Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement
Mathématiques et Informatique Appliquées
Stage
Construction de banques de données de séquences pour l'assignation taxonomique et visualisation de leurs caractéristiques
Contexte scientifique
Les récents progrès des technologies de séquençage ont permis des avancées importantes dans l’étude du rôle des communautés microbiennes. Les analyses de gènes marqueurs de ces communautés, tel que le gène de l’ARN ribosomique 16S chez les bactéries, permettent d’explorer cette diversité microbienne et mettent en évidence leur rôle au sein des environnements. Dans ce contexte, l’outil FROGS a été développé afin de pouvoir exécuter l’ensemble des étapes de traitement de ces données.
Exploration d’une approche hologénomique pour prendre en compte le microbiote de l’hôte dans les évaluations génétiques
Contexte : Les animaux et leur microbiote forment un organisme composite, appelé holobionte, qui peut être considéré comme l'unité ultime sur laquelle agissent l'évolution et la sélection [1].
Estimation des paramètres d'un modèle de Gibbs de tessellation en T : application à la modélisation des paysages agricoles
Description de l'offre dans le fichier attaché
Exploration de graphes en réalité augmentée
Contexte : Exploration de collections de dynamiques représentables sous la forme de graphes.
Application à l'analyse d'événements d'endocytose en biologie cellulaire ou encore de lignages cellulaires en biologie du développement.
Missions : Développer une interface graphique en réalité augmentée pour le casque Hololens2
Compétences : programmation, développement d'IHM, informatique graphique.