Les microbiotes façonnent la santé, l’agronomie et les cycles biogéochimiques, mais leur complexité échappe encore aux méthodes classiques. Ce projet développera le premier Transformer « écologiquement informé » entraîné sur les 2 millions d’échantillons du MicrobeAtlas. La variante BERT classera biomes et détectera espèces clés ; la variante GPT générera des communautés synthétiques pour l’écologie appliquée. L’approche repose sur une tokenisation par rang d’abondance et l’ajout de tokens environnementaux (biome, pathologie, aliment). Les modèles produits seront rendus disponibles en open‑source avec les jeux de données d’entraînement et les codes reproductibles. Ces modèles constitueront la brique IA nécessaire pour une écologie microbienne de précision.