Bonjour,
J'ai eu la chance de rencontrer Jean-François Gibrat lorsqu'il dirigeait l'Institut Français de Bioinformatique et j'en conserve le souvenir d'un homme bon, ouvert, curieux, dont les encouragements ont été précieux.
Je pense à lui. Je pense à vous.
Amicalement,
Etienne.

L'annonce de cette nouvelle, de cette mort prématurée, m'étreint et me remplit de tristesse. Je savais qu'il luttait contre la maladie. J'espérais.
Doctorant de 1989 à 1992 dans le laboratoire du professeur Jean Garnier à Jouy-en-Josas, je ne peux que m'associer à l'hommage qui est donné à Jean-François par l'INRA au sein du groupe (MIG) qu'il avait participé à créer et développer.
Travailleur infatigable, toujours disponible, il m'avait beaucoup aidé pour boucler ma thèse. Ce témoignage me permet d'exprimer ma gratitude.
Je tenais Jean-François pour un des meilleurs spécialistes des protéines en tant qu'objet physico-chimique.
Son travail avec le Dr Go, pendant la période japonaise du laboratoire, sur l'analyse dynamique des protéines en utilisant les modes normaux était un beau tour de force.
Elle révélait sa volonté et sa vision de voir une thématique être étudiée de manière large et en profondeur. Il était scientifique dans l'âme.
La maîtrise de ce champs de connaissance (la structure et la dynamique des protéines) et de ce qu'on appelle à présent la bioinformatique était impressionnante. La maladie nous enlève un chercheur qui aurait pu faire profiter toute la communauté bioinformatique encore pendant longtemps de son expérience et de sa compréhension fine de son domaine.
Je m'associe avec toutes mes pensées et mes prières à sa famille et je leur présente mes plus sincères condoléances
Vincent Collura

J'ai rencontré pour la première fois Jean-François au moment de la mise en place du ReNaBi il y a de cela quinze ans. Faisant partie du comité de pilotage de ce réseau qui a donné naissance à l'IFB j'ai donc eu à de nombreuses reprises à interagir avec lui. Je me souviens de sa bonhomie et de son enthousiasme lors de la mise en place de cette infrastructure. Pour ajouter une touche plus personnelle à cette note, je me souviens plus particulièrement de nos discussions au cours de l'édition 2016 de JOBIM à Lyon. En effet, à ce moment, nous avions échangé sur nos expériences personnelles en tant qu'anciens post-doctorants au Japon. Lui en 1989-90 et moi en 1994-95. さようなら、親愛なる友よ

Jean-François a été co-directeur de ma thèse 2020-2023, soutenue en novembre 2023.
Le jour de ma soutenance, Jean-François avait eu le courage et trouvé la force de se déplacer. Je lui avais été alors très reconnaissant.

Durant le thèse, nous n'avons pas toujours été en accord scientifiquement, ça pouvait même parfois clacher : mais j'appréciais sa rigueur, les doutes et les critiques scientifiques qu'il produisait - son exigence en sommes.
Au départ, nous devions concevoir des approches algorithmiques pour l'assemblage, la correction et la production de séquences ADN consensus à partir de données de longues lectures. Jean-François souhaitait tirer bénéfice de la connaissance biologique sur les régions répétées, ainsi que de l'analyse de novo de séquences et l'analyse topologique du graphe associé pour bâtir une méthode solide d'assemblage des longues lectures. Concernant la production d'une séquence consensus, Jean-François souhaitait produire un alignement multiple en réduisant la complexité du problème d'optimisation combinatoire sous-jacent en ne travaillant que sur une bande de la matrice d'alignement.
Le sujet de thèse a cependant dévié. Alors que l'état de santé de Jean-François rendait notre travail en collaboration difficile, la déviation du sujet de thèse l'a davantage complexifié. Pourtant, Jean-François n'a cessé de me faire confiance et de me soutenir, et pour ça - aussi, je lui suis extrêmement reconnaissant.

Je m'associe de tout cœur à la tristesse de ses proches et de ses collègues.

Victor

C'est grâce à Jean-François que je suis resté dans le domaine de la recherche. A un moment où je m'interrogeais sur mon avenir, j'avais commencé une carrière dans l'informatique, et je ne pensais plus revenir à la recherche. Grâce à Jean-François j'ai pu renouer avec la modélisation moléculaire lors d'un post-doctorat à Joy-en-Josas, et pu bénéficier de ses conseils et de son expertise au quotidien. Je me faisais une joie de le croiser à nouveau à JOBIM cette année, je ne garderai que les très bons souvenirs de ses actions, sans lui, comme moi, de nombreuses personnes n'auraient sans doute pas trouvé leur voie. Je n'ose imaginer la douleur pour sa famille, toutes mes pensées vont à eux.

C’est avec une profonde émotion que nous avons appris le décès de notre collègue Jean-François Gibrat, survenu le 20 juin 2025. Fondateur puis directeur de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) jusqu’en 2017, il a aussi été l’un des pionniers de la bioinformatique en France. Auteur de 70 articles scientifiques, il a consacré plus de trois décennies à articuler développements méthodologiques et mise en place de services au bénéfice de la communauté des sciences de la vie.
Jean-François a développé sa carrière scientifique en Bioinformatique Structurale d’abord à l’Université d’Orsay puis sur le site INRA de Jouy-en-Josas où il est devenu directeur de recherche. Tout en produisant des connaissances scientifiques dans le domaine de la structure 3D des protéines, il a eu à cœur de développer les ressources et services collectifs dédiés à la bioinformatique. Il a ainsi participé à la création et pris la direction scientifique de la plateforme MIGALE, une des plateformes membre de l’IFB. De plus, il était aussi membre du comité scientifique du Grand Equipement National de Calcul Intensif (GENCI), une très grande infrastructure de recherche, et responsable du Réseau National des plateformes en Bioinformatique (ReNaBi). À ce titre, Jean-François a coordonné la rédaction du projet initial de l’IFB avant d’en devenir le premier directeur, depuis l’acceptation du projet en 2012 jusqu’en 2017. Il a ainsi été l’initiateur de l’infrastructure nationale distribuée, mis en place la gouvernance et créé l’unité mixte de coordination IFB-core. Il a également soutenu le développement des premiers services centraux de l'IFB (catalogue, cloud, formations, …) ainsi que des premiers projets de R&D de l’IFB, qui ont commencé à souder la communauté. Enfin, il a initié la participation de la France à l'infrastructure européenne de bioinformatique ELIXIR.
Jean-François était fortement engagé dans l'action collective malgré ses nombreuses responsabilités, il était toujours disponible et à l'écoute pour résoudre un problème ou aborder une question scientifique. Capable d'une grande capacité d'intégration, il avait une vision pertinente sur les grandes orientations stratégiques et scientifiques de la bioinformatique au niveau national comme international. Sous son naturel discret, tous ses collègues de l'IFB ont pu apprécier son caractère jovial et son sens de l'humour.

Avec toute notre reconnaissance pour avoir posé les premières briques d'un projet fédérateur, qui rassemble aujourd'hui 35 plateformes et d'équipes de recherche, et mobilise plusieurs centaines de bioinformaticien·nes.
Nous adressons nos plus sincères condoléances à sa famille, à ses proches et à ses anciens collègues.

bien triste nouvelle. Le maitre mot pour decrire Jean Francois c'est la gentillesse, une personne exceptionnelle toujours disponible pour repondre aux problemes des autres. Je l'ai connu sur mes differents postes que j'ai occupé a Jouy et il a toujours repondu présent a toutes mes sollicitations avec beaucoup de bienveillance, quelles soient professionnelles ou sur des sujets annexes comme le vol a voile qu'il appréciait

C’est avec une grande tristesse et une profonde émotion que j’apprends la disparition bien trop prématurée de Jean-François. Biologiste, j’ai eu la chance et le privilège de collaborer avec Jean-François entre 2009 et 2018 à la recherche des gènes du microbiote intestinal impliqués dans la conversion du cholestérol en coprostanol, voie majeure de l’élimination du cholestérol de l’organisme. Jean-François nous a d’emblée accordé toute son attention d’expert à la fois passionné et discret. Il nous a fidèlement pilotés, mes collègues biologistes et moi dans cette aventure ambitieuse, avec bienveillance et ardeur, nous accordant un temps précieux et nous faisant partager ses compétences avec une pédagogie patiente et une immense simplicité. Nous étions les petites mains de la biologie humide et Jean-François s’impliquait totalement dans les analyses génomiques et structurales des protéines, entrainant avec lui ses collègues d’unité, Valentin, Gwenaëlle, Thomas, et étudiants de master, et s’impliquant fortement dans des réponses à appel à projets sur le sujet. Enthousiastes, nous l’étions, Jean-François nous emmenait encore plus haut, plus fort. Je lui suis infiniment reconnaissante pour cette expérience partagée unique, très certainement l’un des moments les plus forts de ma carrière, même si les gènes recherchés restent encore inconnus du monde entier. Le temps nous a manqué, Jean-François va nous manquer terriblement.

C'est avec une grande émotion que j'apprends le décès de Jean-François qui a été mon directeur de thèse de 2002 à 2005. Je garderai de lui le souvenir d'un chercheur passionné, acharné au travail, profondément humain, et doté d'un grand sens de l'humour.
D'autres décriront mieux que moi ses contributions nombreuses pour la communauté scientifique.
De mon côté, il m'a indéniablement fait grandir professionnellement; j'ai énormément appris à ses côtés. Et pour couronner le tout, pendant ces trois années à Jouy-en -Josas, avec François Rodophe qui co-dirigeait ma thèse, tous les trois on a bien rigolé. Merci Jean-François de m'avoir fait aimé ce métier.
Toutes mes pensées à sa famille et à ses proches

Jean-François Gibrat nous a quittés le 20 juin 2025, à l’âge de 68 ans. Directeur de recherche INRAE de classe exceptionnelle, il avait pris sa retraite en 2024, après avoir conduit une carrière scienti-fique remarquable, alliant activités de recherche de tout premier plan et responsabilités managériales stratégiques pour notre institut et la communauté bioinformatique nationale.

Diplômé en 1980 de l’Ecole Supérieure de Chimie Organique et Minérale de Paris, Jean-François a été recruté comme chargé de recherche à l’INRA en 1986 dans l’unité de Biochimie-Physique (deve-nue ensuite l’unité d’Ingénierie des Protéines), suite à sa thèse effectuée dans ce même laboratoire. Sa mission consistait alors à développer l’activité scientifique de la composante biologie computationnelle de l’unité (on ne parlait pas encore de bioinformatique à l’époque), à participer aux projets de modéli-sation moléculaire en collaboration avec des biologistes et à assurer l’encadrement d’étudiants. Du-rant cette période, il effectue successivement deux postdocs, l’un au Japon (1989-1990) où il se familia-rise avec des techniques d’étude des propriétés dynamiques des protéines et l’autre au National Center for Biotechnology Information du NIH (1994-1995) qui venait d’être créé quatre ans auparavant ; il a été le témoin direct des débuts de la bioinformatique aux États-Unis.
L’étude de la relation entre la séquence, la structure 3D et la fonction des protéines constitue le fil rouge de ses activités de recherche tout au long de sa carrière. Il a apporté des contributions ma-jeures sur la prédiction de la structure secondaire des protéines (méthode GOR), la modélisation de la structure 3D des protéines, le développement de méthodes de comparaison des structures 3D (logiciel VAST, l’un des premiers logiciels de ce type) et la classification des domaines structuraux, l’étude des propriétés dynamiques et thermodynamiques des protéines. Les méthodes développées ont été large-ment utilisées par la communauté scientifique. Les logiciels de prédiction de la structure secondaire ont été diffusés dans le monde universitaire (en France : Pasteur, CITI2, IBCP à Lyon, etc. ou à l’étranger : programme GCG Université du Wisconsin, Eugene package, NIH, etc.), et ont également fait l’objet d’une vente de licence à des sociétés commerciales (SANOFI, BIOSTRUCTURE, PROTEUS).
À la fin de son postdoc, le NCBI lui propose une « tenure track ». Il réfléchit longuement mais décide finalement de revenir à l’INRA. À son retour en 1996, il propose un projet de création d’une équipe de bioinformatique faisant partie de l’unité Biologie Cellulaire et Moléculaire (BCM) du centre de Jouy-en-Josas. Cette petite équipe de trois personnes avait deux missions : d’une part, mener à bien une activité de recherche visant à développer des méthodes informatiques pour analyser la structure et la fonction des protéines et, d’autre part, avoir une activité d’expertise et de consultation pour d’autres unités INRA en relation avec son activité de recherche.
Convaincu que la bioinformatique allait prendre une place croissante dans les sciences du vi-vant, il entreprend de rechercher des collaborations dans ce domaine sur le centre de Jouy-en-Josas. Au cours de l’année 1999, avec François Rodolphe et Sophie Schbath (alors dans l’unité de Biométrie) et Philippe Bessières (Génétique Microbienne), il porte le projet de création d’une unité de bioinforma-tique, avec la volonté de concilier une mission de recherche avec une mission d’appui dans le domaine alors en émergence de la bioinformatique. Ce projet accepté par la Direction Générale de l’INRA, l’unité Mathématique, Informatique et Génome (MIG) est créée le 1er janvier 2000. L’originalité, et l’intérêt, de MIG résidaient dans le fait que l’unité regroupait des scientifiques avec des formations différentes, mathématiques, informatique, physico-chimie, biologie, collaborant sur l’analyse de données géno-miques en utilisant des méthodologies très diverses, mais complémentaires. Jean-François est d’abord directeur adjoint de cette unité avant d’en devenir le directeur entre 2008 et 2012. Il est impossible de lister tous les projets de recherche de MIG dans lesquels il a été impliqué ; citons toutefois le projet AGMIAL (Analyse de Génomes Microbiens d’Intérêt Agro-aLimentaire) et la plateforme d’annotation de génomes bactériens éponyme dont le développement a constitué un travail de longue haleine.

En 2005, Jean-François Gibrat est à l’origine de la création de la plateforme de bioinformatique MIGALE dont il a assuré la direction scientifique jusqu’en 2016. Le périmètre de ce dispositif, ses mis-sions et les interactions avec les utilisateurs ont été soigneusement réfléchis, afin de faire coexister harmonieusement une plateforme technologique ayant une forte composante service au sein d’une unité de recherche. Cette plateforme est aujourd’hui l’une des trois Infrastructures Scientifiques Collec-tives (ISC) en bioinformatique labellisées par INRAE.

En 2010, il est le coordinateur du projet ReNaBi-IFB, réponse du REseau National des plate-formes de BIoinformatique à l’appel à propositions «Infrastructures Nationales en Biologie et Santé» (INBS) du programme des « Investissements d’Avenir ». Il devient le directeur de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) en 2013 et assurera cette fonction jusqu’en 2016. La mission fondamentale de l’IFB est de mettre à disposition de la communauté des sciences de la vie des ressources de base en bioinformatique. L’IFB fédère aujourd’hui 35 plateformes et équipes de bioinformatique affiliées aux principaux organismes de recherche français, dont MIGALE et les deux autres ISC de bioinformatique labellisées par INRAE. Grâce à cette couverture de l’ensemble du territoire, l’IFB structure une commu-nauté bioinformatique nationale en mutualisant les ressources techniques et humaines et en diffusant les savoir-faire. Sous la Direction de Jean-François, l’IFB est identifié en 2015 comme le nœud français de l’infrastructure de recherche européenne de bioinformatique ELIXIR.

Jean-François s’implique aussi dans des actions dépassant le périmètre de la bioinformatique. De 2018 à 2019, il contribue à une prospective sur « la transition numérique et les pratiques de re-cherche et d’enseignement supérieur en agronomie, environnement, alimentation et sciences vétéri-naires à l’horizon 2040 », commanditée par l’INRA et Agreenium. En 2019, fidèle à son esprit d’ouverture et à son goût pour les nouvelles aventures, Jean-François accepte de participer de façon active à la fusion entre l’INRA et Irstea, en étant membre du comité de préfiguration du Département NUMM, devenu MathNum en 2020. En parallèle aux visites d’unité du futur département, il participe dans ce cadre à la définition de son schéma directeur.

En plus de toutes ses activités de recherche ou de pilotage et structuration de la recherche, tout au long de sa carrière à INRAE, Jean-François s’est simultanément consacré à la formation d’étudiants, de doctorants, ou dans le cadre des formations portées par la plateforme Migale.

Ces quelques lignes ne donnent qu’un rapide aperçu du rayonnement de Jean-François et de ses contributions pour notre institut, au plan national pour l’émergence et la structuration de la commu-nauté bioinformatique française et au plan international pour positionner la France dans l'infrastructure européenne de bioinformatique ELIXIR. Précurseur et visionnaire, il s’est investi sans compter au service de la science et n’a eu de cesse de conduire une recherche méthodologique en bioinformatique visant à relier séquences, structures 3D et fonctions des protéines.

A tous ses collègues, Jean-François laisse le souvenir d’un homme discret, d’une extrême gentil-lesse et très attentif aux autres.

La direction générale d’INRAE se joint à nous pour rendre hommage à Jean-François.

A sa famille, nous adressons nos plus sincères condoléances.

Christine Cierco-Ayrolles
Pour le Département MathNum d’INRAE

Jean-François a joué un rôle crucial dans mon parcours professionnel.

Quelque part au début des années 2000, j’ai assisté à un exposé de Jean-François sur le repliement des protéines. J’ai été profondément impressionné par la clarté et la précision avec lesquelles il abordait ce sujet complexe, situé à l’intersection de plusieurs disciplines. L’échange que nous avons eu après sa présentation m’a convaincu que nous partagions une vision commune : celle de l’importance et de la beauté mathématique d’une modélisation réussie en bioinformatique. Cette conversation a été ma première source d’inspiration pour orienter mes recherches vers ce domaine.

Ce fut le début d’une collaboration de longue durée, au cours de laquelle nous avons co-encadré plusieurs doctorants. J’ai énormément apprécié cette période de ma vie, tant sur le plan scientifique qu’humain. La grande ouverture d’esprit de Jean-François, sa curiosité scientifique insatiable et sa bonne humeur transformaient chaque réunion en moments d’échange intenses, riches sur le plan intellectuel comme personnel.

Nous sommes restés en contact par téléphone même au cours de ces derniers mois, et j’admirais le fait que l’avancée de la maladie n’avait en rien entamé son optimisme ni sa curiosité.

Merci Jean-François pour ta présence dans ma vie!

J'ai eu la chance de côtoyer Jean-François dès 2001 lors de mon stage de M2 à MIG.
Un grand bravo pour sa carrière.
Célia et moi-même adressons toutes nos condoléances à sa famille, ses proches et ses collègues.

Michael

C’est une bien triste nouvelle.
Je me joins à tout ce qui a été exprimé précédemment.
Jean-François était une personne remarquable, doté d’une forté solidité intellectuelle et humaine, ce qui rendait le travail à ses côtés particulièrement enrichissant.
J’adresse toutes mes pensées à sa famille ainsi qu’à la communauté bio-informatique française, à laquelle il a tant apporté.

C’est avec une profonde émotion que j’ai appris cette triste nouvelle, ayant perdu tout contact avec Jean-François depuis un long moment.
Après avoir côtoyé Jean-François de très loin pendant plusieurs années, notamment pour l’avoir croisé à l’occasion de quelques JOBIM sans réellement interagir avec lui (j’étais plus ADN que protéines !), j’ai appris à le connaître dans le cadre de ses fonctions à l’IFB, alors que j’étais moi-même coordinateur d’une des plates-formes du réseau ReNaBi, et pendant un temps d’une des ses composantes régionales APLIBIO, ainsi que membre du comité de pilotage de l’IFB.
J’ai beaucoup apprécié son caractère calme et bienveillant, teinté d’une certaine angoisse devant les difficultés qui ne manquaient pas de survenir, mais qu’il savait traiter avec flegme et ténacité.
Au moment où j’ai connu certaines péripéties professionnelles, il a fait preuve d’une grande écoute et a su me prodiguer des conseils qui m’ont aidé à traverser cette passe difficile.
Son apport à la communauté bio-informatique a été majeur, notamment en structurant l’IFB à ses débuts, et il manquera beaucoup à cette dernière.
J’adresse mes pensées les plus chaleureuses à tous ses proches et à ses collègues.