Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement

 

Les logiciels principaux

Vous trouverez ci-dessous une sélection de nos principaux logiciels. L'ensemble des logiciels développés dans l'unité MaIAGE sont listés via le bouton "Tous nos logiciels".

  • Agmial est une chaîne d'annotation de génomes bactériens qui s'appuie sur un certain nombre d'outils développés au laboratoire(SHOW, Prose,Pareo,...). Agmial est actuellement utilisé pour l'annotation ou la réannotation de plus d'une dizaine de génomes. Le logiciel est distribué sous licence GPL.

  • Alvis NLP/ML est une chaîne de traitement pour l'annotation sémantique de documents textuels, intégrant des outils de traitement automatique des langues naturelles pour la segmentation en mots/phrases, la reconnaissance d'entités nommées, l'analyse de termes, le typage sémantique et l'extraction de relations. Ces outils exploitent des ressources externes, comme des terminologies ou des ontologies. AlvisNLP/ML propose plusieurs outils pour l'acquisition (semi)-automatique de ces ressources, fondées sur des techniques d'apprentissage automatique. La chaîne est facilement configurable et extensible par ajout de nouveaux composants. Ce travail a été partiellement financé par le projet européen Alvis et le projet Quaero. Voir Nédellec et al., Handbook on Ontology, 2009.

  • (Alvis Annotation Editor) est un éditeur d'annotation en ligne. Il permet de visualiser et d'annoter les entités et les relations d'un texte. Il inclut des fonctions de gestion de campagne d'annotation. Il permet d'annoter les entités par les concepts d'une ontologie et de réviser l'ontologie en parallèle. Il est intégré à AlvisNLP. Ce travail a été partiellement financé par le projet Quaero. Voir LAW VI paper pour plus de détails.

  • BiPSim est un simulateur stochastique des processus cellulaires bactériens, codé en C++, utilisable en ligne de commande sous Linux/Mac et distribué sous la licence GNU GPL. Ce travail a été financé par le projet Lidex-IMSV.

  • Calcul intégré du Flot de Particules entre Polygones.
    CaliFloPP est un logiciel de calcul des flux de particules entre paires de polygones. L'application type est le calcul des flux de pollen entre parcelles, à l'échelle d'une petite région agricole. A partir d'une fonction de dispersion dite individuelle, c'est-à-dire décrivant la dispersion des particules de point à point, le programme calcule les flux totaux émis d'un polygone à un autre. Il résoud ce problème d'intégration en utilisant des algorithmes de géométrie algorithmique.

    URL : Site Web

  • Logiciel Matlab pour l'identification, l'inférence statistique et l'échantillonnage temporel optimal de modèles en microbiologie prévisionnelle par filtrage particulaire.

    URL : Site Web

  • Genoscapist is a web-tool generating high-quality images for interactive visualization of hundreds of quantitative profiles along a reference genome together with various annotations.

  • The Omnicrobe database contains around 1 million descriptions of microbe properties. These descriptions are created by analyzing and combining six information sources of various kinds, i.e. biological resource catalogs, sequence databases and scientific literature. The microbe properties are indexed by the Ontobiotope ontology and their taxa are indexed by an extended version of the taxonomy maintained by the National Center for Biotechnology Information. The Omnicrobe application covers all domains of microbiology. With simple or rich ontology-based queries, it provides easy-to-use support in the resolution of scientific questions related to the habitats, phenotypes, and uses of microbes.

  • Package R de génération de plans factoriels fractionnaires réguliers avec un ou plusieurs systèmes de blocs.

  • R'MES est un ensemble de programmes C++ dédié à la recherche de mots (ou familles de mots) ayant une fréquence exceptionnelle dans une séquence donnée (ADN, protéine ou autre). Il est distribué librement sur Internet à partir de la plateforme de développement collaboratif mulcyber du département MIA et possède un guide de l'utilisateur et une aide en ligne. R'MES est aussi disponible sur le serveur Galaxy de la plateforme Migale.

  • un package python pour la création, la calibration et la simulation de modèles RBA pour les bactéries.