Lundi 22 janvier 2024

SĂ©minaire
Organisme intervenant (ou équipe pour les séminaires internes)
INRAE, UR875 MIAT
Nom intervenant
Benjamin Linard
Titre
Construction et au mapping sur graphes de variations (graphes de pangénome eucaryotes)
Résumé

Les graphes de variations (VG) sont un modĂšle permettant d'intĂ©grer sous la forme d'un graphe quelconque orientĂ© un ensemble de gĂ©nomes eucaryotes complets. Ils ont Ă©tĂ© dĂ©veloppĂ©s pour faciliter l'analyse des variations structurales (>50bp) et Ă©tendre les post-analyses gĂ©nĂ©tiques Ă  un panel de variations Ă©largi. Ils visent Ă©galement Ă  rĂ©duire le biais inhĂ©rent Ă  l'utilisation d'un gĂ©nome de rĂ©fĂ©rence, car un graphe peut intĂ©grer l'ensemble des variants caractĂ©risant une population. L'approche est cependant rĂ©cente et ouvre de nombreux dĂ©fis computationnels et mĂ©thodologiques, principalement liĂ©s aux dimensions du graphe et Ă  la nature des nouveaux variants qui peuvent ĂȘtre extraits. La prĂ©sentation introduira la mĂ©thode et je rĂ©sumerai les dĂ©fis computationnels et solutions proposĂ©es pour deux processus: la construction du GV et le mapping de reads sur GV.

Lieu
Salle de réunion 142, bùtiment 210
Date du jour