Les microbiotes façonnent la santé, l’agronomie et les cycles biogéochimiques, mais leur complexité échappe encore aux méthodes classiques. Ce projet développera le premier modèle d’IA « écologiquement informé », entraîné sur de grosses quantités d’échantillons métagénomiques. L’approche repose sur une adaptation du modèle et l’ajout de tokens environnementaux (biome, pathologie, aliment). Les modèles produits seront rendus disponibles en open source, avec les jeux de données d’entraînement et des codes reproductibles. Ces modèles constitueront la brique d’IA nécessaire à une écologie microbienne de précision.