The Omnicrobe database contains around 1 million descriptions of microbe properties. These descriptions are created by analyzing and combining six information sources of various kinds, i.e. biological resource catalogs, sequence databases and scientific literature. The microbe properties are indexed by the Ontobiotope ontology and their taxa are indexed by an extended version of the taxonomy maintained by the National Center for Biotechnology Information. The Omnicrobe application covers all domains of microbiology.
L’unité MaIAGE développe l’application Omnicrobe qui rassemble des informations sur les habitats, les phénotypes et les usages des micro-organismes, extraites automatiquement de sources textuelles (PubMed, GenBank, DSMZ, CIRM). Les données sont accessibles via une interface web et une interface programmatique (API). Afin de faciliter la lecture par l’utilisateur, Elora aura pour mission de modifier l’interface web afin d’ordonner les informations de l’interface en fonction de leur qualité.