Le microbiote des animaux d’élevage est maintenant reconnu comme un réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques, potentiellement transmissibles aux pathogènes animaux et humains. Toutefois, les facteurs menant à la transmission de ces gènes entre individus restent très mal compris. Les techniques actuelles de métagénomique shotgun permettent d’avoir accès à majorité des gènes de résistance présents dans un microbiote donné, son résistome, mais n’ont à ce jour pas permis de comprendre comment se réalisaient les flux de gènes entre individus, et ce pour deux raisons principales :