Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement

 

Thèses en cours


ALAMICHEL Louise
: Bayesian nonparametric methods for complex genomic data - - Début de la thèse :
Directeur.trice : ARBEL Julyan, KON KAM KING Guillaume - Equipes : StatInfOmics

BARNIER Andrée
: Modèles probabilistes spatialisés pour la propagation de pathogènes par les mouvements commerciaux d’animaux - ED574 EDMH - Début de la thèse :
Directeur.trice : Patrick Hoscheit et Elisabeta Vergu - Equipes : Dynenvie

BODEIT Oliver
: Large-scale economic model of growing budding yeast - - Début de la thèse :
Directeur.trice : E. Klipp (Institut de Biophysique, Humboldt-Universität zu Berlin) - Encadrant(s) : W. Liebermeister (MaIAGE) - Equipes : BioSys

BOROVIKOVA_Mariya
: Information extraction from textual data for epidemiosurveillance for plant health - ED580 STIC - Début de la thèse :
Directeur.trice : Claire Nédellec - Encadrant(s) : Claire Nédellec, Mathieu Roche, Arnaud Ferré, Robert Bossy - Equipes : Bibliome

CAILLEBOTTE Antoine
: Estimation et sélection de variables dans un modèle joint de données de survie et longitudinales à effets mixtes corrélés. Application à la prédiction des effets des attaques de pyrale sur la date de floraison du maïs. - ED 574 EDMH - Début de la thèse :
Directeur.trice : Estelle Kuhn - Encadrant(s) : Estelle Kuhn, Sarah Lemler (CentraleSupelec MICS), Judith Legrand, Elodie Marchadier (INRAE GQE Le Moulon) - Equipes : Dynenvie

CARPENTIER Juliette
: Le microbiote au cœur des interactions Brassica napus x Delia radicum - Écologie, Géosciences, Agronomie et Alimentation (EGAAL) - Début de la thèse :
Directeur.trice : C. Mougel - Encadrant(s) : S. Derocles, M. Mariadassou - Equipes : StatInfOmics

GUEDON Tom
: Tests des composantes de la variance dans les modèles à effets mixtes pour des petits échantillons. Application à l’étude de la variabilité génotypique chez Arabidopsis Thaliana. - EDMH - Début de la thèse :
Directeur.trice : Kuhn Estelle - Encadrant(s) : Kuhn Estelle et Baey Charlotte (Université de Lille) - Equipes : Dynenvie

GUÉRIN Cyprien
: Conception et mise en œuvre d’un système modulaire de mini-bioréacteurs pour la culture continue de microorganismes - ED577 SDSV - Début de la thèse :
Directeur.trice : P. Nicolas - Encadrant(s) : M. Jules (Micalis) - Equipes : StatInfOmics

INIZAN Olivier
: Structuration et liage des données biologiques guidés par les ontologies et les principes organisateurs de modèles mathématiques. - ED 580 STIC - Début de la thèse :
Directeur.trice : Fatiha Saïs - Encadrant(s) : Anne Goelzer, Danai Symeonidou - Equipes : BioSys

JUNKER Romane
: Diversité génomique et fonctionnelle des communautés bactériennes associées aux produits végétaux fermentés : une approche interdisciplinaire incluant métagénomique et bioinformatique dans un contexte de recherche-action participative - SDSV - Début de la thèse :
Directeur.trice : Hélène Chiapello, Stéphane Chaillou - Encadrant(s) : Hélène Chiapello, Stéphane Chaillou, Michel-Yves Mistou, Florence Valence-Bertel - Equipes : StatInfOmics

KUBASCH Madeleine
: Modèles structurés multi-niveaux de dynamiques épidémiques - ED574 EDMH - Début de la thèse :
Directeur.trice : Vincent Bansaye (X), Elisabeta Vergu - Equipes : Dynenvie

LEQUERTIER Arthur
: Transmission d'information à travers les réseaux métaboliques - ABIES - Début de la thèse :
Directeur.trice : W. Liebermeister - Encadrant(s) : W. Liebermeister, A. Tonda (équipe Ekinocs) - Equipes : BioSys

MARECHAL Anastasia
: Modélisation mathématique de l’horloge circadienne dans une population d’hépatocytes - ED574 EDMH - Début de la thèse :
Directeur.trice : Laurent Tournier - Encadrant(s) : Laurent Tournier, Mathieu Mezache - Equipes : BioSys

NAVEAU Marion
: Sélection de variables en grande dimension dans les modèles non linéaires à effets mixtes. Application en amélioration des plantes. - ED574 EDMH - Début de la thèse :
Directeur.trice : Maud Delattre - Encadrant(s) : Laure Sansonnet - Equipes : Dynenvie

Nguyen Thanh-Julie
: Renforcer les connaissances sur les risques associés aux pesticides sur les pollinisateurs dans différents contextes paysagers pour concevoir des paysages de santé - ED581 ABIES - Début de la thèse :
Directeur.trice : Ivan Sache - Encadrant(s) : Florence Carpentier - Equipes : Dynenvie

PASSERI Iacopo
: Statistical analysis of methylation patterns from S. meliloti - University of Florence ComBo - Début de la thèse :
Directeur.trice : Alessio Mengoni - Encadrant(s) : G. Kon Kam King, G. Gautreau, H. Chiapelo - Equipes : StatInfOmics

Pastremoli Eleonora
: Towards a digital twin of the gut microbiota: a multidisciplinary approach for an in-depth understanding of composition, function and interaction with the host. - ED574 EDMH - Début de la thèse :
Directeur.trice : Beatrice Laroche - Encadrant(s) : Lorenzo Sala - Equipes : Dynenvie

PAULAY Amandine
: Modélisation de la dégradation des protéines par le microbiote intestinal humain - ABIIES - Début de la thèse :
Directeur.trice : Emmanuelle MAGUIN - Encadrant(s) : Béatrice LAROCHE, Simon LABARTHE - Equipes : Dynenvie

PETY Solène
: Méthodes hologénomiques pour prendre en compte le microbiote de l’hôte dans les évaluations génétiques - ED581 ABIES - Début de la thèse :
Directeur.trice : Andrea Rau - Encadrant(s) : Mahendra Mariadassou, Ingrid David - Equipes : StatInfOmics

Procope-Mamert Sylvain
: Algorithmes d'inférence pour des modèles de Markov cachés hiérarchiques à observations non linéaires - applications à l'analyse de données omiques suivies au cours du temps. - ED574 EDMH - Début de la thèse :
Directeur.trice : Nicolas CHOPIN, Maud DELATTRE et Guillaume KON KAM KING - Equipes : Dynenvie, Equipes : StatInfOmics

SAMSON Samantha
: "Potentiation in silico de molécules hits sur la M-target​" - ED577 SDSV - Début de la thèse :
Directeur.trice : Gwenaëlle André - Encadrant(s) : Gwenaëlle André et Nalini Rama Rao - Equipes : StatInfOmics

TOMILINA Ekaterina
: Copula models for network inference from mixed/heterogeneous data with applications to multi-omics analysis - EDMH - Début de la thèse :
Directeur.trice : Florence Jaffrézic - Encadrant(s) : Gildas Mazo - Equipes : Dynenvie