Ce projet interdisciplinaire entre l’INRAE (départements MICA, PHASE, GA et MathNum), l’Université de Sao Paulo et l’Anses s’intéresse à la résistance aux antibiotiques de Clostridioides difficile, un entéro-pathogène opportuniste de l’homme et de l’animal. Ses spores infectieuses, largement disséminées par voie fécale, sont transmises sans barrière d’espèce, notamment entre l’animal et l’homme. Les antibiotiques, qui favorisent la dysbiose du microbiote et l’infection à C. difficile, sélectionnent aussi sa résistance. L’usage des fluoroquinolones dans les hôpitaux occidentaux est associé à l’émergence de souches résistantes, très virulentes et épidémiques dans les années 2000.
Notre objectif est d’évaluer si l’usage d’antibiotiques en élevage pourrait avoir le même effet. i) Nous comparerons l’exposition aux antibiotiques des porcs et de la volaille, en France et au Brésil. ii) Nous établirons l’impact des traitements antibiotiques de l’animal sur le pathogène (résistance, virulence) et dans quelques cas, sur le microbiote intestinal (dysbiose). iii) Nous étudierons la clonalité et la phylogénie des génomes, ainsi que l’épidémiologie de la transmission entre les animaux et l’homme, notamment leur éleveur. iv) Nous testerons la corrélation entre l’exposition avérée de l’animal, la résistance observée du pathogène et son succès clinique et épidémiologique. Cela nous permettra d’évaluer le risque sanitaire associé à l’émergence de la résistance chez C. difficile.