L’infection à Salmonella est l’une des principales causes d’intoxication alimentaire dans les pays développés. Ce pathogène, capable de coloniser le tube digestif des animaux d’élevage et des humains, entraîne des troubles de gravité variable, allant de simples désordres gastro-intestinaux à des infections systémiques sévères. Chez le poulet, certaines souches de Salmonella peuvent persister dans l’intestin sans provoquer de symptômes, tout en étant excrétées dans l’environnement. Ce phénomène est particulièrement marqué chez certains individus appelés super-excréteurs, qui jouent un rôle clé dans la propagation du pathogène. Toutefois, les mécanismes biologiques sous-jacents à ces différences interindividuelles restent mal compris et semblent résulter d’interactions complexes entre la réponse immunitaire de l’hôte, la composition et le rôle du microbiote intestinal, et la dynamique du pathogène lui-même.

Dans ce contexte, ce stage vise à développer un modèle mathématique permettant de décrire la dynamique de l’infection à Salmonella chez le poulet en intégrant ces différents facteurs. L’objectif est de formuler des équations différentielles ordinaires (EDO) représentant la dynamique du pathogène, la réponse inflammatoire de l’hôte et l’influence du microbiote sur l’infection et l’excrétion bactérienne. L’estimation des paramètres du modèle se fera à partir de données expérimentales issues de collaborations avec des microbiologistes dans le cadre du projet Mossaic.