Intitulé du projet
Prédiction et identification des gènes de Enterococcus cecorum modulant l’infection par des phages virulents : vers une
génomique prédictive des interactions phage-hôte
génomique prédictive des interactions phage-hôte
Nature du financement
Public (EPIC, coll. locales…)
État du projet
Accepté
Année de soumission
2026
Programme / appel + année
GS-Biosphera 2026
Equipe(s) impliquée(s) dans le projet
Migale
Coordinateur·trice (nom et prénom)
Repoila Francis
Rôle de MaIAGE dans le projet
Partenaire (projet multipartenaires)
Nom(s) du(des) participant(s) - MaIAGE
C. Hennequet-Antier
Nom(s) du(des) partenaire(s) (nom, labo et localisation) - Hors MaIAGE
F. Repoila - Micalis INRAE ; N. Mohellibi - Micalis INRAE ; P. Serror - Micalis INRAE
Date de début du projet
Date de fin du projet
Résumé
Enterococcus cecorum (Ec) est un pathogène préoccupant dans les élevages de poulets de chair, responsable d’environ
15 % de pertes. Le recours intensif et récurrent aux antibiotiques favorise l’émergence de souches résistantes, constituant
une menace pour la santé animale et humaine. Le projet ‘DISSECT’ présente une approche innovante qui aidera à l’utilisation
des phages contre les infections à Ec et réduira le besoin d’antibiotiques. Son objectif est d’identifier les gènes bactériens
qui modulent la sensibilité aux phages, incluant récepteurs de surface et systèmes anti-phages. Les données expérimentales
(spectre d’hôte et mutants Ec résistants) et bioinformatiques (distribution des gènes modulateurs potentiels) seront intégrées
via un algorithme ‘d’apprentissage supervisé’ permettant d’identifier les gènes associés aux phénotypes ‘sensible’ ou
‘résistant’ à chacun des phages. Ce modèle permettra de comprendre les mécanismes de résistance et d’anticiper la
sensibilité de nouvelles souches Ec. Porté par une collaboration inter-équipes combinant microbiologie, génétique
microbienne, bioinformatique et intelligence artificielle, le projet s’inscrit dans les thématiques GS-Biosphera "Micro-
organismes" et "Sciences de l’animal", et contribue à la priorité transverse "Santé globale". Il allie production de
connaissances fondamentales et recherche translationnelle, ouvrant la voie à des stratégies concrètes de lutte non
antibiotique.
15 % de pertes. Le recours intensif et récurrent aux antibiotiques favorise l’émergence de souches résistantes, constituant
une menace pour la santé animale et humaine. Le projet ‘DISSECT’ présente une approche innovante qui aidera à l’utilisation
des phages contre les infections à Ec et réduira le besoin d’antibiotiques. Son objectif est d’identifier les gènes bactériens
qui modulent la sensibilité aux phages, incluant récepteurs de surface et systèmes anti-phages. Les données expérimentales
(spectre d’hôte et mutants Ec résistants) et bioinformatiques (distribution des gènes modulateurs potentiels) seront intégrées
via un algorithme ‘d’apprentissage supervisé’ permettant d’identifier les gènes associés aux phénotypes ‘sensible’ ou
‘résistant’ à chacun des phages. Ce modèle permettra de comprendre les mécanismes de résistance et d’anticiper la
sensibilité de nouvelles souches Ec. Porté par une collaboration inter-équipes combinant microbiologie, génétique
microbienne, bioinformatique et intelligence artificielle, le projet s’inscrit dans les thématiques GS-Biosphera "Micro-
organismes" et "Sciences de l’animal", et contribue à la priorité transverse "Santé globale". Il allie production de
connaissances fondamentales et recherche translationnelle, ouvrant la voie à des stratégies concrètes de lutte non
antibiotique.
Champ thématique du contrat (MathNum)
Grand objectif concerné - principal - (MathNum)
Ce projet s'inscrit-il dans le périmètre scientifique du département MathNum ?