources of limited efficiency

  • Lundi 18 avril 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Reporté
    TBA

  • Lundi 23 mai 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Annulé
    TBA

  • Lundi 20 juin 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Julien Chiquet (AgroParisTech-INRA, UMR 518 MIA)
    Fast tree inference with weighted fusion penalties

  • Lundi 12 septembre 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Catherine Larédo (INRA, MaIAGE)
    Estimation paramétrique pour des équations différentielles stochastiques à effets mixtes à partir de données longitudinales discrétisées.

  • Lundi 12 Septembre 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Ludovic Cottret (INRA-CNRS, LIPM)
    Analyse de la robustesse phénotypique d'une bactérie phytopathogène par intégration du réseau métabolique et du réseau de régulation

  • Lundi 26 septembre 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Tabea Rebafka (UPMC, LPMA)
    Estimation et clustering dans un modèle de processus de Poisson semiparamétrique à blocs stochastiques pour des réseaux d’interaction longitudinaux

  • Lundi 17 octobre 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Florence Débarre (Collège de France, CIRB CNRS UMR 7241)
    Evolution in spatially heterogeneous environments

  • Lundi 7 novembre 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Kevin Cohen (University of Colorado, School of Medicine, Biomedical Text Mining Group)
    Annulé

  • Lundi 21 novembre 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Olivier Martin (AgroParisTech-INRA, UMR 791 MOSAR)
    Modéliser la dynamique des phénotypes à l'échelle de la vie de l'animal : du système biologique au système d'élevage

  • Lundi 5 décembre 2016
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Michael Blum (Univ. J. Fourier & CNRS, Laboratoire TIMC-IMAG, Grenoble)
    Détection d'outliers en grande dimension: application à la génomique des populations

  • Lundi 16 Janvier 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Etienne Birmelé (Paris Descartes, MAP5)
    Étude des perturbations des régulations géniques dans le cancer de la vessie

  • Lundi 30 janvier 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Kevin Cohen (University of Colorado, School of Medicine, Biomedical Text Mining Group, Computational Bioscience Program, USA)
    Synthetic lethal screen reranking with natural language processing

  • Lundi 13 février 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Vyacheslav Kungurtsev (Czech Technical University in Prague, Department of Computer Science)
    Nonlinear Optimization, Algorithms for Problems Satisfying Weak Geometric Assumptions, and Problems Arising in Big Data

  • Lundi 20 février 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Coralie Fritsch (Institut Elie Cartan Lorraine, Inria, équipe Tosca)
    Dynamique adaptative de populations bactériennes dans un bioréacteur

  • Lundi 6 mars 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Séminaire annulé
    -

  • Lundi 20 mars 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Simon Cauchemez (Institut Pasteur, Unité Modélisation mathématique des maladies infectieuses)
    Statistical analysis and modelling of epidemics

  • Lundi 15 mai 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Melina Gallopin (UPSay, I2BC)
    Nonlinear network-based quantitative trait prediction from transcriptomic data

  • Lundi 24 avril 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Vincent Briane (INRIA, IRISA Rennes)
    An adaptive statistical test to detect non Brownian diffusion from particle trajectories

  • Lundi 29 mai 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Jean-Christophe Palauqui (Institut Jean-Pierre Bourgin, UMR1318 INRA-AgroParisTech)
    Etude descriptive et modélisation du développement embryonnaire chez Arabidopsis thaliana

  • Lundi 12 juin 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Christophe Biernacki (Université de Lille 1, Modal, INRIA Lille Nord-Europe)
    About two disinherited sides of statistics: data units and computational saving

  • Lundi 26 juin 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Annulé (AG du département MIA)
    TBA

  • Lundi 18 septembre 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Wolfram Liebermeister (INRA, MaIAGE)
    Enzyme and flux cost functions for metabolic modelling

  • Lundi 2 octobre 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Pierre Latouche (Université Paris 1, Laboratoire SAMM)
    Multiple change points detection and clustering in dynamic networks

  • Lundi 16 octobre 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    séance annulée
    -

  • Lundi 6 novembre 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Sylvain Billiard (Université de Lille - CNRS, Unité Evo-Eco-Paléo)
    Rejuvenating functional responses with the renewal theory

  • Lundi 20 novembre 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Marco Bellinzoni (Institut Pasteur, Unité de Microbiologie Structurale )
    Unusual features in actinobacterial α-ketoacid dehydrogenase complexes: challenging old beliefs

  • Lundi 4 décembre 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Corinne Vacher (Université de Bordeaux - INRA, UMR Biogeco)
    La phyllosphère: une jungle microbienne à l'interface plante-climat

  • Lundi 18 décembre 2017
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Jessica Tressou (AgroParisTech-INRA, UMR 518 MIA)
    Principes du bootstrap en iid et pour les chaînes de Markov : application aux valeurs extrêmes

  • Lundi 15 janvier 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Nicolas Brunel (ENSIIE, UEVE-CNRS UMR 8071 LaMME)
    Optimal control and additive perturbations helps in estimating ill-posed and uncertain dynamical systems

  • Lundi 29 janvier 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Elad Noor (ETH Zurich, Institute of Molecular Systems Biology)
    The Hidden costs of enzymatic catalysis

  • Lundi 12 février 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Séminaire annulé
    TBA

  • Lundi 12 mars 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    El Houcine Bergou (INRA MaIAGE et KAUST-VCC)
    Random Direct Search Method for Unconstrained Smooth Minimization

  • Lundi 12 mars 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Marie-Laure Martin-Magniette (AgroParisTech-INRA, UMR 518 MIA / IPS2)
    Modèles de mélange gaussiens et de graphes pour mieux comprendre la réponse aux stress de la plante modèle Arabidopsis

  • Lundi 26 mars 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Julie Josse (École Polytechnique, CMAP)
    Distributed Multi-Level Matrix Completion for Medical Databases

  • Lundi 9 avril 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Andreas Dräger (University of Tubingen, Applied Bioinformatics Group)
    TBA

  • Lundi 23 avril 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Victor Picheny (INRA, MIA Toulouse)
    Séminaire reporté à une date ultérieure

  • Lundi 14 mai 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Elie Desmond-Le Quéméner (INRA, UR 050 LBE)
    Séminaire repoussé à une date ultérieure

  • Lundi 28 mai 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Zhanwu Dai (INRA, UMR EGFV, Centre Inra de Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux )
    Reporté à une date ultérieure

  • Lundi 11 juin 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Tatiana Giraud (CNRS-UPS-AgroParisTech, UMR UMR 8079 Ecologie, Systématique et Evolution)
    Domestication of cheese-making fungi

  • Lundi 10 septembre 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Liubov Tupikina (Ecole Polytechnique, Laboratoire de Physique de la Matière Condensée)
    Heterogeneous network models

  • Lundi 8 octobre 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Elie Desmond-Le Quéméner (INRA LBE)
    Microbial thermodynamics: a tool for the understanding of mixed microbial consortia

  • Lundi 22 octobre 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Christian Vestergaard (CNRS-Institut Pasteur, Decision and Bayesian Computation Group)
    Randomized reference models for studying contagion processes in temporal networks

  • Lundi 5 novembre 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Zhanwu Dai (INRA, UMR EGFV, Centre Inra de Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux)
    SÉMINAIRE ANNULÉ

  • Lundi 19 novembre 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Amandine Véber (Ecole Polytechnique, CMAP)
    Le processus Lambda-Fleming-Viot spatial : un modèle d'évolution en espace continu

  • Lundi 3 décembre 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Radu Stoica (Université de Lorraine, Institut Elie Cartan de Lorraine, Nancy)
    ABC Shadow algorithm: a tool for statistical analysis of spatial patterns

  • Lundi 17 décembre 2018
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Sarah Lemler (CentraleSupelec, MICS)
    Estimation on a jump diffusion process with jumps driven by a Hawkes process

  • Lundi 7 janvier 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Nathanael Hozé (Institut Pasteur, Unité de Modélisation mathématique des maladies infectieuses)
    Assessing the level of virus circulation in the context of high cross-reactivity: the case of chikungunya and mayaro fever in French Guiana

  • Lundi 21 janvier 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Paul Bastide (KU Leuven)
    A flexible Bayesian framework to study viral trait evolution

  • Lundi 4 février 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Vincent Miele (UCB Lyon1, UMR CNRS 5558 LBBE)
    Exploring multiplex ecological networks

  • Lundi 18 février 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Sébastien Picault (INRA-Oniris BIOEPAR Nantes et Univ. Lille-CNRS CRIStAL)
    L'Intelligence Artificielle pour l'épidémiologie prédictive : faciliter la co-construction et la révision des modèles

  • Lundi 4 mars 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Ralf Steuer (Humboldt, Universität zu Berlin, Institut of Theoretical Biology)
    Cellular resource allocation and the architecture of phototrophic growth

  • Lundi 18 mars 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Amandine Cornille (INRA - Université Paris-Sud - CNRS - AgroParisTech, Génétique Quantitative et Évolution)
    Ecological drivers and genomics bases of the aphid-apple-bacteria interaction in the context of domestication

  • Lundi 1er avril 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Pierre Gloaguen (AgroParisTech, MIAP)
    La diffusion de Langevin comme modèle pour le déplacement animal et la sélection d'habitat

  • Lundi 15 avril 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Frédérique Clément (INRIA Saclay)
    Modélisation multi-échelles en biologie du développement et de la reproduction : une approche “middle-out” basée sur la dynamique cellulaire

  • Lundi 6 mai 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Pierre Alquier (ENSAE)
    Generalization bounds for variational inference.

  • Lundi 17 juin 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Arnaud Gloaguen (CentraleSupelec, L2S)
    Joint Matrix/Tensor Factorization with MGCCA

  • Mardi 25 juin 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Mathieu Roche
    Analyse spatiale et thématique par des méthodes de fouille de textes

  • Lundi 9 septembre 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Aurélien Latouche (CNAM, MSDMA)
    Semiparametric approach for covariate-specific time dependent ROC curves for correlated survival data / Validation d'un marqueur pronostique à partir de données de survie en grappe

  • Lundi 23 septembre 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Timothée Tabouy (AgroParisTech-INRA, UMR 518 MIA)
    Impact de l’échantillonnage sur l’inférence de structures dans les réseaux. Application aux réseaux d’échanges de graines et à l’écologie

  • Lundi 7 octobre 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Blaise Hanczar (Université d'Evry, IBISC)
    Apprentissage profond pour la prédiction de phénotypes à partir de données d’expression

  • Lundi 21 octobre 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Julie Aubert (AgroParisTech-INRA, UMR 518 MIA)
    Unraveling biotic interactions determining soil microbial community assembly and functioning

  • Lundi 18 novembre 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Andrea Rau (INRA, GABI)
    Integrative methods for multi-omic data reveal multi-level gene regulation

  • Lundi 2 décembre 2019
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Aline Marguet (INRIA, IBIS)
    Héritabilité et variabilité des paramètres d'expression génique dans les populations de cellules.



  • Lundi 13 janvier 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Imke Mayer (CAMS, EHESS)
    Doubly robust treatment effect estimation with missing attributes

  • Lundi 27 janvier 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Olivier Rivoire (CIRB)
    An evolutionary perspective on gene regulation in bacteria

  • Lundi 24 février 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Guillaume Kon Kam King (INRAE, MaIAGE)
    Bayesian modelling of complex dependent data

  • Lundi 9 mars 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Kristine Schauer (Institut Curie)
    Density maps to study the role of endomembrane organization in cell function.

  • Lundi 23 mars 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Jean-François Rey (INRA, BIOSP)
    R package et Shiny Apps development using GitLab CI/CD pipeline

  • Lundi 15 juin 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Thomas Denecker (Université Paris-Saclay - CNRS, UMR 9198 I2BC)
    Functional networks of co-expressed genes to explore iron homeostasis processes in the pathogenic yeast

  • Lundi 7 septembre 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210 (en visioconférence)
    Oliver Ebenhöh (Heinrich Heine University, Düsseldorf)
    Thermodynamic limits of microbial growth

  • Lundi 5 octobre 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Eva Lochërbach (Université Paris 1, SAMM )
    Métastabilité pour des systèmes de neurones en interactions

  • Lundi 19 octobre 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210 (en viosioconférence)
    Jonathan Karr (Icahn School of Medicine at Mount Sinai, Karr Lab)
    Making biochemical data more accessible, reusable, and composable

  • Lundi 2 novembre 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Yaroslav Averyanov (Université de Lille - INRIA, équipe projet Modal)
    Early stopping in regression with reproducing kernels: some ideas towards optimality

  • Lundi 16 novembre 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Isabelle Goldringer (INRAE Génétique Quantitative et Evolution – Le Moulon)
    Quels dispositifs et méthodes d’analyse pour la recherche participative et décentralisée à la ferme ?

  • Lundi 30 novembre 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210 (en visioconférence)
    Hugo Dourado (Heinrich Heine University, Düsseldorf)
    Growth Balance Analysis and cellular growth states determined by the singular value decomposition of the stoichiometric matrix

  • Lundi 14 décembre 2020
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Christine Kéribin (Université Paris Sud, LMO)
    Cluster or co-cluster the nodes of an oriented graph?

  • Lundi 4 janvier 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Marie-Laure Martin-Magniette (INRAE, IPS2, MIA Paris)
    Comment les modèles de mélange ont permis d'identifier une réponse globale aux stress chez la plante Arabidopsis et la levure S. cerevisae

  • Lundi 18 janvier 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Bernard Cazelles (Ecole Normale Supérieure, Sorbonne Université)
    Accounting for non-stationarity in epidemiological models: It could prove very useful for dealing with a potential pandemic…

  • Lundi 01 février 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Axel Cournac (Institut Pasteur, Laboratoire Régulation Spatiale des Génomes)
    Computer vision of chromosome contact maps

  • Lundi 15 février 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Vincent Brault (Université Grenoble Alpes - CNRS - Grenoble INP, Laboratoire Jean Kuntzmann)
    Utilisation du pooling pour les tests RT-qPCR

  • Lundi 01 mars 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Stefan Müller (University of Vienna)
    Elementary vectors for kinetic and constraint-based models of cellular growth

  • Lundi 15 mars 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    TBA
    TBA

  • Lundi 29 mars 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Olivier le Maitre (École Polytechnique, CMAP)
    Variance Decomposition Methods for Stochastic Systems and Simulators

  • Lundi 12 avril 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    TBA
    TBA

  • Lundi 26 avril 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Fabien Raphel (INRIA Paris, Equipe COMMEDIA)
    Mathematical modeling and learning in safety pharmacology applications

  • Lundi 10 mai 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Niccolò Campus (Université de Turin)
    On the prediction of replicability of social science experiments

  • Lundi 31 mai 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Joon Kwon (INRAE, AgroParisTech, MIA Paris)
    Unifying mirror descent and dual averaging

  • Lundi 14 juin 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Juergen Zanghellini (University of Vienna)
    Identification of metabolic pairs allow for a reliable and quantitative analysis of the finger sweat metabolome

  • Lundi 06 septembre 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Gersende Fort (Institut de Mathématiques de Toulouse - IMT)
    Variance reduced Expectation Maximization algorithm for finite sum optimization

  • Lundi 20 septembre 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Nadine Töpfer (Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research, Gatersleben, Allemagne)
    Crassulacean Acid Metabolism emerges in a leaf metabolic model under water-saving constraints in different environments

  • Lundi 04 octobre 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Anne-Marie Wehenkel (Institut Pasteur, Laboratoire Microbiologie Structurale)
    Early divisome assembly in Corynebacteriales: a mechanistic microbiology approach

  • Lundi 18 octobre 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Mathieu Mezache (INRAE MaIAGE)
    Modélisation de processus biologiques par des équations de populations structurées : deux exemples

  • Lundi 15 novembre 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    David Lacoste (ESPCI - CNRS, Laboratoire Gulliver)
    From gambling to growing in uncertain environments

  • Lundi 29 novembre 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Claudia Berloco (Intesa Sanpaolo (ex University of Turin))
    Complex networks, machine learning and Bayesian spatial and spatio-temporal approaches to credit risk propagation on a dynamic network of commercial relationships

  • Lundi 13 décembre 2021
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Perrine Lacroix (LMO, Université Paris-Saclay)
    Compromis entre risque prédictif et false discovery rate pour la régression linéaire gaussienne en grande dimension.

  • Lundi 10 janvier 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Badr-Eddine Chérief-Abdellatif (University of Oxford)
    A Theoretical Study of Variational Inference

  • Lundi 24 janvier 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Liu-Di Lu (Université de Genève)
    Some modelling and optimization problems for microalgal raceway ponds

  • Lundi 7 février 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Achille Thin (CMAP, Ecole Polytechnique)
    Monte Carlo Variational Auto Encoders

  • Lundi 21 février 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Andrea Weisse (University of Edinburgh)
    Stochasticity of cellular growth: sources, propagation and consequences

  • Lundi 7 mars 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Benjamin Heuclin (CIRAD)
    Priors continus de sélection de composantes de la variance dans les modèles linéaires mixtes : application à la cartographie génétique

  • Lundi 21 mars 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Markus Arthur Köbis (Université norvégienne de sciences et de technologie -- NTNU)
    Time-optimal adaptation in dynamic resource allocation models

  • Lundi 4 avril 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Andrea De Martino (Politecnico di Torino)
    Inverse modeling metabolic networks

  • Lundi 2 mai 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    TBA (TBA)
    TBA

  • Lundi 30 mai 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Wolfram Liebermeister (BioSys)
    Enzyme economy in metabolic networks

  • Lundi 13 juin 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Ana Bulović (Theoretical Biophysics Group, Humboldt University, Berlin)
    Modelling of stress and growth in E. coli

  • Lundi 5 septembre 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Tom Rohmer (Unité GenPhySE, INRAE Toulouse)
    Sur la robustesse des estimations REML du modèle animal multivarié face à une mauvaise spécification de la copule portée par les résidus

  • Lundi 19 septembre 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Emilie Lebarbier ( MODAL'X, Université de Paris-Nanterre)
    Détection de ruptures dans des séries temporelles

  • Lundi 3 octobre 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Léo Meyer (Institut Denis Poisson, Université d'Orléans)
    Modeling the size distribution of adipose cell using Lifshitz-Slyozov and Becker-Döring models

  • Lundi 17 octobre 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    TBA
    TBA

  • Lundi 7 novembre 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Lucas Curci (Institut de Mathématiques de Marseille)
    Mathematical modelling of cell migration

  • Lundi 21 novembre 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Michel Turbet Delof (Génétique Quantitative et Évolution, INRAE Le Moulon, Université Paris-Saclay)
    Analyse bayésienne d'essais à la ferme utilisant la régression conjointe et la distribution Student

  • Lundi 12 décembre 2022
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Sholom Schechtman (Télécom SudParis)
    Stochastic subgradient descent on weakly convex functions escapes active strict saddles

  • Lundi 9 janvier 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    TBA
    TBA

  • Lundi 23 janvier 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Marie-Laure Delignette-Muller (VetAgroSup Lyon)
    Modélisation et interprétation des données dose-réponse (multi)-omiques pour l'évaluation des risques environnementaux : défis rencontrés dans le cadre du développement du paquet R DRomics

  • Lundi 6 février 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    TBA
    TBA

  • Lundi 20 février 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Guillem Rigaill (INRAE IPS2 / UEVE, UMR 8071 LaMME)
    On the importance of having enough samples in omics

  • Lundi 6 mars 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    TBA
    TBA

  • Lundi 20 mars 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Pierre Monmarché (Sorbonne Université, Laboratoire Jacques-Louis Lions et Laboratoire de Chimie Théorique)
    Équations de Langevin généralisées pour des modèles réduits dynamiques

  • Lundi 3 avril 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Chloé Audebert (Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB) et Laboratoire Jacques-Louis Lions (LJLL), Sorbonne Université)
    Modélisation de la dynamique du tissu adipeux

  • Lundi 17 avril 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Marylou Gabrié (Ecole Polytechnique, CMAP )
    Opportunities and Challenges in Enhancing Sampling with Learning

  • Lundi 15 mai 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    TBA (TBA)
    TBA

  • Lundi 5 juin 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Gaël Poëtte (CEA Nouvelle-Aquitaine)
    Building and solving efficient reduced models for the uncertain linear Boltz-
    man equation: applications to neutronics (keff ) and photonics

  • Lundi 19 juin 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    TBA
    TBA

  • Lundi 3 juillet 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Marie Simonin (UA - Institut Agro - INRAE, IRHS)
    Characterizing and engineering seed microbiomes to improve plant health

  • Lundi 11 septembre 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Tristan Mary-Huard (MIA-Paris, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Palaiseau et Université Paris-Saclay, INRAE, CNRS, AgroParisTech, Génétique Quantitative et Evolution–Le Moulon, Gif-sur-Yvette)
    Some contributions to the estimation of genetic distances between populations

  • Lundi 25 septembre 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Hugo Gangloff et Nicolas Jouvin (AgroParisTech-INRAE, UMR 518 MIA Paris-Saclay)
    A first dive into the world of PINNs

  • Lundi 9 octobre 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Guillaume Gautreau (INRAE, UR1404 MaIAGE)
    From pangenomics to meta-pangenomics : put your genomes and samples on rails.

  • Lundi 23 octobre 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Vincent Guigue (AgroParisTech-INRAE, UMR 518 MIA Paris-Saclay)
    De l'extraction des connaissances au data-to-text à l'heure des modèles de langue

  • Lundi 6 novembre 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Nom
    Titre

  • Lundi 20 novembre 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Pascal Froment (UMR Physiologie de la Reproduction et des Comportements, INRAE Centre Val de Loire)
    Comment le metabolisme agit sur la fertilité - Apport de l'approche par data mining

  • Lundi 4 décembre 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Daniel Rios Garza (INRAE, PROSE)
    Understanding microbial ecology with mechanistic models

  • Jeudi 14 décembre 2023
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Alejandro Murua (Université de Montréal)
    Un modèle bayésien semi-paramétrique pour la découverte des bi-grappes

  • Lundi 8 janvier 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Annulé
    --

  • Lundi 22 janvier 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Benjamin Linard (INRAE, UR875 MIAT)
    Construction et au mapping sur graphes de variations (graphes de pangénome eucaryotes)

  • Lundi 05 février 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Laetitia Canini (ANSES - Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l'Alimentation, de l'Environnement et du Travail, Maisons-Alfort)
    Quelle est la contribution de chaque espèce-hôte dans la circulation de Mycobacterium bovis ?

  • Lundi 19 février 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Annulé
    --

  • Lundi 4 mars 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Annulé
    --

  • Lundi 18 mars 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Olivier Martin (IPS2 - Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay)
    Le modèle infinitésimal de la génétique quantitative en sélection directionnelle : une solution exacte en présence de liaison

  • Lundi 8 avril 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Annulé
    --

  • Lundi 22 avril 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Philippe Robert (Inria Paris, équipe MAMBA)
    Modèles stochastiques de la régulation de l'expression des gènes dans les cellules procaryotes

  • Lundi 6 mai 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Sébastien Da Veiga (CREST - ENSAI)
    A kernel-based ANOVA decomposition: extending sensitivy indices and Shapley effects with kernels

  • Lundi 27 mai 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Annulé
    --

  • Lundi 10 juin 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Kerian Thuillier (Equipe Dyliss, Irisa, Rennes)
    Inférence de règles de régulation métabolique à partir de séries temporelles (MERRIN [1])

  • Lundi 24 juin 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Samuel Gruffaz (Centre Borelli, ENS Paris Saclay)
    Les biais stochastiques dans l'optimisation, un péché ou une grâce ?

  • Lundi 9 septembre 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Céline Casenave (UMR MISTEA, INRAE Montpellier)
    Modélisation et commande de la fermentation alcoolique du vin

  • Lundi 23 septembre 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Mélisande Blein-Nicolas (GQE Le Moulon, INRAE)
    Integration of phenomic, proteomic, and genomic data into a multi-scale network unravels missing heritability for maize response to water deficit (cliquer pour voir le résumé)

  • Lundi 7 octobre 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Ulysse Herbach (Inria Nancy, équipe SIMBA)
    Gene expression and regulatory networks: bridging the gap between mechanistic modeling and statistical learning

  • Lundi 4 novembre 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    John M. Hanna (Inria Paris-Saclay, équipe SIMBIOTX)
    Surrogates for 0D cardiovascular dynamical systems with applications in sensitivity analysis, parameter estimation and uncertainty quantification

  • Lundi 18 novembre 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Mickaël Binois (INRIA Sophia Antipolis - Méditerranée )
    Leveraging replication in active learning

  • Lundi 2 décembre 2024
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Zacharie Naulet (INRAE - MaIAGE)
    Frontiers to the learning (and clustering) of Hidden Markov Models

  • Lundi 13 janvier 2025
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Antoine Szatkownik (LISN)
    Latent generative modeling of long genetic sequences and their usefulness for local ancestry inference

  • Lundi 3 février 2025
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Juan Cortés (LAAS-CNRS, Université de Toulouse, CNRS)
    Generative models and analysis tools for the study of highly-flexible (intrinsically disordered) proteins

  • Lundi 3 mars 2025
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Anna Bonnet (LPSM)
    Tree-based variational inference for Poisson log-normal models: application to microbiome analysis

  • Lundi 7 avril 2025
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Magali Berland (MetaGenoPolis)
    Analyser et modéliser les données du microbiome intestinal dans la santé et la maladie - de la science des données à l’intelligence artificielle

  • Lundi 5 mai 2025
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Jakob Ruess (Institut Pasteur)
    From single cells to microbial consortia and back: stochastic chemical kinetics coupled to population dynamics

  • Lundi 2 juin 2025
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Jingbo Xia ( Department of Bio-statistics, College of Informatics, Hubei Key Laboratory of Agricultural Bioinformatics, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China)
    Derive Robust Knowledge from Biological Text: Idea of Data Fusion and Integration

  • Lundi 8 septembre 2025
    à - Salle de réunion 142, bâtiment 210
    Olivier Borkowski (Micalis)
    Maximization of mRNA amount in cell-free systems for whole-genome transcriptomics