La jaunisse nanisante de l’orge (JNO) est une maladie des céréales causée entre autres par le virus BYDV (Barley Yellow Dwarf Virus), appartenant au genre des Luteovirus. Ces virus se propagent par la piqûre de pucerons, ceux-ci se déplaçant de plante en plante au sein du champ et à plus grande distance lors de vols ailés au printemps et à l’automne. Le suivi de la JNO à l’échelle du paysage agricole constitue un enjeu important pour la gestion optimisée de cette maladie, en particulier les approches agroécologiques visant à réduire l’utilisation d’insecticides. Le séquençage d’échantillons viraux permet de retracer l’épidémiologie du virus à travers les motifs de mutation observés dans l’échantillon, mais l’efficacité de cette méthode est fortement dépendante de l’exhaustivité et de l’absence de biais spatio-temporels dans le plan d’échantillonnage.

Au cours de ce stage, le candidat développera un modèle de propagation de la JNO à l’échelle d’un paysage agricole, sur des distances de l’ordre de la dizaine de kilomètres. Cette modélisation prendra en compte la dynamique démographique des populations de pucerons, ainsi que le rôle important joué par des espèces-réservoir. À l’aide de ce modèle, il générera des arbres de transmission pour le BYDV, permettant d’étudier l’influence des différents paramètres de transmission sur ceux-ci. Ensuite, en intégrant les informations disponibles dans la littérature sur les modes et la vitesse d’évolution du BYDV, il ou elle simulera plusieurs scénarios d’échantillonnage et déterminera quelle stratégie conduit à un signal phylogénétique et épidémiologique optimal. Si le temps le permet, nous étudierons également la possibilité d’intégrer des mesures accessoires de prévalence de la JNO dans les stratégies d’échantillonnage.