Les graphes de variations (VG) sont un modèle permettant d'intégrer sous la forme d'un graphe quelconque orienté un ensemble de génomes eucaryotes complets. Ils ont été développés pour faciliter l'analyse des variations structurales (>50bp) et étendre les post-analyses génétiques à un panel de variations élargi. Ils visent également à réduire le biais inhérent à l'utilisation d'un génome de référence, car un graphe peut intégrer l'ensemble des variants caractérisant une population. L'approche est cependant récente et ouvre de nombreux défis computationnels et méthodologiques, principalement liés aux dimensions du graphe et à la nature des nouveaux variants qui peuvent être extraits. La présentation introduira la méthode et je résumerai les défis computationnels et solutions proposées pour deux processus: la construction du GV et le mapping de reads sur GV.
Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement