Contexte scientifique :

Les écosystèmes microbiens complexes sont composés de plusieurs centaines ou milliers d’espèces différentes. Afin d’accéder à la diversité de ces écosystèmes, les technologies de séquençage métagénomique shotgun permettent d’obtenir des millions de lectures de courte taille (environ 100 bases), provenant des génomes présents dans l’écosystème. L’analyse de ces données nécessite des méthodes adaptées afin d’identifier les espèces présentes dans ces écosystèmes. Il est ensuite possible de comparer les espèces présentes dans les échantillons.

Depuis plusieurs années, nous travaillons sur une méthode pour analyser la diversité intra-espèce dans les données métagénomiques, et nous l’utilisons pour identifier des flux de souches bactériennes de façon plus précise que les méthodes actuelles qui se basent sur la comparaison des espèces présentes entre échantillons. Une apprentie du master a déjà travaillé sur les flux de souches bactériennes, dans le cadre du projet TANDEM (objectif : identification de flux de micro-organismes le long d’une chaine agro-alimentaire de fabrication de fromage).

Le projet Holovini s’intéresse aux flux de micro-organismes dans le cadre de la fabrication du vin, des vignes au cellier. Dans ce projet, différents échantillons des vignes (grappe, feuille, sol, écorce, air) et des celliers (moût, marc, vin) seront séquencés par métagénomique shotgun. Les vignes choisies pour le projet sont entourées de paysages différents (forêts, vignes), et certaines sont cultivées en agriculture biologique. Dans le cadre de ce projet, nous allons analyser les flux de micro-organismes (bactéries, levures) pour identifier d’où proviennent les micro-organismes qui contribuent à la fabrication du vin, et comparer ces flux entre les vignes (méthode d’agriculture, environnement).