The gut microbiota comprises a vast array of hundreds of microorganisms crucial for functions such as digestion, metabolism, immune response, and neurological processes. Disruptions in this complex system have been linked to autoimmune and inflammatory conditions. Moreover, the gut microbiota acts as a defense mechanism against the invasion of pathogens introduced through ingested food. Recent advances in sequencing technologies allow for the precise identification of bacterial species and their quantities in fecal samples.

L'infection à salmonelle est la cause la plus courant d'intoxication alimentaire collective dans les pays développés. On trouve la salmonelle sous la forme de différentes souches bactériennes qui colonisent et infectent le tube digestif des animaux d’élevage ou des humains. Chez l’homme, ces pathogènes provoquent des troubles allant d’intoxications alimentaires à la fièvre typhoïde.