Lors de cette présentation, je vais revenir sur les travaux que j'ai mené ces 10 dernières années dans le domaine de l'analyse des données du microbiome intestinal, et que j'ai présenté lors de ma soutenance d'HDR le 26/09/2024. 
Le microbiote intestinal est l'ensemble des micro-organismes, vivant dans le tractus gastro-intestinal humain. Cet écosystème complexe et dynamique, est appelé microbiome. Parmi les principales techniques d’exploration, la métagénomique offre une vue d'ensemble des micro-organismes et de leur potentiel fonctionnel, tandis que la métaprotéomique révèle l’activité microbienne dans leur environnement, à travers les protéines. L’analyse et la modélisation de ces données, caractérisées par un nombre important de variables, une grande sparsité, une structure d'interdépendance complexe, et une grande variabilité interindividuelle, nécessite des outils bioinformatiques et biostatistiques spécifiques. Mes recherches ces dernières années ont porté sur l’étude des déséquilibres microbiens associés à différentes maladies et sur l’identification de signatures robustes via l’analyse différentielle ou l’apprentissage automatique. J'ai également travaillé sur l'inférence de réseaux d'interactions microbiennes ainsi que sur les outils bioinformatiques et biostatistiques développés pour la métaprotéomique. Enfin, je parlerais d'un projet de recherche en cours qui propose d’explorer les liens entre microbiome, alimentation et santé en utilisant les données du projet « Le French Gut » pour détecter les déterminants de la dysbiose.