Ingénieur·e polyvalent·e : pilotage par ordinateur de mini-bioréacteurs pour la culture continue de bactéries.
CDD Ingénieur·e d'Étude, 12 mois (renouvelable 1 fois), début de contrat juin/juillet 2024
Bac+5 / Master
INRAE, MaIAGE, Jouy-en-Josas (France)
Mots-clés
Évolution dirigée, Fabrication numérique, Internet Of Things.
Contexte
La mise à profit des nouvelles technologies issues de l’écosystème des FabLab (impression 3D, découpe laser, électronique à façon) et de l’internet des objets (micro-contrôleurs programmables, objets intelligents) permet de développer des systèmes innovants pour la microbiologie. Ses thématiques vous intéressent ? Participer au développement et à la mise en application d’un système innovant de culture continue en mini-bioréacteurs contrôlés par ordinateur est l’occasion d’approfondir vos connaissances et d’acquérir de nouvelles compétences.
L’équipe StatInfOmics de l’unité MaIAGE (INRAE) est spécialisée dans la mise en œuvre de méthodes statistiques et bioinformatiques dédiées à l’analyse de données “omiques”. L’équipe Syber de l’Institut Micalis (INRAE) est spécialisée dans la conception de systèmes biologiques synthétiques et d’usines cellulaires. Ces dernières années, ces deux équipes ont développé conjointement un système de mini-bioréacteurs contrôlés par ordinateurs (en cours de publication). Ce système modulaire permet de réaliser des cultures continues de micro-organismes, notamment pour l’évolution dirigée.
Les expériences menées en mini-bioréacteur mettent en évidence la nécessité de gérer la formation de biofilms. Des approches génétiques peuvent dans une certaine mesure empêcher leur formation. Cependant, des solutions plus génériques, sans modifications génétiques, doivent aussi être mises en place.
Dans le cadre d’un projet pré-compétitif de TWB (Toulouse White Biotechnology), le système modulaire de mini-bioréacteur sera utilisé pour implémenter une méthode générique d’évolution dirigée.
Liens
INRAE : https://www.inrae.fr/
Unité MaIAGE : https://maiage.inrae.fr/
Institut Micalis : https://www.micalis.fr/
Toulouse White Biotechnology (TWB) : https://www.toulouse-white-biotechnology.com/
Le poste
L’ingénieur·e sera initialement recruté·e par INRAE pour un an. Son contrat pourra être renouvelé pour une deuxième année si l’évaluation du projet à 12 mois est concluante. Il ou elle aura la responsabilité de la mise en œuvre des systèmes de mini-bioréacteurs développés dans le cadre du projet.
L’ingénieur·e travaillera en lien direct avec les responsables et contributeurs principaux du projet des mini-bioréacteurs à la fois au sein de l’équipe StatInfOmics à MaIAGE (conception et fabrication numérique, électronique, programmation, développement d’applications) et de l’équipe Syber à Micalis (microbiologie, constructions génétiques). Des interactions régulières avec des membres de la plateforme Bioprocess à TWB auront également lieu afin de présenter les avancées du projet.
Activités principales :
- Cultures continues à l’aide du système de mini-bioréacteurs en développement :
- préparation des milieux de culture et assemblage du système fluidique ;
- préparation des cultures bactériennes (stries sur boîte LB, pré-cultures liquides) ;
- configuration informatique de l’expérience (modification de scripts, adaptation de fichiers de configuration, test de l’interface graphique sur la fin du projet) ;
- ensemencement du système de mini-bioréacteur en conditions stériles ;
- suivi de cultures (prélèvements en flux, mesures de densité optique, stries sur boîte LB) ;
- nettoyage et maintenance du système en fin d’expérience.
- Fabrication de nouveaux systèmes de mini-bioréacteurs :
- impression 3D et découpe au laser de modèles existants ;
- électronique basique très basse tension (soudures sur circuits imprimés, câblages) ;
- assemblage/test des pièces et circuits.
- Présentation de l’avancée des activités aux différents partenaires du projet.
Au-delà de ce socle d'activités, l’ingénieur.e pourra s’investir dans la conception du système et/ou l’analyse des données générées selon ses appétences.
Le projet étant à l’interface de différentes compétences métiers (microbiologie, fabrication numérique), l’ingénieur·e profitera du contexte du projet pour approfondir ses connaissances et améliorer ses compétences en microbiologie, en fabrication numérique, électronique programmable et pilotage de dispositif contrôlé par ordinateur.
Salaire à partir de 2161,10 € brut mensuel suivant les barèmes de rémunération d’ingénieur·e d’étude contractuel INRAE avec prise en compte du niveau d’expérience.
Profil recherché
Ingénieur·e en microbiologie, physique ou bioinformatique, curieux·se et intéressé·e par les nouvelles technologies numériques.
Connaissances et savoir-faire opérationnel :
- microbiologie (cultures bactériennes sur boîte de Petri et en liquide) ;
- notions de programmation et utilisation d’interface Unix en console (outils en ligne de commande, édition de fichiers, connexion serveur distant).
Savoir-être professionnel :
- organisé·e et autonome ;
- adaptable et curieux·se.
Spécificité du travail en Zone à Régime Restrictif
L’ingénieur·e travaillera au sein de l’unité MaIAGE et de l’Institut Micalis, classé Zone à Régime Restrictif (ZRR). Le processus de recrutement nécessite validation du ministère après enquête administrative (prévoir un délai de 2 mois).
Contact(s)
- Cyprien Guérin, cyprien.guerin@inrae.fr