Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement
Mathématiques et Informatique Appliquées
Le ou la doctorant·e est hébergé·e, rattaché·e à l'unité MaIAGE.
MARINO Thomas
Antibiotics have drastically reduced the mortality associated with infectious diseases. Yet, their effectiveness and easy access led to misuse and overuse, prompting bacteria to develop resistance. Currently, antibiotics are usually based on essential bacterial pathways, and therefore cover a broad spectrum of bacteria.
SAHO Mariyam
Mutations in DNA have a profound impact on a range of biological processes, including evolution, ageing, and disease. DNA mutation rates result from replication errors, various sources of damage, and the activity of counteracting repair pathways. Experimental and medical data indicate important links between transcription and mutation: transcription causes DNA damage and is coupled to DNA repair. However, the molecular aspects of these links and the extent to which they shape mutation rates remain poorly understood.
LE ROUX Zoé
FAIROmics project:
ZHU Xingyu
The Ph.D. project aims to develop information extraction (IE) methods to automatically produce a knowledge graph about microbe biology involved in plant-based food transformation or preservation.
FOUSSAT Anne-Sophie
En biologie, la veille scientifique porte sur un nombre croissant d’objets dont la connaissance évolue rapidement avec des remises en cause fréquentes de conclusions établies ou non. Les scientifiques manquent cruellement d’outils pour extraire, structurer et évaluer la pertinence des informations publiées au regard de la connaissance scientifique. La pertinence dépend à la fois de la nouveauté et de la validité de l’information.
Nguyen Thanh-Julie
Les pollinisateurs sauvages assurent une fonction essentielle au sein des agroécosystèmes : la pollinisation des plantes à fleurs et des cultures. Pourtant leur déclin actuel est imputé à différents facteurs anthropiques, dont l’utilisation de pesticides. Les connaissances sur l’exposition des pollinisateurs sauvages aux pesticides et les effets de cette exposition en conditions naturelles restent cependant éparses.
Procope-Mamert Sylvain
Les travaux conduits dans cette thèse porteront sur des modèles de Markov cachés hiérarchiques à observations non linéaires pour décrire les mécanismes sous-jacents à l’observation de séquences temporelles avec une dépendance spatiale. Ces modèles sont intéressants dans de nombreuses applications, notamment pour l’analyse de données omiques résolues en temps, qui présentent souvent une dépendance spatiale le long du génome.
MARECHAL Anastasia
Ce projet de thèse est en mathématiques appliquées, avec une spécialité dans l’analyse de systèmes dynamiques et une composante interdisciplinaire forte autour de la modélisation de systèmes biologiques. L’objectif principal de la thèse est de produire et d’analyser un modèle mathématique de l’horloge circadienne dans une population de cellules. Chez les mammifères, l’horloge circadienne intervient à différents niveaux, depuis l’horloge centrale (commandée par un réseau neuronal) jusqu’aux cellules individuelles.