L’intensification de l’aquaculture est associée à une augmentation des pathologies qui ont un impact majeur sur la productivité des exploitations, le bien-être des animaux et sur l'environnement (essentiellement lié à l’usage d’antibiotiques et de biocides). Le projet FLAVORAMA porte sur les maladies infectieuses causées par des flavobactéries en pisciculture d’eau douce. La filière française doit faire face à des enjeux liés aux contraintes environnementales, notamment la limitation des ressources en eau et l’augmentation des températures, qui sont associées à un risque d’émergence de nouvelles espèces pathogènes ou à de nouveaux variants d’espèces déjà décrites. Une large campagne d’échantillonnage sera menée afin de collecter les souches de flavobactéries associées à des épisodes infectieux à l’échelle nationale dans différentes piscicultures d’eau douce (salmonidés, esturgeon, poissons d’étangs) et régions de production. La caractérisation des souches collectées par une combinaison d’approches (spectrométrie de masse, biologie moléculaire et génomique) permettra d’identifier les espèces et les génotypes présents sur le territoire, d’analyser l’antibiorésistance et la pathogénicité de nouvelles espèces et/ou groupes épidémiques, et de développer des outils de détection et de typage innovants, rapides et bons marchés directement utilisables par les professionnels de la filière.