TOFFANO Antoine

Malgré un intérêt croissant de la communauté de recherche en extraction d’information, la normalisation d’entités reste un défi de taille. En domaine biologique/biomédical notamment, on observe une rareté et une dispersion des exemples d’entraînement, qui posaient jusqu’à récemment des difficultés aux approches par apprentissage.

TEMPEZ Élodie

Élodie travaille sur un projet mixte de Génomique comparée (encadrée par Romane J.) et de Bioinformatique structurale (encadrée par Samantha S.) qui consiste en l’étude du gène codant la L-lactate déshydrogénase, une protéine impliquée dans la fermentation lactique, dans le pangénome de lactobacilles et sur l'analyse structurale et fonctionnelle de la protéine.

ATIA Safiya

L’unité MaIAGE développe l’application Genoscapist qui permet la visualisation de profils quantitatifs et de données d’annotation le long d’un génome de référence via une interface web. La représentation graphique est constituée d’éléments SVG (Scalable Vector Graphics) permettant ainsi de générer des images de haute définition. Le type de représentation des éléments graphiques (forme et couleur) est défini dans l’outil et la base de données relationnelle.

LERAY Laurine

Ce projet porte sur des analyses génomiques comparatives autour des voies métaboliques de dégradation des sucres complexes par les bactéries commensales et leur utilisation comme marqueurs du microbiote sain et dysbiotique. Plus précisément, l'objectif de ce projet est d'analyser l'abondance de gènes marqueurs butyrate et propionate dans des cohortes métagénomiques liées à une dysbiose pathologique. Les principales missions du stage sont les suivantes :
  1) nettoyage de l'ADN contaminant dans l'ADN métagénomique (bowtie2)

BEGHIN Romane

L’unité MaIAGE développe l’application Genoscapist qui permet la visualisation de profils quantitatifs et de données d’annotation le long d’un génome de référence via une interface web. Les données mises à disposition sont stockées dans une base de données relationnelle. Le ou la stagiaire aura pour mission de modifier l’interface web afin de permettre aux utilisateurs le chargement de leurs données via l’utilisation de formats standards en bioinformatique (GenBank, GFF, BED, …). Ces données seront stockées dans une base de données relationnelle de type SQLite déployée à la volée.