Tous nos logiciels

Vous trouverez ci-dessous l'ensemble de nos logiciels :
  • Agmial est une chaĂ®ne d'annotation de gĂ©nomes bactĂ©riens qui s'appuie sur un certain nombre d'outils dĂ©veloppĂ©s au laboratoire(SHOW, Prose,Pareo,...). Agmial est actuellement utilisĂ© pour l'annotation ou la rĂ©annotation de plus d'une dizaine de gĂ©nomes. Le logiciel est distribuĂ© sous licence GPL.

  • Alvis NLP/ML est une chaĂ®ne de traitement pour l'annotation sĂ©mantique de documents textuels, intĂ©grant des outils de traitement automatique des langues naturelles pour la segmentation en mots/phrases, la reconnaissance d'entitĂ©s nommĂ©es, l'analyse de termes, le typage sĂ©mantique et l'extraction de relations. Ces outils exploitent des ressources externes, comme des terminologies ou des ontologies. AlvisNLP/ML propose plusieurs outils pour l'acquisition (semi)-automatique de ces ressources, fondĂ©es sur des techniques d'apprentissage automatique. La chaĂ®ne est facilement configurable et extensible par ajout de nouveaux composants. Ce travail a Ă©tĂ© partiellement financĂ© par le projet europĂ©en Alvis et le projet Quaero. Voir NĂ©dellec et al., Handbook on Ontology, 2009.

  • (Alvis Annotation Editor) est un Ă©diteur d'annotation en ligne. Il permet de visualiser et d'annoter les entitĂ©s et les relations d'un texte. Il inclut des fonctions de gestion de campagne d'annotation. Il permet d'annoter les entitĂ©s par les concepts d'une ontologie et de rĂ©viser l'ontologie en parallèle. Il est intĂ©grĂ© Ă  AlvisNLP. Ce travail a Ă©tĂ© partiellement financĂ© par le projet Quaero. Voir LAW VI paper pour plus de dĂ©tails.

  • BioYaTeA is an extension of the YaTeA term extractor that deals with prepositional attachments and adjectival participle. It extracts terms from documents in French and in Eglish. Its distribution includes post-filtering of irrelevant terms. It is publicly available as CPAN module. Part of this work has been funded by the European project Alvis and the French project Quaero. See (Golik et al., CiCLING'2013) for more details.

  • BiPSim est un simulateur stochastique des processus cellulaires bactĂ©riens, codĂ© en C++, utilisable en ligne de commande sous Linux/Mac et distribuĂ© sous la licence GNU GPL. Ce travail a Ă©tĂ© financĂ© par le projet Lidex-IMSV.

  • Calcul intĂ©grĂ© du Flot de Particules entre Polygones.
    CaliFloPP est un logiciel de calcul des flux de particules entre paires de polygones. L'application type est le calcul des flux de pollen entre parcelles, à l'échelle d'une petite région agricole. A partir d'une fonction de dispersion dite individuelle, c'est-à-dire décrivant la dispersion des particules de point à point, le programme calcule les flux totaux émis d'un polygone à un autre. Il résoud ce problème d'intégration en utilisant des algorithmes de géométrie algorithmique.

    URL : Site Web

  • Logiciel Matlab pour l'identification, l'infĂ©rence statistique et l'Ă©chantillonnage temporel optimal de modèles en microbiologie prĂ©visionnelle par filtrage particulaire.

    URL : Site Web

  • Genoscapist is a web-tool generating high-quality images for interactive visualization of hundreds of quantitative profiles along a reference genome together with various annotations.

  • GGMselect is a R package dedicated to graph estimation in Gaussian Graphical Models. The main functions return the adjacency matrix of an undirected graph estimated from a data matrix.

  • IDEAS is a Matlab®  toolbox for parameter identification of ordinary differential equation (ODE) models.  The parameter estimation is performed in the maximum-likelihood (ML) sense. IDEAS offers several options for the optimal criterion, depending on the hypothesis on the covariance matrix of the measurement errors.
    The main feature of IDEAS is the assessment of the uncertainty of the estimates, based on the symbolic computation of sensitivity functions to evaluate the Fisher information matrix.

  • LINselect is a R package which allows to estimate the mean of a Gaussian vector, by choosing among a large collection of estimators. In particular it solves the problem of variable selection by choosing the best predictor among predictors emanating from different methods as lasso, elastic-net, adaptive lasso, pls, randomForest. Moreover, it can be applied for choosing the tuning parameter in a Gauss-lasso procedure.

  • multisensi est un package R qui permet de faire des analyses de sensibilitĂ© multivariĂ©es.
  • nls2 is a set of R functions and programs to estimate the parameters of a non-linear regression model over a given set of observations.

    The regression function can be defined explicitly as a function of independent variables and of unknown parameters or it can be defined as the solution of a system of differential equations. Heteroscedasticity of errors can be taken into account by modelling the variance function.

    Several additional tools are included: plotting functions, functions to process series of estimations, calculate confidence intervals and confidence regions for parameters and functions of parameters, and process calibration study. The description of the models can be provided by using a symbolic syntax.

  • The Omnicrobe database contains around 1 million descriptions of microbe properties. These descriptions are created by analyzing and combining six information sources of various kinds, i.e. biological resource catalogs, sequence databases and scientific literature. The microbe properties are indexed by the Ontobiotope ontology and their taxa are indexed by an extended version of the taxonomy maintained by the National Center for Biotechnology Information. The Omnicrobe application covers all domains of microbiology. With simple or rich ontology-based queries, it provides easy-to-use support in the resolution of scientific questions related to the habitats, phenotypes, and uses of microbes.

  • Cet outil permet d'obtenir un ensemble cohĂ©rent de paramètres pour un modèle mĂ©tabolique cinĂ©tique. En utilisant des donnĂ©es expĂ©rimentales de façon aveugle, on risque d'obtenir un jeu de paramètres incomplet et/ou incohĂ©rent. Grâce Ă  cet outil, les paramètres calculĂ©s Ă  partir des donnĂ©es respectent certaines contraintes physiques et appartiennent Ă  des gammes connues de paramètres biochimiques. L’outil est directement utilisable en ligne, son code (Python et Matlab) est Ă©galement disponible.

  • Package R de gĂ©nĂ©ration de plans factoriels fractionnaires rĂ©guliers avec un ou plusieurs systèmes de blocs.

  • Package R which computes sensitivity indexes by using a method based on a truncated Polynomial Chaos Expansion of the response and regression PLS, for computer models with correlated continuous inputs, whatever the input distribution. The truncated Polynomial Chaos Expansion is built from the multivariate Legendre orthogonal polynomials.
     The number of runs (rows) can be smaller than the number of monomials. It is possible to select only the most significant monomials.
     Of course, this package can also be used if the inputs are independent. Note that, when they are  independent and uniformly distributed, the package 'polychaosbasics' is more appropriate.

  • Package R which computes sensitivity indexes by using a method based on a truncated Polynomial Chaos Expansions of the response.
     The necessary condition of the method is: the inputs must be uniformly and independently sampled. Since the inputs are uniformly distributed, the truncated Polynomial Chaos Expansion is built from the multivariate Legendre orthogonal polynomials.

  • R'MES est un ensemble de programmes C++ dĂ©diĂ© Ă  la recherche de mots (ou familles de mots) ayant une frĂ©quence exceptionnelle dans une sĂ©quence donnĂ©e (ADN, protĂ©ine ou autre). Il est distribuĂ© librement sur Internet Ă  partir de la plateforme de dĂ©veloppement collaboratif mulcyber du dĂ©partement MIA et possède un guide de l'utilisateur et une aide en ligne. R'MES est aussi disponible sur le serveur Galaxy de la plateforme Migale.

  • R-package for Multidimensional Numerical Integration.

    R2Cuba is a R package which implements four general-purpose multidimensional integration algorithms: Vegas, Suave, Divonne and Cuhre. It is a wrapper around the Cuba-1.6 library by Thomas Hahn available from the URL http://www.feynarts.de/cuba/.

  • un package python pour la crĂ©ation, la calibration et la simulation de modèles RBA pour les bactĂ©ries.

  • RCALI is a R package that makes interface between CaliFloPP and R.
    CaliFloPP is a software that calculates flows of particles between pairs of polygons, when given a so-called individual dispersal function. The individual dispersal function describes the particle dispersion between pairs of points, and CaliFloPP deduces the total flows between pairs of polygons.
    Moreover, RCALI allows to take into account the angle of the current point with the horizontal, and so, to analyze anisotropic dispersal function.

  • Le format de donnĂ©es SBtab contient un ensemble de conventions pour le traitement de donnĂ©es en biologie des systèmes. Son objectif est de simplifier l’échange de donnĂ©es par des noms et des annotations standardisĂ©s. Un outil de validation et de conversion au format SBML, ainsi que le code en Python, Matlab et R, sont disponibles en ligne.

  • Indices de sensibilitĂ© avec entrĂ©es corrĂ©lĂ©es dĂ©pendantes calculĂ©s avec une mĂ©thode basĂ©e sur les VIP de la rĂ©gression PLS.
    Le R package sivipm calcule les indices de sensibilitĂ© totaux et individuels, les composantes significatives, et l'intervalle de confiance des indices de sensibilitĂ© totaux. Les indices de sensibilitĂ© sont calculĂ©s par  une mĂ©thode proposĂ©e par  J.P. Gauchi, basĂ©e sur les VIP de la rĂ©gression PLS. Les composantes significatives sont dĂ©terminĂ©es par la règle du logiciel SIMCA et par le test de Lazraq &  ClĂ©roux. Les intervalles de confiance sont calculĂ©s par la mĂ©thode bootstrap.