Le projet PHAGOFROM a pour but d’aider les acteurs de la filière laitière à mieux appréhender les bactériophages et leur impact. Il s’agit de :

• Mieux comprendre leurs effets sur l’économie et la qualité des fromages.

• Créer une collection de phages pour mieux anticiper leur impact et proposer des solutions adaptées.

• Développer des outils analytiques et informatiques dédiés pour les détecter et les étudier.

• Identifier les réservoirs de ces virus, depuis la ferme jusqu’au produit fini.

• In fine, apporter des leviers aux opérateurs pour leur permettre une meilleure maîtrise de ces phages, notamment grâce à la prise en compte de l’ensemble des composantes de l’agrobiodiversité.

Le travail proposé ici s’inscrit dans le contexte de “développement d’outils analytiques” du projet.

Lors de ce stage, une première phase sera consacrée à l’identification et la comparaison des outils d’identification et d’annotation de bactériophages. Ce travail sera mené en étroite collaboration avec les bioinformaticiens d’INRAE, partenaires du projet.

Une fois cette comparaison effectuée, un choix d’outils sera fait avec l’ensemble des partenaires pour construire et mettre à disposition un pipeline d’analyse enchainant les outils et facilitant leur utilisation par un public non expert.