L’objectif du groupe de travail IS5 du projet MuDiS4LS, est de proposer des bonnes pratiques
(description des échantillons, métadonnées et ontologies) et un cadre opérationnel (flux de données,
stockage, diffusion et archivage) pour améliorer l’échange de données génétiques et multi-omiques
agricoles en implémentant un cas d’étude particulier autour de l’holobionte. L’holobionte définit
dynamiquement un organisme hôte végétal ou animal et son microbiote, en fonction notamment de
contraintes environnementales. Plusieurs équipes partenaires de l’Institut Français de Bioinformatique
développent des projets ayant pour objectif de caractériser un holobionte. Ces projets ont en commun de
produire des données massives permettant de décrire précisément un environnement (données
géographiques, climatiques, observations, enquêtes, ...), l’organisme d’intérêt (phénotypes, analyses
biochimique, transcriptomiques ou métabolomiques,...), et un microbiote (abondances bactériennes ou
fongiques obtenues par analyse métagénomique par amplicon, génome assemblés et annotés,...).

L'ingénieur implémentera ce cas d’étude à partir de données déjà acquises sur des complexes biologiques autour plantes cultivées et des animaux d’élevage. Il s’agira de développer un système d’information facilitant la collecte, la validation puis
l’intégration de l’ensemble des données et métadonnées de ces projets en respectant les ontologies du
domaine (ces dernières pouvant être étendues si nécessaire). Les données, une fois structurées et
enrichies de connaissances (liens vers des ressources ou bases de données externes), devront être
accessibles pour des analyses spécifiques (extraction, statistiques ou production de graphiques), de
manière programmatique ou à travers d’une interface web. Enfin, à partir des enseignements tirés de ce
cas d’étude, un ensemble d’usages et de bonnes pratiques pour la gestion des données “Holobiontes”
devra être diffusé à la communauté.