Open16S

Etat
Titre du projet
Projet pilote transversal pour la mise en oeuvre de la politique Open Science du département MICA
Coordinateur.trice
Stéphane Chaillou, Marie Champomier Vergès, Hélène Chiapello, Marion Leclerc, François Marras
Participants de MaIAGE
Hélène Chiapello, Robert Bossy, Mouhamadou Ba, Olivier Rué, Cédric Midoux
Partenaires (hors MaIAGE)
CATI BOOM
Année de démarrage - Année de fin de projet
2022-2024
Date de fin du projet
Résumé
Dans le cadre de la politique OpenScience d’INRAE et de la volonté de (ré-)utiliser des jeux de données disponibles au sein du département MICA, le département Mica met en place une étude pilote transversale d’analyse comparative, in silico, des écosystèmes microbiens présents dans la chaîne alimentaire de l’Homme et de l'animal, jusqu'aux systèmes anaérobies de dépollution à partir de données d’ADNr 16S. Il s'agit du projet pilote "Open16S MICA"

Objectifs
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Mettre en évidence la prévalence d’espèces microbiennes tout au long de la chaîne alimentaire, comparer la structure des écosystèmes et estimer le degré de coalescences entre ces écosystèmes. Les écosystèmes concernés sont i) les aliments et boissons fermentés, ii) les écosystèmes humains iii) le système digestif des animaux de rente iv) les systèmes de dépollution biologique : stations d’épuration, digesteurs anaérobies.


Mise en oeuvre
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Un questionnaire a été élaboré et envoyé à l’ensemble des unités et équipes du département MICA en septembre 2020 et le projet a suscité un fort intérêt et des réponses positives pour 18 unités ou équipes du département (89% des réponses).

Le projet mobilisera les compétences des scientifiques à l'origine des données et des bioinformaticiens du CATI BOOM (Bioinformatics for Omics and metaOmics of Microbes).

Année de soumission
2022