Organiser et participer aux différents meetings rassemblant les responsables de collections microbiennes pour l'élaboration de la stratégie de recherche de MIRRI , et organiser la contribution des collections microbiennes de l’INRAE ( groupées au sein du CIRM) à MIRRI.
The objective of CARE is to enhance collaboration between the public health, food and animal health sectors across the EU to increase joint preparedness in relation to bacterial zoonotic (espe
Ce projet a pour objectif l’étude des transmissions verticales et horizontales de gènes de résistance aux antibiotiques du microbiote intestinal, par le suivi de 12 familles sur trois générations successives de poulets de chair issus du même lot parental et élevés dans deux environnements expérimentaux différents (dits « reproduction » ou « testage ») calqués sur la structuration de la filière avicole.
La mission consiste à mettre en place un service de courtage de données (“data brokering”) à l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) en partenariat avec les infrastructures nationales productrices de données (France Génomique, France Bio Imaging, MetaboHub, PROFI, ...) et les ressources internationales d’archivage de données, en particulier, l’European Nucleotide Archive (ENA) de l’European Bioinformatics Institute (EBI).
Dans l'équipe StatInfOmics, nous développons un workflow d'analyse de la diversité intra-espèce bactérienne dans des données métagénomiques de microbiote intestinal humain. Dans le cadre d'une collaboration entre MaIAGE, Métagenopolis, ISP, BOA et GABI, nous prévoyons d’appliquer notre workflow à des données de microbiote de poulet.
Développement en Java pour la réutilisation des outils de text mining et des interfaces de gestion des informations par des ontologies qui faciliteront l’utilisation et l'intégration de données hétérogènes.