Cette thèse vise le déchiffrage moléculaire du remodelage intensif de la protéine Mfd (Mutation frequency decline) en se concentrant sur ses régions flexibles. Diverses méthodes sont effectuées afin de parvenir à comprendre ce cycle conformationnel parmi lesquelles des simulations de dynamique moléculaire, tout atome et/ou avec exploration en utilisant la méthode d'Umbrella Sampling et l'intégration des analyses avec calculs de contact map, RMSF, Rg etc sur la protéine sauvage et mutuée de E.

     Antibiotics have drastically reduced the mortality associated with infectious diseases. Yet, their effectiveness and easy access led to misuse and overuse, prompting bacteria to develop resistance. Currently, antibiotics are usually based on essential bacterial pathways, and therefore cover a broad spectrum of bacteria.

Mutations in DNA have a profound impact on a range of biological processes, including evolution, ageing, and disease. DNA mutation rates result from replication errors, various sources of damage, and the activity of counteracting repair pathways. Experimental and medical data indicate important links between transcription and mutation: transcription causes DNA damage and is coupled to DNA repair. However, the molecular aspects of these links and the extent to which they shape mutation rates remain poorly understood.

FAIROmics project:

The Ph.D. project aims to develop information extraction (IE) methods to automatically produce a knowledge graph about microbe biology involved in plant-based food transformation or preservation.

Les pollinisateurs sauvages assurent une fonction essentielle au sein des agroécosystèmes : la pollinisation des plantes à fleurs et des cultures. Pourtant leur déclin actuel est imputé à différents facteurs anthropiques, dont l’utilisation de pesticides. Les connaissances sur l’exposition des pollinisateurs sauvages aux pesticides et les effets de cette exposition en conditions naturelles restent cependant éparses.

Ce projet de thèse est en mathématiques appliquées, avec une spécialité dans l’analyse de systèmes dynamiques et une composante interdisciplinaire forte autour de la modélisation de systèmes biologiques. L’objectif principal de la thèse est de produire et d’analyser un modèle mathématique de l’horloge circadienne dans une population de cellules. Chez les mammifères, l’horloge circadienne intervient à différents niveaux, depuis l’horloge centrale (commandée par un réseau neuronal) jusqu’aux cellules individuelles.