L'analyse de données “omiques” enrichit continuellement l'annotation structurelle et fonctionnelle des génomes procaryotes et eucaryotes. En particulier, l’exploration de grandes collections des profils de transcription le long des chromosomes, non agrégés par gènes, est essentielle pour la délimitation des unités de transcription et la caractérisation de nouveaux gènes tels que les ARN antisens et autres ARN non codants. Genoscapist est un outil web pour réaliser cette tâche de façon interactive grâce à des représentations graphiques de haute résolution et personnalisées de profils quantitatifs le long des chromosomes. Il permet aussi de mettre à disposition de la communauté des scientifiques des sites web et de générer des images dans un contexte de publication des données. Initialement déployé sur des jeux de données transcriptomiques de l’une des principales bactéries modèles (Bacillus subtilis) et un pathogène majeur (Staphylococcus aureus), il a depuis été utilisé dans de nombreux projets de recherche. Ces déploiements successifs ont permis de faire évoluer le logiciel pour répondre à différentes questions de recherche et représenter d’autres types de données. Il a principalement été déployé sur des jeux de données procaryotes (bactéries modèles, d’intérêt biotechnologiques, et pathogènes) mais les adaptations en cours permettent de visualiser également des jeux de données eucaryotes (testé sur la truite arc-en-ciel).

Contact : Sandra Dérozier
Unité : MaIAGE
Département : Mathnum
Centre INRAE : Ile de France Jouy-en-Josas
INRAE 2030 Orientations scientifiques (OS) et Orientations de politiques générales (OP) : OS 5.1, OP 1.3
Grands Objectifs Scientifiques (GOS) MathNum : GOS 1
Mots-clés : Visualisation de données ; génomique ; transcriptomique ; annotation structurale ; données
quantitatives ; interface web ; représentation graphique ; base de données