Un enjeu majeur en biologie est la gestion et l’intégration efficace de l’ensemble des données hétérogènes disponibles et cela en regard de la connaissance des phénomènes biologiques, et ce, de manière à garantir la cohérence de l’ensemble. Une clé réside en la manière même de décrire les objets biologiques. En s’appuyant sur la représentation des sys-tèmes en Science de l’Ingénieur, l’ontologie BiPON intègre une représentation systémique multi-échelle des processus cellulaires bactériens couplant du point de vue formel, connais-sance biologique, données omiques hétérogènes et modèles mathématiques en s’appuyant sur du raisonnement automatique. BiPON constitue la preuve de concept qu’il est possible de gérer de façon efficace un ensemble très important de données de nature très différente, et par là ouvre des perspectives essentielles pour la large communauté interdisciplinaire formée par les domaines de la biologie, de la bioinformatique, des modélisateurs et informaticiens apprentistes.

Anne Goelzer et Vincent Fromion, MaIAGE UR1404, Centre Inra Ile-de-France Jouy-en-Josas