Internship

L'infection à salmonelle est la cause la plus courant d'intoxication alimentaire collective dans les pays développés. On trouve la salmonelle sous la forme de différentes souches bactériennes qui colonisent et infectent le tube digestif des animaux d’élevage ou des humains. Chez l’homme, ces pathogènes provoquent des troubles allant d’intoxications alimentaires à la fièvre typhoïde.

Proposer un workflow bioinformatique de construction et de caractérisation de pangénomes bactériens. Ce travail sera accompagné
d’une réflexion sur les métriques de caractérisation de pangénomes adaptées aux échelles évolutives considérées et aux
caractéristiques du jeu de données traité en terme de qualité et représentativité. En fonction de l’avancement du stage, un dernier
aspect concernera l’ajout et l’amélioration d’un workflow existant de détection des pseudogènes en se basant sur les propriétés du
jeu de données traité

Antibiotic-resistance genes in various bacteria are the focus of intense attention given the global concern around the rise of multi-resistant pathogens. These genes come in several variants, and the precise identification of variants in samples is very useful to track antibiotic-resistance gene propagation. We identify the variants of antibiotic resistance genes and their relative abundances using shotgun metagenomic data collected on multiple samples.