Type

Sujet
Analyse de l'abondance de gènes marqueurs butyrate et propionate dans les cohortes métagénomiques liées à des dysbioses pathologiques
Date de début
Date de fin
Encadrant(s)
Thomas Lacroix, Claire Cherbuy

Equipe(s)

Contrat de recherche
SE
Description/résumé

Ce projet porte sur des analyses génomiques comparatives autour des voies métaboliques de dégradation des sucres complexes par les bactéries commensales et leur utilisation comme marqueurs du microbiote sain et dysbiotique. Plus précisément, l'objectif de ce projet est d'analyser l'abondance de gènes marqueurs butyrate et propionate dans des cohortes métagénomiques liées à une dysbiose pathologique. Les principales missions du stage sont les suivantes :
  1) nettoyage de l'ADN contaminant dans l'ADN métagénomique (bowtie2)
  2) automatisation du lancement des analyses sur une cohorte métagénomique (python, utilisation d'un cluster de calcul)
  3) mise en place d'une stratégie de normalisation des résultats (RPKM, MUSICC)
  4) analyse et interprétation des résultats (R)

Année de soutenance (pour les thèses ou les stages)
2022
Ecole/université (pour les thèses et les stages)
AgroParisTech
Niveau/diplôme (pour les stages)
master2