PhD student

Les pollinisateurs sauvages assurent une fonction essentielle au sein des agroĂ©cosystĂšmes : la pollinisation des plantes Ă  fleurs et des cultures. Pourtant leur dĂ©clin actuel est imputĂ© Ă  diffĂ©rents facteurs anthropiques, dont l’utilisation de pesticides. Les connaissances sur l’exposition des pollinisateurs sauvages aux pesticides et les effets de cette exposition en conditions naturelles restent cependant Ă©parses.

Les travaux conduits dans cette thĂšse porteront sur des modĂšles de Markov cachĂ©s hiĂ©rarchiques Ă  observations non linĂ©aires pour dĂ©crire les mĂ©canismes sous-jacents Ă  l’observation de sĂ©quences temporelles avec une dĂ©pendance spatiale. Ces modĂšles sont intĂ©ressants dans de nombreuses applications, notamment pour l’analyse de donnĂ©es omiques rĂ©solues en temps, qui prĂ©sentent souvent une dĂ©pendance spatiale le long du gĂ©nome.

Ce projet de thĂšse est en mathĂ©matiques appliquĂ©es, avec une spĂ©cialitĂ© dans l’analyse de systĂšmes dynamiques et une composante interdisciplinaire forte autour de la modĂ©lisation de systĂšmes biologiques. L’objectif principal de la thĂšse est de produire et d’analyser un modĂšle mathĂ©matique de l’horloge circadienne dans une population de cellules. Chez les mammifĂšres, l’horloge circadienne intervient Ă  diffĂ©rents niveaux, depuis l’horloge centrale (commandĂ©e par un rĂ©seau neuronal) jusqu’aux cellules individuelles.

The thesis project aims to interface multiple in silico models describing host-microbiota interaction at different scales. While the developed models encompass various living entities, the focus will primarily be on mice and humans due to the availability of extensive data. At the microscopic level, these novel advancements will involve coupling a spatially distributed model of colon fluid mechanics with a crypt model, simulating interactions between the host and the microbiota.

Les animaux et leur microbiote forment un organisme composite, appelĂ© holobionte, qui peut ĂȘtre considĂ©rĂ© comme l'unitĂ© ultime sur laquelle agissent l'Ă©volution et la sĂ©lection. Les gĂšnes de l'hĂŽte et l'environnement influent sur la colonisation, le dĂ©veloppement et le fonctionnement des divers microbiotes, qui en retour contribuent Ă  façonner les phĂ©notypes de l'hĂŽte.

Les mouvements commerciaux d’animaux constituent un vecteur privilégié pour la propagation de maladies infectieuses. En France, les exigences de traçabilité se sont traduites par la mise en place de bases de données nationales de suivi des animaux. Dans cette thèse, nous étudierons des modèles de graphes aléatoires spatialement explicites permettant de reproduire les interactions à courte et longue distance constatées empiriquement dans les mouvements commerciaux d’animaux.