Dans l'équipe StatInfOmics, nous développons un workflow d'analyse de la diversité intra-espèce bactérienne dans des données métagénomiques de microbiote intestinal humain. Dans le cadre d'une collaboration entre MaIAGE, Métagenopolis, ISP, BOA et GABI, nous prévoyons d’appliquer notre workflow à des données de microbiote de poulet.

Développement en Java pour la réutilisation des outils de text mining et des interfaces de gestion des informations par des ontologies qui faciliteront l’utilisation et l'intégration de données hétérogènes.

Analyse des erreurs et extension de la méthode CONTES pour la normalisation des entités nommées par des ontologies. Applications aux données des habitats microbiens et des phénotypes microbiens et végétaux.