Les logiciels principaux

Vous trouverez ci-dessous une sélection de nos principaux logiciels. L'ensemble des logiciels développés dans l'unité MaIAGE sont listés via le sous-menu "Tous nos logiciels".
  • Agmial est une chaĂ®ne d'annotation de gĂ©nomes bactĂ©riens qui s'appuie sur un certain nombre d'outils dĂ©veloppĂ©s au laboratoire(SHOW, Prose,Pareo,...). Agmial est actuellement utilisĂ© pour l'annotation ou la rĂ©annotation de plus d'une dizaine de gĂ©nomes. Le logiciel est distribuĂ© sous licence GPL.

  • Alvis NLP/ML est une chaĂ®ne de traitement pour l'annotation sĂ©mantique de documents textuels, intĂ©grant des outils de traitement automatique des langues naturelles pour la segmentation en mots/phrases, la reconnaissance d'entitĂ©s nommĂ©es, l'analyse de termes, le typage sĂ©mantique et l'extraction de relations. Ces outils exploitent des ressources externes, comme des terminologies ou des ontologies. AlvisNLP/ML propose plusieurs outils pour l'acquisition (semi)-automatique de ces ressources, fondĂ©es sur des techniques d'apprentissage automatique. La chaĂ®ne est facilement configurable et extensible par ajout de nouveaux composants. Ce travail a Ă©tĂ© partiellement financĂ© par le projet europĂ©en Alvis et le projet Quaero. Voir NĂ©dellec et al., Handbook on Ontology, 2009.

  • (Alvis Annotation Editor) est un Ă©diteur d'annotation en ligne. Il permet de visualiser et d'annoter les entitĂ©s et les relations d'un texte. Il inclut des fonctions de gestion de campagne d'annotation. Il permet d'annoter les entitĂ©s par les concepts d'une ontologie et de rĂ©viser l'ontologie en parallèle. Il est intĂ©grĂ© Ă  AlvisNLP. Ce travail a Ă©tĂ© partiellement financĂ© par le projet Quaero. Voir LAW VI paper pour plus de dĂ©tails.

  • BiPSim est un simulateur stochastique des processus cellulaires bactĂ©riens, codĂ© en C++, utilisable en ligne de commande sous Linux/Mac et distribuĂ© sous la licence GNU GPL. Ce travail a Ă©tĂ© financĂ© par le projet Lidex-IMSV.

  • Calcul intĂ©grĂ© du Flot de Particules entre Polygones.
    CaliFloPP est un logiciel de calcul des flux de particules entre paires de polygones. L'application type est le calcul des flux de pollen entre parcelles, à l'échelle d'une petite région agricole. A partir d'une fonction de dispersion dite individuelle, c'est-à-dire décrivant la dispersion des particules de point à point, le programme calcule les flux totaux émis d'un polygone à un autre. Il résoud ce problème d'intégration en utilisant des algorithmes de géométrie algorithmique.

    URL : Site Web

  • Logiciel Matlab pour l'identification, l'infĂ©rence statistique et l'Ă©chantillonnage temporel optimal de modèles en microbiologie prĂ©visionnelle par filtrage particulaire.

    URL : Site Web

  • Genoscapist is a web-tool generating high-quality images for interactive visualization of hundreds of quantitative profiles along a reference genome together with various annotations.

  • The Omnicrobe database contains around 1 million descriptions of microbe properties. These descriptions are created by analyzing and combining six information sources of various kinds, i.e. biological resource catalogs, sequence databases and scientific literature. The microbe properties are indexed by the Ontobiotope ontology and their taxa are indexed by an extended version of the taxonomy maintained by the National Center for Biotechnology Information. The Omnicrobe application covers all domains of microbiology. With simple or rich ontology-based queries, it provides easy-to-use support in the resolution of scientific questions related to the habitats, phenotypes, and uses of microbes.

  • Package R de gĂ©nĂ©ration de plans factoriels fractionnaires rĂ©guliers avec un ou plusieurs systèmes de blocs.

  • R'MES est un ensemble de programmes C++ dĂ©diĂ© Ă  la recherche de mots (ou familles de mots) ayant une frĂ©quence exceptionnelle dans une sĂ©quence donnĂ©e (ADN, protĂ©ine ou autre). Il est distribuĂ© librement sur Internet Ă  partir de la plateforme de dĂ©veloppement collaboratif mulcyber du dĂ©partement MIA et possède un guide de l'utilisateur et une aide en ligne. R'MES est aussi disponible sur le serveur Galaxy de la plateforme Migale.

  • un package python pour la crĂ©ation, la calibration et la simulation de modèles RBA pour les bactĂ©ries.