Sujet
Adaptation d'un pipeline d'analyse de diversité intra-espèce dans des données métagénomiques au microbiote de poulet
Date de début
Date de fin
Encadrant(s)
Anne-Laure Abraham, Hélène Chiapello, Pierre Nicolas, Guillaume Kon-Kam-King

Equipe(s)

Contrat de recherche
MathNum
Description/résumé

Dans l'équipe StatInfOmics, nous développons un workflow d'analyse de la diversité intra-espèce bactérienne dans des données métagénomiques de microbiote intestinal humain. Dans le cadre d'une collaboration entre MaIAGE, Métagenopolis, ISP, BOA et GABI, nous prévoyons d’appliquer notre workflow à des données de microbiote de poulet. Pour ce faire, nous allons intégrer une base de données de microbiote de poulet au worflow et identifier les régions du génome les plus conservées au sein de chaque espèce de la base (core-génome) afin d'améliorer la précision de la mesure de diversité calculée. Ce travail sera une première étape pour détecter des flux de gènes et de souches bactériennes entre microbiotes.