Les études génétiques mesurent génotypes, expression des gènes et phénotypes chez de nombreux individus, mais révèlent surtout des associations plutôt que des relations causales. Or identifier quels gènes en régulent d'autres, et quels segments hérités du génome font varier un caractère, est essentiel pour comprendre les mécanismes biologiques et améliorer la sélection végétale et animale. CAUSARG développera des méthodes statistiques pour transformer ces associations en relations causales, en exploitant la généalogie inscrite dans les génomes. Elle est formalisée par le graphe ancestral de recombinaison (ARG), un ensemble d'arbres généalogiques que la recombinaison fait varier le long du génome, et que l'on sait désormais inférer à partir de centaines de génomes. Le génotype étant fixé dès la conception, la variation génétique peut agir sur l'expression des gènes, mais pas l'inverse : les segments partagés dans la généalogie peuvent donc servir d'instruments génétiques pour orienter les relations causales.