Liste contrats et projets en cours StatInfOmics

TANDEM - INRAE Métaprogramme- projets-phares HOLOFLUX- (2021-2023)
Titre : TrAnfers iN Dairy systEM
Participants : M. Mariadassou, A-L. Abraham, H. Chiapello, P. Nicolas, G. Kon-Kam-King - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : UR OPAALE, UMR Agroécologie, UREP, UMRH, UMR MEDIS, UMRF, UR LBE, UE Herbipôle, UMR Territoires, UMR Innovation
Coordinateur : C. Delbès, UMR Fromage, Aurillac

Holobionts - ANR- PEPR AgroEcologie Numérique- (2023-2028)
Titre : Animal holobionts: a new biological scale to explore genetic diversity and refine breeding strategies for agroecology
Participants : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : GABI (Jouy-en-Josas), GenPhyse (Toulouse), IRISA (Rennes), MIAT (Toulouse), MetaGenoPolis (Jouy-en-Josas), UMRH (Clermont-Ferrand)
Coordinateur : S. Combes (GenPhyse, INRAE Toulouse), J. Estellé Fabrellas (GABI, INRAE Jouy-en-Josas)

CAP-KMD - Ferments of the Future Call for Precompetitive Projects 2023-
Défi et/ou Axe : Science des données, intelligence artificielle (2023 - 2025)
Titre : Collect Analyze Publish Knowledge on Microbe Diversity
Participants : M. Ba, R. Bossy, H. Chiapello, L. Deléger, S. Dérozier, V. Loux, C. Nédellec - Equipe(s) : Bibliome / Migale / StatInfOmicsCoordinateur : R. Bossy (MaIAGE, Jouy-en-Josas), S. Dérozier (MaIAGE, Jouy-en-Josas)

CoNoCo - ANR- ANR blanche
Défi et/ou Axe : Vie, Santé et Bien-étre Axe : CES – Génétique, génomique, ARN (2019-2024)
Titre : Controlling non-coding pervasive transcription to ensure fine-tuning of gene expression in Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus.
Participants : C. Guérin, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : Micalis (Jouy), IBPC (Paris), IBMC (Strasbourg), CBM (Orléans).
Coordinateur : E. Bidnenko (INRA Micalis)

DeepImpact - ANR- PPR-
Défi et/ou Axe : Cultiver et Produire Autrement (2020 - 2025)
Titre : Deciphering plant-microbiota interactions to enhance crop defenses to pests

Participants : M.Mariadassou, S. Schbath - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : INRA IGEPP (Rennes), INRA Agroécologie (Dijon), INRA BFP, INRA BIOGER, INRA ECOBIO, INRA GDEC, IRISA (Rennes), CNRS - LBBE LEM (Lyon), INRA LIPM (Toulouse)
Coordinateur : C. Mougel (IGEPP, Rennes)

DeMuSi - ITMO Cancer - PCSI 2022-
Défi et/ou Axe : Appel à projets : Approches interdisciplinaires des processus oncogéniques et perspectives thérapeutiques : Apports à l’oncologie de la physique, de la chimie et des sciences de l’ingénieur (2022-2025)
Titre : Deciphering the mutational signature of transcription and DNA repair processes combined with exogenous DNA damages (DeMuSi)

Participants : P. Nicolas, G. Kon Kam King, C. Guérin - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : CEA I2BC (J. Soutourina), CEA Saclay (F. Mallogi), INSERM Gustave-Roussy (S. Nikolaev)
Coordinateur : J. Soutourina (CEA I2BC)

BioBrickEvolver - ANR- AAPG2018 - PRC
Défi et/ou Axe : Vie, Santé et Bien-être / CES - Bioéconomie : technologies (chimie, biotechnologie, procédés) spécifiques et approches système (01/2019-06/2024)
Titre : Développement d'un système pour la production de biobriques par évolution dirigée dans la bactérie Bacillus subtilis.
Participants : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Equipe(s) : BioSys / Dynenvie / StatInfOmics
Partenaires : INRA MaIAGE, CNRS I2BC (Equipe P. Tavares), INRA MICALIS (Equipe M. Jules), CEA Cadarache (Equipe C. Berthomieu), TWB (O. Galy)
Coordinateur : P. Nicolas (INRA, MaIAGE)

HoloE2Plant - H2020- ERC Starting Grant- (2022-2026)
Titre : Exploring the Holobiont concept through a Plant Evolutionary Experiment study
Participants : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : IRISA (Rennes), Department of Systematic and Evolutionary biology (Univ. Zurich)
Coordinateur : Claudia Bartoli

FAIROmics - H2020- HORIZON-MSCA-2022-DN-01-01- (2023)
Titre : FAIRification of multiOmics data to link databases and create knowledge graphs for fermented foods
Participants : R. Bossy, H. Chiapello, S. Dérozier, C.Nédellec - Equipe(s) : Bibliome / StatInfOmics
Partenaires : Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, NIZO food research BV, National and Kapodistrian University of Athens, University of Reading, Chr. Hansen A/S, Vrije Universiteit Amsterdam, Agencia ...
Coordinateur : Dominique Swennen (INRAE SayFood)

HARMONI - Appel d'offres Ibisa (Infrastructure en BIologie, Santé et Agronomie) 2021 pour les centres de ressources biologiques- (2022-2024)
Titre : Harmonizing microbiota characterization procedures within the national infrastructure RARe
Participants : MY Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : Michèle Tixier (GABI, @bridge, Jouy), Mathieu Almeida et Christian Morabito (MGP, Jouy), Samuel Mondy (GenoSol), Emmanuelle Helloin (CIRM-BP, Tours), Florence Valence (CIRM-BIA, Rennes)
Coordinateur : Michel-Yves Mistou (INRAE, MaIAGE, Jouy)

DOMINO - H2020- HORIZON-CL6-2021-FARM2FORK-01- (2022-2027)
Titre : Harnessing the microbial potential of fermented foods for healthy and sustainable food systems
Participants : V. Loux, M. Mariadassou, H. Chiapello - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : 21 partenaires, 10 pays
Coordinateur : S. Chaillou (INRAE, Jouy-en-Josas)

BIFIDIFF - ANR- JCJC (2023-2027)
Titre : Identification of Bifidobacteria species with therapeutic potential for Clostridioides difficile infections
Participants : M. Mariadassou - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : Micalis (INRAE Jouy-en-Josas)
Coordinateur : A. Brosse (Micalis, INRAE jouy-en-Josas)

EggToMeat - INRAE Métaprogramme- HOLOFLUX (2021-2023)
Titre : Impact de l’environnement d’élevage sur les flux bactériens en lien avec la santé, la robustesse des animaux et la qualité des produits chez le poulet de chair
Participants : B. Laroche, M. Mariadassou, V. Loux, C. Hennequet-Antier - Equipe(s) : Dynenvie / Migale / StatInfOmics
Partenaires : MICALIS, GABI, BOA, PEAT, EASM, ITAVI, ISP, SECALIM
Coordinateur : M. Zagorec (SECALIM, Nantes)

MetaSimFood - ANR- ANR Blanche
Défi et/ou Axe : Axe 1.5 Alimentation et Systèmes Alimentaires (2021 - 2025)
Titre : Improving the quality, safety and sustainability of fermented vegetable food and fruit beverage using a knowledge-driven synthetic ecology and modelling approach

Participants : M. Mariadassou, V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : Micalis (INRAE Jouy-en-Josas), SayFood (INRAE Versailles), Aérial (ITAI, Illkirch), UR Oenologie (Univ. Bordeaux), STLO-CIRM (INRAE, Rennes)
Coordinateur : S. Chaillou (Micalis, INRAE)

Agro-Serv - H2020- HORIZON-INFRA-2021-SERV-01-02- (2022-2027)
Titre : Integrated SERVices supporting a sustainable AGROecological transition
Participants : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : 42 partenaires - Infrastructures de recherche: Anaee/Emphasis/Elixir/EMBRC/EURo Bioimaging/EU OpenScreen/MetroFood/SmartCow/IBISBA/LifeWatch/MIRRI
Coordinateur : Michel Boer Anaee CNRS

MutaToR - ANR- AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE12 Génétique, génomique et ARN (2023-2026)
Titre : Mechanisms of mutational processes involving transcription and nucleotide-excision DNA repair
Participants : C. Guérin, G. Kon Kam King, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : J. Soutourina (CEA-CNRS-I2BC), F. Malloggi (LIONS-CEA)
Coordinateur : J. Soutourina

Stat4Plant - ANR- PRC-
Défi et/ou Axe : Mathématiques et sciences du numérique pour la biologie et la santé (2021-2025)
Titre : Méthodes statistiques pour caractériser les interactions entre la plante et son environnement/Statistics for characterizing interactions between plant and its environment
Participants : M. Delattre, G. Kon Kam King, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
Partenaires : INRAE MIAP, INRAE GQE Le Moulon, CentraleSupelec MICS, UTC Heudiasysc, IJPB
Coordinateur : E. Kuhn (INRAE, MaIAGE)

MOT - Contrat de coopération public - public ANSES- (2023-2025)
Titre : Micro-Organism in Text : développement de méthodes de text-mining et de la base de données Omnicrobe pour l’évaluation des risques microbiologiques
Participants : M. Ba, R. Bossy, L. Deléger, S. Dérozier, V. Loux, C. Nédellec - Equipe(s) : Bibliome / Migale / StatInfOmics
Partenaires : UERALIM (ANSES)
Coordinateur : Estelle Chaix (ANSES, Paris)

MICROBE - H2020- HORIZON-INFRA-2022-TECH-01-01 RIA- (2023-2026)
Titre : MICRObiome Biobanking (RI) Enabler
Participants : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : AIT (AUS) - DSMZ (GER) - EMBL (UK) - CABI (UK) - HMGU (GER) - MUG (AUS) - SU (FR)
Coordinateur : Tanja KOSTIC - Austrian Institute of Technology (AIT)

HOLOVINI - INRAE Métaprogramme- Metaprogramme Holoflux- (2023-2026)
Titre : Microbiomes at the interface of the vineyard and the cellar
at the time of the agroecological transition
Participants : A-L. Abraham, G. Kon Kam King - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : UMR Oenologie (Bordeaux), UMR SPO (Montpellier), UMR SAVE (Bordeaux), UMR Biogeco (Bordeaux), UMR CBGP (Montpellier), UMR EGFV (Bordeaux), UMR Agroecologie (Dijon), UMR ISPA (Boredeaux), UE Pech Rouge (Montpellier)
Coordinateur : I. Masneuf-Pomarede (INRAE, Bordeaux)

PHHASt - ANR- AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE20 Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des micro-organismes (2022-2026)
Titre : Phenotypic heterogeneity and host adaptation during late infection in sporulating Firmicutes
Participants : S. Dérozier, C. Guérin, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : L. Slamti (MICALIS), F. Neulat-Ripoll (IRBA)
Coordinateur : L. Slamti