Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement

 

 

Lundi 22 janvier 2024

Séminaire
Organisme intervenant (ou équipe pour les séminaires internes)
INRAE, UR875 MIAT
Nom intervenant
Benjamin Linard
Titre
Construction et au mapping sur graphes de variations (graphes de pangénome eucaryotes)
Résumé

Les graphes de variations (VG) sont un modèle permettant d'intégrer sous la forme d'un graphe quelconque orienté un ensemble de génomes eucaryotes complets. Ils ont été développés pour faciliter l'analyse des variations structurales (>50bp) et étendre les post-analyses génétiques à un panel de variations élargi. Ils visent également à réduire le biais inhérent à l'utilisation d'un génome de référence, car un graphe peut intégrer l'ensemble des variants caractérisant une population. L'approche est cependant récente et ouvre de nombreux défis computationnels et méthodologiques, principalement liés aux dimensions du graphe et à la nature des nouveaux variants qui peuvent être extraits. La présentation introduira la méthode et je résumerai les défis computationnels et solutions proposées pour deux processus: la construction du GV et le mapping de reads sur GV.

Lieu
Salle de réunion 142, bâtiment 210
Date du jour