The internship project will aim at identifying micro-organisms fluxes between ecosystems. This work is a part of the TANDEM project, which is an INRAE flagship project that gathers 10 teams. It aims to better understand micro-organisms fluxes in an agri-food cheese production chain. Metagenomic samples have been collected from 10 compartments, from grass to cheese through milk, cow bedding, rumen... Our idea is to identify species present in metagenomic samples and detect if some strains are shared between samples, to infer flows between the various compartments.

 - Élaboration et étude d'un modèle épidémique multi-maladie.

- Développement et implémentation en python de ce modèle.

- Calibration de ce modèle à partir de données de la littérature ou d'analyse de notations variétales annuelles.

- Étude des effets du calendrier épidémique (périodes épidémiques variables entre maladies).

- Effet des résistances variétales existantes et actuellement cultivées dans la région nouvelle-aquitaine.

- Effet des interactions (positives ou négatives) entre maladies.

Les pollinisateurs sauvages assurent une fonction essentielle au sein des agroécosystèmes : la pollinisation des plantes à fleurs et des cultures. Pourtant leur déclin actuel est imputé à différents facteurs anthropiques, dont l’utilisation de pesticides.

Malgré un intérêt croissant de la communauté de recherche en extraction d’information, la normalisation d’entités reste un défi de taille. En domaine biologique/biomédical notamment, on observe une rareté et une dispersion des exemples d’entraînement, qui posaient jusqu’à récemment des difficultés aux approches par apprentissage.

Eliott travaille sur un projet mixte de Génomique comparée (encadré par Romane J.) et de Bioinformatique structurale (encadré par Samantha S.) qui consiste en l’étude du gène codant la L-lactate déshydrogénase, une protéine impliquée dans la fermentation lactique, dans le pangénome de lactobacilles et sur l'analyse structurale et fonctionnelle de la protéine.

L’unité MaIAGE développe l’application Genoscapist qui permet la visualisation de profils quantitatifs et de données d’annotation le long d’un génome de référence via une interface web. La représentation graphique est constituée d’éléments SVG (Scalable Vector Graphics) permettant ainsi de générer des images de haute définition. Le type de représentation des éléments graphiques (forme et couleur) est défini dans l’outil et la base de données relationnelle.

The intestinal tract is a nutrient-rich environment containing up to 10¹⁴ microorganisms. The symbiotic interactions between the gut microbiota and the host results from a long coevolution. This mutualism allows energy and nutritional benefices for each part, and leads to homeostasis.