La tuberculose bovine est une maladie à déclaration obligatoire causée par Mycobacterium bovis touchant les bovins mais également plusieurs espèces de la faune sauvage. En France, M. bovis a été isolée de blaireaux, sangliers, renards et cervidés. Du fait des difficultés de surveillance épidémiologiques de la faune sauvage à ce système multi-hôte, il existe un biais d’échantillonnage. Les données épidémiologiques et de séquençage des souches de M. bovis peuvent être utilisées conjointement ou non pour étudier la circulation d’un pathogène dans un système multi-hôtes. Je présenterai les travaux conduits au sein de l’équipe EpiMIM de l’Anses pour étudier la contribution de chaque espèce dans la circulation de M. bovis en France ainsi que l’impact du biais d’échantillonnage sur certaines de ces méthodes.