L’aquaculture connaît la croissance la plus rapide de tous les secteurs contribuant à l’alimentation humaine, mais elle est confrontée au défi du contrôle de maladies infectieuses encore peu connues. La compréhension de la biologie de ces agents pathogènes aquatiques est capitale à la mise en place de stratégies de lutte. Parmi ceux-ci, la bactérie Flavobacterium psychrophilum est responsable de la flavobactériose dont les épisodes infectieux récurrents sont associés à de fortes mortalités et à l’utilisation d’antibiotiques, avec un impact économique et écologique important dans les élevages de salmonidés à l’échelle mondiale. Afin d’apporter des connaissances nouvelles sur la biologie des flavobactéries et leurs mécanismes de pathogénicité, des chercheurs INRAE ont étudié par une combinaison d’approches transcriptomiques, bioinformatique, et statistique, comment cette bactérie s’adapte aux différents environnements rencontrés durant son cycle de vie. Les résultats ont permis d’établir une cartographie détaillée du paysage transcriptionnel, d’identifier de nombreux éléments régulateurs de l’expression des gènes, et d’établir des liens entre l’expression de gènes précis et des environnements particuliers. La publication de cette étude est ainsi une étape clé dans l’identification de gènes intervenant dans l’adaptation à l’hôte et dans la virulence.