Contexte scientifique
Les insectes détruisent (in)directement 1/3 des récoltes annuelles mondiales. Changement climatique et intensification des échanges commerciaux font de la détection précoce des insectes ravageurs invasifs un défi majeur pour une action optimale avant infestation. Dans le but de détecter les insectes grâce aux phéromones que ces derniers émettent, le projet PheroSensor vise à développer des capteurs de phéromones.
Identification et distribution des diglycérides acyltransferases DGAT3 et l'analyse de leur structure/fonction dans un jeu de génomes d'eucaroytes Arabidopsis thaliana, Chlamydomonas reinhardtii, Yarowia lipolytica, etc ...
L’unité MaIAGE développe l’application Omnicrobe qui rassemble des informations sur les habitats, les phénotypes et les usages des micro-organismes, extraites automatiquement de sources textuelles (PubMed, GenBank, DSMZ, CIRM). Les données sont accessibles via une interface web et une interface programmatique (API). Afin de faciliter la lecture par l’utilisateur, Elora aura pour mission de modifier l’interface web afin d’ordonner les informations de l’interface en fonction de leur qualité.
Inès réalisera un travail de recherche à partir d’un article récent (Voznica et al. Deep learning from phylogenies to uncover the transmission dynamics of epidemics, 2021). Elle mettra en œuvre les méthodes développées dans cet article, d’abord sur données simulées, ensuite à partir de séquences génétiques de dengue provenant de Tahiti et du Cambodge.
The internship project will aim at identifying micro-organisms fluxes between ecosystems. This work is a part of the TANDEM project, which is an INRAE flagship project that gathers 10 teams. It aims to better understand micro-organisms fluxes in an agri-food cheese production chain. Metagenomic samples have been collected from 10 compartments, from grass to cheese through milk, cow bedding, rumen... Our idea is to identify species present in metagenomic samples and detect if some strains are shared between samples, to infer flows between the various compartments.