Sujet
Diversité génomique et fonctionnelle des communautés bactériennes associées aux produits végétaux fermentés : une approche interdisciplinaire incluant métagénomique et bioinformatique dans un contexte de recherche-action participative
Date de début
Date de fin
Encadrant(s)
Hélène Chiapello, Stéphane Chaillou, Michel-Yves Mistou, Florence Valence-Bertel

Equipe(s)

Description/résumé

Le projet de thèse proposé s’inscrit dans une démarche interdisciplinaire et un contexte de sciences ouvertes et participatives. Il vise à concevoir et mettre en œuvre des approches bioinformatiques et numériques innovantes pour analyser, comparer, interpréter et diffuser des jeux de données de données (meta)génomiques d’écosystèmes alimentaires fermentaires. La thèse s’appuiera pour ce travail sur les données du projet de science participative FLEGME (2019-2022) qui a pour objectif (i) d’évaluer la diversité des écosystèmes microbiens associés aux légumes fermentés fournis par des citoyens- fermenteurs et (ii) de documenter l’impact des pratiques de transformation sur la composition de l’écosystème fermentaire à partir d’échantillons produits par des petites entreprises spécialisées. Une première partie de la thèse consistera à travailler sur la conception d’un workflow bioinformatique ouvert et reproductible permettant de décrire, comparer et représenter la diversité des espèces et souches microbiennes présentes dans les échantillons de microbiotes d’aliments fermentés du projet Flegme en utilisant des modes de représentations adaptés à différents publics cibles (scientifiques, citoyens, professionnels du secteur). Une deuxième partie de la thèse ciblera la constitution de jeux de données génomiques de référence sur des espèces clé de la fermentation végétale à partir de données publiques ou produites dans le cadre de la thèse. Ce travail, qui s’inscrit dans une démarche d’ouverture des données de la recherche, s'accompagnera d’une réflexion sur la publication des métadonnées associées à ces jeux de données. La troisième partie de la thèse s’appuiera sur les jeux de données construits précédemment pour caractériser le potentiel métabolique des microbiotes associés à des fermentations alimentaires en reliant les informations phylogénétiques, les données génomiques et les analyses de métabolites produites sur les échantillons du projet Flegme. Enfin, la dernière partie de la thèse sera consacrée à la mise en place d’une démarche générique pour travailler avec un public non spécialiste sur les modalités de diffusion des résultats des analyses de diversité microbienne et du potentiel métabolique associé obtenus dans le projet FLEGME, dans une démarche de médiation des sciences et un contexte de sciences participatives.

Ecole doctorale (pour les thèses)
SDSV
Directeur.trice (pour les thèses)
Hélène Chiapello, Stéphane Chaillou
Année de soutenance (pour les thèses ou les stages)
2024
Ecole/université (pour les thèses et les stages)
ENS Université Paris Saclay