Les maladies infectieuses animales menacent la santé animale, la sécurité alimentaire et l’environnement, engendrent des coûts importants et peuvent présenter des risques zoonotiques. Leur maîtrise nécessite de comprendre les dynamiques de transmission, notamment les sources d’introduction d’agents pathogènes, le rôle de la faune sauvage ou la transmission entre élevages. Les méthodes de reconstruction d’arbres de transmission (ORMs), combinant données génomiques et épidémiologiques, permettent de retracer les chaînes de transmission. Toutefois, leurs performances restent mal évaluées hors des pathosystèmes utilisés pour les concevoir, notamment parce que les chaînes réelles de transmission sont inconnues.
BORNEO vise à évaluer la fiabilité des ORMs et à guider leur utilisation grâce à une approche fondée sur la simulation. Nous simulerons les arbres de transmission, l’évolution des agents pathogènes et les processus d’observation afin de générer des jeux de données de référence réalistes. Ces données permettront d’évaluer la précision des reconstructions et l’incertitude associée dans différents contextes épidémiologiques et évolutifs.
Trois systèmes seront étudiés : les infections à Vibrio spp., caractérisées par une transmission environnementale et une forte plasticité génétique ; l’influenza aviaire, marquée par des dynamiques épidémiques rapides ; et la tuberculose animale, caractérisée par une évolution lente et une transmission multi-hôtes. WP1 simulera les chaînes de transmission, tandis que WP2 modélisera l’évolution des agents pathogènes et les processus d’observation. WP3 développera des indicateurs de performance et d’incertitude. WP4 traduira ces résultats en un cadre opérationnel pour sélectionner, configurer et exécuter les ORMs au moyen de workflows reproductibles.
BORNEO produira des logiciels libres, des jeux de données de référence et des recommandations pour améliorer l’investigation des foyers épidémiques et l’interprétation des résultats.