Liste contrats et projets en cours StatInfOmics


TANDEM
- INRAE MĂ©taprogramme- projets-phares HOLOFLUX- (2021-2023)
Titre : TrAnfers iN Dairy systEM
Participants : M. Mariadassou, A-L. Abraham, H. Chiapello, P. Nicolas, G. Kon-Kam-King - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : UR OPAALE, UMR Agroécologie, UREP, UMRH, UMR MEDIS, UMRF, UR LBE, UE Herbipôle, UMR Territoires, UMR Innovation
Coordinateur : C. Delbès, UMR Fromage, Aurillac

Holobionts
- ANR- PEPR AgroEcologie Numérique- (2023-2028)
Titre : Animal holobionts: a new biological scale to explore genetic diversity and refine breeding strategies for agroecology
Participants : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : GABI (Jouy-en-Josas), GenPhyse (Toulouse), IRISA (Rennes), MIAT (Toulouse), MetaGenoPolis (Jouy-en-Josas), UMRH (Clermont-Ferrand)
Coordinateur : S. Combes (GenPhyse, INRAE Toulouse), J. Estellé Fabrellas (GABI, INRAE Jouy-en-Josas)

CoNoCo
- ANR- ANR blanche
Défi et/ou Axe : Vie, Santé et Bien-étre Axe : CES – Génétique, génomique, ARN
(2019-2024)
Titre : Controlling non-coding pervasive transcription to ensure fine-tuning of gene expression in Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus.
Participants : C. Guérin, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : Micalis (Jouy), IBPC (Paris), IBMC (Strasbourg), CBM (Orléans).
Coordinateur : E. Bidnenko (INRA Micalis)

DeepImpact
- ANR- PPR-
DĂ©fi et/ou Axe : Cultiver et Produire Autrement
(2020 - 2025)
Titre : Deciphering plant-microbiota interactions to enhance crop defenses to pests

Participants : M.Mariadassou, S. Schbath - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : INRA IGEPP (Rennes), INRA Agroécologie (Dijon), INRA BFP, INRA BIOGER, INRA ECOBIO, INRA GDEC, IRISA (Rennes), CNRS - LBBE LEM (Lyon), INRA LIPM (Toulouse)
Coordinateur : C. Mougel (IGEPP, Rennes)

DeMuSi
- ITMO Cancer - PCSI 2022-
Défi et/ou Axe : Appel à projets : Approches interdisciplinaires des processus oncogéniques et perspectives thérapeutiques : Apports à l’oncologie de la physique, de la chimie et des sciences de l’ingénieur
(2022-2025)
Titre : Deciphering the mutational signature of transcription and DNA repair processes combined with exogenous DNA damages (DeMuSi)

Participants : P. Nicolas, G. Kon Kam King, C. Guérin - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : CEA I2BC (J. Soutourina), CEA Saclay (F. Mallogi), INSERM Gustave-Roussy (S. Nikolaev)
Coordinateur : J. Soutourina (CEA I2BC)

BioBrickEvolver
- ANR- AAPG2018 - PRC
Défi et/ou Axe : Vie, Santé et Bien-être / CES - Bioéconomie : technologies (chimie, biotechnologie, procédés) spécifiques et approches système
(01/2019-06/2024)
Titre : Développement d'un système pour la production de biobriques par évolution dirigée dans la bactérie Bacillus subtilis.
Participants : P. Nicolas, C. Guérin, P. Hoscheit, C. Larédo, G. André-Leroux, H. Chiapello, V. Fromion, A. Goelzer - Equipe(s) : BioSys / Dynenvie / StatInfOmics
Partenaires : INRA MaIAGE, CNRS I2BC (Equipe P. Tavares), INRA MICALIS (Equipe M. Jules), CEA Cadarache (Equipe C. Berthomieu), TWB (O. Galy)
Coordinateur : P. Nicolas (INRA, MaIAGE)

HoloE2Plant
- H2020- ERC Starting Grant- (2022-2026)
Titre : Exploring the Holobiont concept through a Plant Evolutionary Experiment study
Participants : M. Mariadassou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : IRISA (Rennes), Department of Systematic and Evolutionary biology (Univ. Zurich)
Coordinateur : Claudia Bartoli

FAIROmics
- H2020- HORIZON-MSCA-2022-DN-01-01- (2023)
Titre : FAIRification of multiOmics data to link databases and create knowledge graphs for fermented foods
Participants : R. Bossy, H. Chiapello, S. DĂ©rozier, C.NĂ©dellec - Equipe(s) : Bibliome / StatInfOmics
Partenaires : Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, NIZO food research BV, National and Kapodistrian University of Athens, University of Reading, Chr. Hansen A/S, Vrije Universiteit Amsterdam, Agencia ...
Coordinateur : Dominique Swennen (INRAE SayFood)

FermenTwin
- INRAE MĂ©taprogramme- AMI DIGITBIO- (2024)
Titre : FermenTwin
Participants : G. GAUTREAU, C. GUERIN, B. LAROCHE, L. SALA - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
Partenaires : MICALIS, Biogeco, SyBER
Coordinateur : Guillaume GAUTREAU

HARMONI
- Appel d'offres Ibisa (Infrastructure en BIologie, Santé et Agronomie) 2021 pour les centres de ressources biologiques- (2022-2024)
Titre : Harmonizing microbiota characterization procedures within the national infrastructure RARe
Participants : MY Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : Michèle Tixier (GABI, @bridge, Jouy), Mathieu Almeida et Christian Morabito (MGP, Jouy), Samuel Mondy (GenoSol), Emmanuelle Helloin (CIRM-BP, Tours), Florence Valence (CIRM-BIA, Rennes)
Coordinateur : Michel-Yves Mistou (INRAE, MaIAGE, Jouy)

DOMINO
- H2020- HORIZON-CL6-2021-FARM2FORK-01- (2022-2027)
Titre : Harnessing the microbial potential of fermented foods for healthy and sustainable food systems
Participants : V. Loux, M. Mariadassou, H. Chiapello - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : 21 partenaires, 10 pays
Coordinateur : S. Chaillou (INRAE, Jouy-en-Josas)

EggToMeat
- INRAE MĂ©taprogramme- HOLOFLUX (2021-2023)
Titre : Impact de l’environnement d’élevage sur les flux bactériens en lien avec la santé, la robustesse des animaux et la qualité des produits chez le poulet de chair
Participants : B. Laroche, M. Mariadassou, V. Loux, C. Hennequet-Antier - Equipe(s) : Dynenvie / Migale / StatInfOmics
Partenaires : MICALIS, GABI, BOA, PEAT, EASM, ITAVI, ISP, SECALIM
Coordinateur : M. Zagorec (SECALIM, Nantes)

DMB4ALE
- APPC TWB- (01/2024-12/2025)
Titre : Implementation of dual mini-bioreactors for adaptive laboratory evolution without biofilm
Participants : C. Guérin, P. Nicolas, S. Dérozier - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : Micalis, TWB
Coordinateur : C. Guérin, MaIAGE, INRAE

MetaSimFood
- ANR- ANR Blanche
Défi et/ou Axe : Axe 1.5 Alimentation et Systèmes Alimentaires
(2021 - 2025)
Titre : Improving the quality, safety and sustainability of fermented vegetable food and fruit beverage using a knowledge-driven synthetic ecology and modelling approach

Participants : M. Mariadassou, V. Loux, O. Rué - Equipe(s) : Migale / StatInfOmics
Partenaires : Micalis (INRAE Jouy-en-Josas), SayFood (INRAE Versailles), AĂ©rial (ITAI, Illkirch), UR Oenologie (Univ. Bordeaux), STLO-CIRM (INRAE, Rennes)
Coordinateur : S. Chaillou (Micalis, INRAE)

Agro-Serv
- H2020- HORIZON-INFRA-2021-SERV-01-02- (2022-2027)
Titre : Integrated SERVices supporting a sustainable AGROecological transition
Participants : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : 42 partenaires - Infrastructures de recherche: Anaee/Emphasis/Elixir/EMBRC/EURo Bioimaging/EU OpenScreen/MetroFood/SmartCow/IBISBA/LifeWatch/MIRRI
Coordinateur : Michel Boer Anaee CNRS

MutaToR
- ANR- AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE12 Génétique, génomique et ARN
(2023-2026)
Titre : Mechanisms of mutational processes involving transcription and nucleotide-excision DNA repair
Participants : C. Guérin, G. Kon Kam King, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : J. Soutourina (CEA-CNRS-I2BC), F. Malloggi (LIONS-CEA)
Coordinateur : J. Soutourina

Stat4Plant
- ANR- PRC-
Défi et/ou Axe : Mathématiques et sciences du numérique pour la biologie et la santé
(2021-2025)
Titre : Méthodes statistiques pour caractériser les interactions entre la plante et son environnement/Statistics for characterizing interactions between plant and its environment
Participants : M. Delattre, G. Kon Kam King, E. Kuhn - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
Partenaires : INRAE MIAP, INRAE GQE Le Moulon, CentraleSupelec MICS, UTC Heudiasysc, IJPB
Coordinateur : E. Kuhn (INRAE, MaIAGE)

MOT
- Contrat de coopération public - public ANSES- (2023-2025)
Titre : Micro-Organism in Text : développement de méthodes de text-mining et de la base de données Omnicrobe pour l’évaluation des risques microbiologiques
Participants : M. Ba, R. Bossy, L. Deléger, S. Dérozier, V. Loux, C. Nédellec - Equipe(s) : Bibliome / Migale / StatInfOmics
Partenaires : UERALIM (ANSES)
Coordinateur : Estelle Chaix (ANSES, Paris)

Microbe-4-Climate
- H2020- HORIZON-INFRA-2023-SERV-01-02- (2024-2029)
Titre : Microbial services addressing climate change risks for biodiversity and for agricultural and forestry ecosystems: enabling curiosity-driven research and advancing frontier knowledge
Participants : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : 30 partenaires, Universités de Turin, Gent, Valencia, Notthingam, Wageningen; CNRS, CNR, AIT ...
Coordinateur : MIRRI-ERIC Ana Portugal

MICROBE
- H2020- HORIZON-INFRA-2022-TECH-01-01 RIA- (2023-2026)
Titre : MICRObiome Biobanking (RI) Enabler
Participants : Michel-Yves Mistou - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : AIT (AUS) - DSMZ (GER) - EMBL (UK) - CABI (UK) - HMGU (GER) - MUG (AUS) - SU (FR)
Coordinateur : Tanja KOSTIC - Austrian Institute of Technology (AIT)

HOLOVINI
- INRAE MĂ©taprogramme- Metaprogramme Holoflux- (2023-2026)
Titre : Microbiomes at the interface of the vineyard and the cellar
at the time of the agroecological transition

Participants : A-L. Abraham, G. Kon Kam King - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : UMR Oenologie (Bordeaux), UMR SPO (Montpellier), UMR SAVE (Bordeaux), UMR Biogeco (Bordeaux), UMR CBGP (Montpellier), UMR EGFV (Bordeaux), UMR Agroecologie (Dijon), UMR ISPA (Boredeaux), UE Pech Rouge (Montpellier)
Coordinateur : I. Masneuf-Pomarede (INRAE, Bordeaux)

NO-ESKAPE
- ANR- CE18 Innovation Biomédicale-
Défi et/ou Axe : CE18 Innovation Biomédicale
(2024-2027)
Titre : New antimicrobials against ESKAPE pathogens to fight nitric oxide stress resistance
Participants : Sylvain Marthey, Gwenaëlle André - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : Nalini Rama Rao (Micalis) Jean-Christophe Cintrat (CEA), Eric doris (CEA), Julien Nicolas (Institut Galien), Simona Mura (Institut Galien)
Coordinateur : Nalini Rama Rao (Micalis)

PHHASt
- ANR- AAPG2022-
Défi et/ou Axe : CE20 Biologie des animaux, des organismes photosynthétiques et des micro-organismes
(2022-2026)
Titre : Phenotypic heterogeneity and host adaptation during late infection in sporulating Firmicutes
Participants : S. Dérozier, C. Guérin, P. Nicolas - Equipe(s) : StatInfOmics
Partenaires : L. Slamti (MICALIS), F. Neulat-Ripoll (IRBA)
Coordinateur : L. Slamti

PROMETHEUS
- ANR- France 2030 IHU (2023-2032)
Titre : PRecisiOn MedicinE for healTHcare associatEd and commUnity acquired Sepsis
Participants : B. Laroche, L. Sala, G. Andrée-Leroux, S. Marthey - Equipe(s) : Dynenvie / StatInfOmics
Partenaires : APHA,CEA, INSERM, Univ Paris-Saclay (UVSQ, Pasteur, etc..)
Coordinateur : Djalili Annane-Coordinateur INRAE (WP1) Pascale Serror