L’objectif de ce travail est de développer un prototype de cellule bactérienne virtuelle autonome destiné en particulier à des applications biotechnologiques.
Le simulateur tiendra notamment compte du caractère stochastique de certains processus cellulaires, des échelles de temps très différentes (de l’ordre de la milliseconde pour le réseau métabolique à l’heure pour la vitesse de croissance), et de différents niveaux de description des processus cellulaires selon le niveau de connaissance.

Estimation des paramètres dans un modèle de fragilité à partir de données de type current status data via un algorithme EM stochastique. Application à la transition florale du maÏs en collaboration avec l'unité GQE Le Moulon.

Formation Doctorale

Mise à disposition d'outils développés par des équipes scientifiques.  (Eléments transposables, métagénomique, statistique, détection de variants)
Financement IFB

 La personne recrutée contribuera à l'implémentation de trois applications dans les domaines de l'agriculture et de la biodiversité (microbiologie et aliment, phénotypage du blé et developement des plantes), à leur intégration dans des applications clientes sur des infrastructures bioinformatiques, l'automatisation du moissonnage et de la mise à jour de la collection documentaire et des resources (ontologies, nomenclatures et lexiques). Elle collaborera avec les membres de l'équipe et les partenaires à travers l'Europe, principalement Grèce et Grande-Bretagne.

L'agent est chargé de faire une étude des méthodes de classification à base de distances ordinales pour les données métagénomique dans un contexte d'écologie des communautés.