Les mission de l'ingénieur recruté s’inscrivent dans le cadre du projet Prioritaire Pour la Recherche ANR Microflu4AMR, qui cherche à étudier la diversité fonctionnelle (gènes et voies métaboliques) des communautés microbiennes du sol impliquées dans la production d'antibiotiques et des résistomes correspondants. À cette fin, 200 échantillons de sols déjà sélectionnés pour couvrir la plus grande diversité d’usage et de caractéristiques pédoclimatiques possibles, issus de la seconde campagne du RMQS (comportant plus de 2200 échantillons de sols différents), ont été analysés par métagénomique shotgun. 

L’analyse de ces jeux de données est effectuée en collaboration entre l’équipe BIOCOM du pôle MICSOL (« Microbiomes et fonctions écosystémiques des sols »), de l’UMR 1347 Agroécologie (INRAE/UB/InstitutAgro) qui possède une forte expertise en écologie microbienne de sols et la plateforme bioinformatique Migale (Unité MaIAGE, INRAE de Jouy en Josas) qui apporte son expertise en métagenomique et bioinformatique.

L'ingénieur  travailler en étroite collaboration avec une post-doctorante et les encadrants des deux équipes mentionnées plus haut. Il portera également assistance aux équipes du projet microflu4AMR pour leurs besoins en analyse bioinformatique.